Am Freitag endete meine Arbeit an der Pathologie im LKH von Graz. Während der letzten vier Wochen habe ich dort viel neues gelernt und erfahren. Ich konnte viele Bereiche der Arbeit eines Wissenschaftlers kennen lernen und erlebte sowohl Höhen und Tiefen. Jetzt am Ende möchte ich sagen, dass es wirklich eine sehr gute Idee war mich für die GEN-AU summerschool zu bewerben, das Leben in Graz hat mir wirklich Spaß gemacht und im Labor war es sehr interessant. Bevor ich aber weiter schreibe gibts den Überblick der letzten Woche:

Montag, 25.8.2008:
Am morgendlichen Labormeeting stellen ich und Karl unser Projekt dem restlichen Team vor. Ich erkläre die einzelnen Arbeitsschritte und Methoden anhand des Posters, dass ich in den letzten Wochen vorbereitet habe. Ich bekomme auch einige Fragen, verwechsle ein paar Sachen, aber schaffe es dann doch meine Präsentation großteils positiv abzuschließen. Den restlichen Tag werkeln wir wieder am HAMILTON, dem Pipettierroboter. Einige Platten (1 Platte=384 Proben) müssen aufgrund eines kaputten Primers wiederholt werden, und wir bangen, ob wir überhaupt fertig werden.

Dienstag, 26.8.2008:
Heute schaffen wir es endlich am Nachmittag alle PCRs abzuschließen. Dr. Kashofer ist schon ziemlich übermüdet, mir geht es nicht viel anders. HAMILTON braucht ca. eine Stunde um eine Platte fertig zu pipettieren und die "PCR-Maschine" braucht 2 Stunden um eine PCR für eine Platte abzuschließen. Damit alle Proben rechtzeitig fertig analysiert werden konnten, arbeitet DR. Kashofer auch am Wochende und war daher sichtlich erleichtert, dass alles geklappt hat.

Mittwoch, 27.8.2008:
Diesen Tag verbringe ich mit dem Beobachten eines biochemischen Voranges, bei dem embryonale Mauszellen nicht fluoreszenten Substanzen ausgesetzt werden die dann durch Osidation fluoeszent werden. Der Anstieg and Fluoreszenz wird gemessen und als Anzeige für oxidativen Stress genutzt.

Donnerstag, 28.8.2008:
Keine angenehme Arbeit erwartet mich heute, denn ich helfe im Mausstall aus, in dem ca. ~180 Käfige mit Zucht- und consomischen Mäusen untergebracht sind. Ihr wollt nicht, dass ich euch den Geruch beschreibe. Ich helfe die neue Käfige bereitzumachen und Bewohner von ingesamt geschätzten 100 Käfigen bekommen ein frisches Heim. Wir sind zwar schon nach 3 Stunden fertig, doch ich bin so verschwitzt, dass ich mich wirklich auf die kalte Dusche freue.

Freitag, 29.8. 2008:
Der letzte Tag ist angebrochen und ich verbringe ihn damit den Poster fertigzustellen, denn einige Feinheiten müssen noch angepasst werden. Um 15 Uhr verabschiede ich mich von Dr. Zatloukal und meinem Betreuer Dr. Kashofer, dem ich hier noch einmal sehr für seine Unterstützung in den letzten Wochen danken möchte. Er war ein idealer Betreuer für mich und ermöglichte mir vieles aus dem Laboralltag zu erleben, von Experimentvorbereitung bis Auswerung der Daten und Präsentation derselben. Danke.

So das war mein Schlussbericht, ich hoffe es hat euch gefallen. Wenn etwas unklar ist könnt ihr ruhig Feedback geben und ich versuche dann diese Unklarheiten auszubessern. In den nächsten Wochen werde ich mich dann dem Forschungsbericht widmen und einige Dinge näher erklären.

Bis dann,
cya

Eigentlich bin ich ja schon 3 Wochen im Labor ,die vierte und letzte Woche bricht morgen an, und ich wollte jeden Tag hier posten, doch leider habe ich in Graz keinen Internetzugang und mein Passwort für den Blog konnte ich auch erst jetzt wieder erlangen (hatte ich vergessen)
Naja, wie auch immer, hier ein Überblick über die Geschehnisse der letzten drei Wochen:

Tag 1, 4.8.08:
Ich komme um 9 ins Labor und mein Betreuer führt mich durch das gesamte Gebäude, viele Geräte sehe ich zum ersten Mal. Ich bekomme Handouts zu consomischen Mäusen (=Maus mit Chromosomen eines anderen Mausstrangs) und Mallory-Denk-Bodys (treten bei Leberschäden auf)

Tag 2, 5.8.08:
Helfe bei RNA, DNA und Proteinisolation, lerne mit den Pipetten im Labor umzugehen. Die Isolation ist zu Mittag fertig, den Nachmittag verbringen ich und Dr. Kashofer im ZMF (Zentrum für Medizinische Grundforschung) und versuchen die Software für die RNA-Chip Analyse zum Laufen zu bewegen. Wir haben jedoch keinen Erfolg, alle alten Daten müssten neu importiert werden.

Tag 3, 6.8.08:
Darf Immunhistochemie beiwohnen und helfe beim Pipettieren, sowie beim Färben der Gewebsproben. Bin zu Mittag fertig, komme am Nachmittag aber wieder um bei einem Vortrag über "Drosophila screens for genes involved in metastasis" dabei zu sein. Ich verstehe nur einen kleinen Teil, war aber trotzdem interessant.

