Erde aus Equador lässt sich besser einwägen, als Erde aus Bolivien.

Ok, hier kommt also mein erster je verfasster Blog... In dem Projekt, welches mein Praktikum einschließt geht es um Erde. Und um Erdäpfel. Mithilfe dieses Projekts sollen die optimalen bakteriellen Bodenverhältnisse für verschiedene Kartoffelarten drei verschiedener Länder und im Anbetracht eines Höhengradienten bestimmt werden. Die bakterien um die Pflanzen herum werden aus Bodenproben via PCR, einem DNA- Vervielfältigungsverfahren und anschließender Elektrophorese bestimmt.

5.7.2010:Lassen wir uns überraschen! Bis jetzt hab ich erst Erde eingewogen. Also, zum mitschreiben:

- ungefähr 0,5g Bodenprobe in Beadbeat- Küvetten gen-au einwägen

6.7.2010: Heute wurde DNA aus den Erdproben extrahiert und gereinigt. Dafür wurde ein vorgefertigtes Protokoll verwendet, welches ein optimiertes Verfahren eines DNA- Extraktionskits beinhaltet.
Die DNA wurde mithilfe von Natriumsulfatpuffer, SDS- hältigem MT Puffer und einer Phenol:Chloroform:Isoamylalkohol Mischung durch beadbeating (ein Verfahren bei dem zie Zellwände mechanisch über Glasperlen aufgebrochen werden)aus der Probe extrahiert. Die Erde wurde abzentrifugiert, der Überstand wurde gesammelt und der Schritt wiederholt.
Anschließend wurde PPS Lösung zugesetzt, um die Proteine zu fällen, welche wieder abzentrifugiert wurden. Die nächsten Schritte führte Stefan durch, da wir auf einer Sicherheitsunterweisung waren.
Nach der rückkehr ins vertraute Labor testeten wir die DNA mithilfe einer UV- Spektroskopie auf ihre Reinheit. Um sie von störenden Huminsäuren zu befreien, bauten wir sie in ein Agarose-Plug ein. Diesen stellten wir her, indem wir eine LMP Agarose- Lösung herstellten und diese in einem kleinen Behältnis mit der DNA vermischten. Bis zu meinem Arbetstagsende war die Agarose noch nicht ausggehärtet, aber Stefan hat voraussichtlich den fertigen Plug schon in Puffer eingelegt, damit die Huminsäuren herausdiffundieren können.

Morgen werden wir wahrscheinlich zum ersten mal eine Probe Spiken, Ich glaube mit den Bakterien von Jennifer, ich bin mir aber nicht sicher. Übrigens, schaut euch auch Jennifers Blog(http://www.summerschool.at/jennifer.hutterer/) an, die macht auch viel Interessantes im Labor!!

7.7.2010: Ich hab mich geirrt, es waren nicht Jennifers Bakterien, aber die, die zum spiken verwendet werden sollten hatten eine zu geringe optische Dichte (hängt mit der Konzentration zusammen) und deshalb werden wir am Montag neue ansetzen. Heute wurde der Plug mit der DNA eingeschmolzen und verdünnt, sodass die Lösung auf Eis flüssig bleibt. Danach wurde wieder eine Qualitätskontrolle mit dem UV Spektrometer durchgeführt, diesmal war alles bestens, weil keine störenden Huminsäuren dabeiwaren. Wir gossen ein Agarose Gel, welches mit dem UV-fluoreszierendem DNA- Farbstoff Ethidiumbromid versetzt war. Um die Länge der DNA- Fragmente zu ermitteln, führten wir eine Elektrophorese durch. Dafür versetzten wir die DNA mit einem Farbstoff, pipettierten sie in die Kammern des Gels und ließen einen Marker mitlaufen, der Banden bei speziellen DNA- Längen hatte. Unsere DNA hatte genau die richtige Anzahl an Basenpaaren für eine PCR, was auch schon das Stichwort für die weitere Arbeit war. Ein Mastermix wurde hergestellt. Dieser bestand aus Wasser(bidestilliert und UV behandelt), 10x Puffer, NTPs, einem front Primer, einem reverse Primer, DNA Polymerase und zum Schluss kam die DNA dazu. Das PCR- Programm wurde gestartet und heute Nacht baut das Enzym ganz viele Kopien unseres geliebten Gens! OH YEAH!

