Die letzten Tage habe ich vorwiegend damit verbracht, immer wieder das "Genotyping" zu wiederholen; ich selber habe es nun viermal machen müssen und mein Betreuer hat es auch einmal mit derselben DNA gemacht, allerdings sind die Ergebnisse immer schlechter geworden... Im Prinzip aber besteht da "Genotyping" aus zwei wesentlichen Schritten: einer PCR und einer Gelelektrophorese. Die vorliegende DNA wird mittels der PCR amplifiziert und anschließend in das Gel geladen, in dem die Elektrophorese stattfindet. Dabei durchlaufen die DNA-Proben (für gewöhnlich sind es immer mehrere) das Gel und die Banden sind anschließend unter UV-Licht sichtbar (in unserem Fall waren die meisten bislang immer verschmiert).
Des weiteren habe ich bei mehreren Western Blots zugeschaut und ein wenig mithelfen können. Nächste Woche dann freue ich mich schon darauf, einen alleine machen zu können. Ich hoffe, dass bei diesem alles in Ordnung geht und bei dem Genotyping dann endlich auch. :)

Am Freitag konnten wir mit den am Vortag entnommenen Gewebeproben (Schwanzspitzen der Mäuse) weiterarbeiten und eine PCR (Polymerasekettenreaktion) machen. Die Proben hatten die Nacht in einer Proteinlösung, in der sie sich aufgelöst haben, verbracht. Da dieses Protein die Wirkung der Taq-Polymerase aufgehoben hätte, musste es denaturiert werden; das geschah indem die gesamte Lösung zehn Minuten lang einer Hitze von 99°C ausgesetzt wurde. Anschließend haben wir zur DNA die Taq-Polymerase, zwei Arten von Proteinen, Wasser, Puffer und dnTP hinzugefügt und diese 1,5 Stunden im Thermocycler gelassen.
Nach der PCR haben wir mit der DNA eine Gelelektrophorese gemacht. Dazu wurde ein Agarosegel hergestellt, in welches sowohl ein Marker als auch die DNA geladen werden konnten. Nachdem Strom durch das Gel floss, "wanderte" die DNA hinunter und teilte sich in Banden.

Der heutige Tag (Montag) hat erneut mit einem Besuch im "Mousehouse" begonnen, wo wir von weiteren Mäusen Proben vom Lungengewebe (und Schwanzspitzen) gewonnen haben. Mit diesen haben wir nachher einen Western Blot gemacht, der allerdings missglückt ist, da wohl zwei Bestandteile des hergestellten Gels nicht in Ordnung waren. Von daher werden wir das ganze morgen wiederholen.
Am Nachmittag haben wir einige wenige Woche alten Mäuse von ihren Elterntieren getrennt. Diese wurden markiert, indem ihnen Löcher in die Ohren gestanzt wurden oder kleine Teile des Schwanzes abgeschnitten wurden. Dieses Gewebe befindet sich nun bei konstanten 55°C in einem Inkubator in einer Proteinlösung, damit wir morgen ein "Genotyping" damit machen können.

Nachdem die letzten beiden Tage nicht sehr ereignisreich waren, haben wir heute erstmals eine Zellkultur angelegt. Zu diesem Zweck mussten zunächst drei verschiedene Mäuse mit Lungenkrebs getötet werden. Anschließend hat Shuan deren Lungen herausoperiert. Um nun einzelne Zellen zu erhalten, mussten die Lungen mit Skalpellen möglichst klein geschnitten und mit einer Pufferlösung vermengt werden. Nachdem sie in diesem Zustand mehrmals in Inkubatoren oder Zentrifugen waren, wurden die Gewebeproben je dreimal gefiltert und anschließend mit einer Nährstofflösung in eine vorher vorbereitete Petrischale geleert. Auf diese haben wir noch vor der Sektion der Mäuse spezifische Antikörper aufgetragen, an die sich bestimmte vom Immunsystem produzierte Zellen binden können. Letztlich sind diese Zellen also auf der Petrischale haften geblieben und sind nicht mehr in der Probe vorgekommen. Dies wurde noch mit einer anderen Art von Antikörpern, die sich an andere Zellen binden, wiederholt. Als Ergebnis hatten wir ausschließlich Lungen(tumor)zellen, mit denen wir morgen und nächste Woche noch weiterarbeiten können.

Heute um 10h hat für mich das Praktikum angefangen. Zu Beginn war ich ziemlich aufgeregt, aber da am IMBA alle sehr lieb sind, hat sich das schnell wieder gelegt.
Mein Betreuer ist nun doch Shuan Rao, der sich vorwiegend mit Lungenkrebs und Schmerzempfinden beschäftigt und mir etwas über seine Arbeit erzählt hat (leider auf Englisch, weswegen ich nur hoffen kann, dass ich alles verstanden habe… ).
Etwas später durfte ich die Gele für einen Western Blot machen, allerdings sind diese erst beim dritten Versuch geglückt. Als nächstes haben wir die Käfige der Versuchs-Mäuse gereinigt und den „Hot-Plate-Test“ gemacht. Dabei werden Mäuse auf eine 54°C heiße Platte gesetzt, um zu testen, wie schmerzresistent sie sind.
Zum Schluss haben wir noch mit einem Elektronenmikroskop die Lungengewebeproben von verschiedenen Mäusen mit Lungenkrebs angeschaut.

Hallo!
Ich heiße Ana, bin 17 Jahre alt und freu mich schon darauf, im Juli drei Wochen lang am IMBA, dem Institut für molekulare Biotechnologie, in Wien arbeiten zu dürfen. Dabei werde ich entweder von Verena Sigl oder John Trichereau betreut werden. Mit Verena Sigl habe ich bereits das Vorstellungsgespräch geführt, wobei sie mir die Labore gezeigt und erklärt hat, wofür das Gen „Rank“, das sie derzeit erforscht, zuständig ist.
In etwas mehr als einer Woche wird mein Praktikum beginnen und ich bin schon sehr gespannt darauf, wie der Arbeitsalltag aussehen wird.