Tag 4, 7.8.08:
An diesem Tag wurden die Mäuse, zuvor 7 Tage mit DDC (Lebergift) gefüttert, unter Betäubung getötet. Die C57BL Mäuse zeigten stärkere Leberschäden als die A/J Mäuse. Die Leberproben werden zu Cryospänen verarbeitet für die morgige RNA-Isolation.

Tag 5, 8.8.08:
Helfe bei der RNA-Isolation der Leberproben, sind um ca. 11 Uhr fertig. Nach dem Mittagessen werden die Proben gereinigt und vermessen. Bei 2 Proben muss der Vorgang wiederholt werden, da nicht genug RNA für die Analyse vorhanden war.

Tag 6, 11.8.08:
Erholt komme ich aus dem Wochenende wieder nach Graz. Dr. Kashofer hat vor ein Plakat für das Projekt zu entwerfen und die ersten Grundrisse werden gemacht. Um ca. 13 Uhr werden die RNA-Proben ins ZMF gebracht.

Tag 7, 12.8.08
Dieser Tag verläuft ziemlich ereignislos und ich verabschiede mich schon um 11 aus dem Labor.

Tag 8, 13.8.08:
An diesem Tag bin ich im ZMF und helfe beim Vorbereiten der RNA für die Analyse. Der erste Schritt ist um 13:30 fertig, danach bereiten wir uns für die morgigen Arbeitsschritte vor.

Tag 9, 14.8.08:
Wieder im ZMF. Die aus der RNA gewonnene cDNA wird gesäubert und die Chips eingescannt.

Tag 10, 18.8.08
Heute höre ich am Morgen einen Vortrag über die verschiedenen Formen der Steatohepatitis. Am Nachmittag werden die Scans ausgewertet. Wir bekommen sehr schöne Ergebnisse, nur 130 Gene wurden signifikant dereguliert zwischen A/J und C57Bl.

Tag 11, 19.8.08
Nun werden die Daten mit consomischen Mäusen (C57Bl mit 1 Chromosom A/J) verglichen die 8 Wochen lang mit DDC gefüttert wurden. Ich lege eine Excel-Tabelle an, die Körpergewicht und Lebergewicht der Mäuse vergleicht. Dadurch konnten wir feststellen welche Chromosomen hauptsächlich für die Leberschäden zuständig sind.

Tag 12, 13 und 14, 20.8 - 22.8.08:
An diesen 3 Tagen versuchen wir einen Roboter zum Laufen zu bringen, der 68 Proben für mehrere tausend PCRs pipettieren soll. Das ist ein zeitaufwändiger Vorgang, vor allem weil diverse Probleme auftreten. Schließlich läuft dennoch alles bestens.

So das war es bis jetzt. Nächste Woche schreibe ich noch einen Überblick über die letzte Woche im Labor.

In meinem Praktikum werde ich die Zusammenhänge der Krankheit Steatohepatitis mit Genen untersuchen. Steatohepatitis tritt in 2 Formen auf:
> die durch Alkohol verursachte
> die durch Diabetes II und/oder Fettleibigkeit verursachte
Sie kann zur Leberzirrhose und auch zu Karzinomen führen, und wird durch das Ansteigen von Diabetes II und Fettleibigkeit in der Bevölkerung ein an Bedeutung zunehmendes Gesundheitsproblem.
Die beiden Formen der Krankheit können morphologisch nicht unterschieden werden. Dies deutet auf einen allgemeinen genetischen Mechanismus hin.

Da es bei menschlicher Steatohepatitis ein weites Spektrum an Krankheitsprofilen gibt, ist eine Studie nötig mit einer großer Anzahl an Untersuchten. Um dieses Problem zu lösen werden verschiedene Mäusetypen genommen und die Empfänglichkeit der Krankheit untersucht.

Parallel dazu werden Menschenlebern Verstorbener analysiert und dann mit den Maus-Daten verglichen.
Daraus erhofft man sich herauszufinden, welche Gene für die Empfänglichkeit der Krankheit verantwortlich sind.

Nach meiner Rückkehr aus dem sonnigen Griechenland werde ich nun hier meine ersten Eindrücke zum Labor und zum Praktikum schildern. Dieses wird erst am 4. august beginnen, daher wird es wohl bis da hin keine weiteren Blogeinträge geben.
Aber nun zu meinen Erfahrungen vor und während des Bewerbungsgespräches:

Am 17.6.08 trat ich die Reise nach Graz früh an. Dort angekommen war ich erst einmal sehr überrascht von der Schönheit der Stadt, denn mir gefiel wieviele Bäume man hier am Straßenrand findet, ein seltener Anblick in den meisten Großstädten. Ebenfalls war ich begeistert vom Gelände der med. Universität Graz. So viele Forschungseinrichtungen und Krankenhäuser sah ich bis dato noch nie auf einmal.

Nachdem der Weg zum Institut für Pathologie erfragt wurde und ich auch das Zimmer von Dr. Zatloukal fand, begann nach gegenseitiger Begrüßung das Vorstellungsgespräch.

Ich war eigtl. sehr nervös, schließlich dachte ich mein Wissen über Genetik würde abgefragt werden, doch das Gespräch mit Herrn Zatloukal und Dr. Kashofer (er wird mich ebenfalls während des Projekts betreuen) verlief sehr entspannt und war sehr interessant.

Ich erfuhr an was ich im August arbeiten würde und Dr. Kashofer führte mich durch die Forschungseinrichtung. Als wir die Labore besichtigten, freute ich mich denn die Ausstattung war so viel moderner und interessanter als die der Biologiesäle unserer Schule. Dr. Zatloukal gab mir dann noch eine Übersicht über das Projekt mit, welches ich im Juli studieren werde.

Danach verabschiedete ich mich und es ging zurück nach Hause.