8.7.2010: Heute wurde eine Elektrophorese mit dem Gen, das bei der PCR kopiert wurde, durchgeführt, einem Gen, aus welchem ribosomale RNA transkribiert wird. Weiters wurde aus einer weiteren Probenreihe DNA extrahiert, diesmal konnte ich auch die Schritte durchführen, bei denen ich das letzte Mal bei der Sicherheitsunterweisung war. Diese waren folgende: Nach der Proteinfällung wurde der Überstand mit einer DNA bindenden Matrix versetzt. Diese Mischung wurde in bestimmten Filter- Säulen zentrifugiert, sodass die Matrix, in der die DNA gebunden ist im Filter hängen bleibt, während der flüssige Rest entsorgt werden kann. Die Matrix wurde mit Ethanol haltiger SEWS- Lösung gewaschen, welche danach abzentrifugiert wurde. Die Matrix wurde in Wasser suspendiert und und bei 55°C inkubiert. Nun war die DNA im Wasser gelöst und der Filter konnte weggeworfen werden. Die Plugs werden am Montag gegossen.

12.7.2010. JUHU!!! Heute wurden endlich die Spike- Bakterien angesetzt. Diese enthalten ein bestimmtes Gen, welches sie einen blauen Farbstoff produzieren lässt. Dafür brauchen sie jedoch einen bestimmten Nährstoff, den wir ihnen jedoch vorenthalten, weil er teuer ist und uns die blaue Farbe sowieso nicht interessiert, denn wir haben Primer für das Gen und mit denen machen wir später quantitative PCR und außerdem machen wir eine OD- Messung als Bonus sozusagen. Damit es die Bakterien auch gemütlich haben und brav wachsen, wurde jeweils eine Koloie in 5 mL Nährlösung geimpft, welche Jennifer schom letzte Woche hergestellt hat (http://www.summerschool.at/jennifer.hutterer) und in einen Schwenker bei 28°C gestellt.
Für die bereits herausextrahierte DNA wurden Plugs nach dem gleichen Verfahren gegossen.
Für die Probenbakterien wurden Nehrböden hergestellt. Dazu wurden 4g NaCl, 4g Hefe, 8g Trypton und 15g Agar Agar mit dest. Wasser aufgefüllt und 20 min autoklaviert. Dieser wurde dann in Petrischalen gegossen und aushärten lassen.

5.7.2010:Als ich heute Früh, noch im Halbschlaf auf mein Fahrrad stieg, hatte ich noch keine Ahnung, was mich erwartet. Das stimmt wirklich, denn ich bekam nichts von irgendeinem Auswahlverfahren mit, noch wurde ich informiert, was ich dort eigentlich machen werde. Sobald ich also mein Rad abgesperrt hatte und fröhlichen Schrittes in Richtung AIT Seibersdorf spazierte, blies mir der zarte Morgenwind ins Gesicht, und ich wusste, heute wird ein besonderer Tag. Ich erreichte den Portier, der mir, nachdem ich ihm meinen Namen sagte, mit einem kurzen "EA", als er mir die Zutrittskarte überreichte, den Weg zum Gebäude an der Ecke Schrödinger- Straße und Mendel- Straße wies.
Kaum im Gebäude, machte sich bei mir auch schon Verwirrung breit: Links eine Tür, rechts eine Tür, eine Treppe und kein Mensch war zu sehen. Zum Glück betrat gerade eine Frau den Raum, der ich verzweifelt meine Verzweiflung zu erklären versuchte, mein Englisch, die Sprache, der wir beide mächtig waren, wird erst ab 9 Uhr gut verständlich. Nach ein paar Zwischenmenschen, welche allesamt sehr angenehme Gesellschaft waren, lernte ich endlich meinen Betreuer kennen: Stefan. Alle Mitarbeiter, welche ich bis jetzt kennenlernte, und glaubt mir, das waren echt viele, für meinee Verhältnisse, sowie die beiden aderen Praktikantinnen, von denen ich eine sogar schon vorher aus der Schule gekannt hatte, sind äußerst nett und es gibt eine Zusammenarbeit, die ich bis jetzt zum ersten mal erlebe. Wären das alles Physiker statt Molekularbiologen, hätte ich es als meinen Traumarbeitsplatz presgegeben.
Naja, auf jeden Fall wars super und ich freu mich auf morgen, Adios.

6.7.2010: Der Tag heute zeigte sich wieder einmal von seiner besten Seite, genauso wie die Experimentierfreudigkeit der Kantine. Morgen solls Blunzenstrudel geben, na ich bin gespannt XD. Schön langsam fügt sich ein Rädchen ins andere und meine Proben wachsen mir schon richtig ans Herz. Wir wurden heute sicherheitsunterwiesen, was (vergleichsweise) gar nicht so langweilig war, wie ich es von Sicherheitsunterweisungen gewohnt bin. Wir durften sogar Feuerlöscher ausprobieren. Heute war die Arbeit auch viel abwechslungsreicher und bis auf den letten Schritt hat alles reibungsfrei funktioniert (im übertragenen Sinne, für die i- Tüpferlreiter unter euch ;)).
Summe: Ein toller Tag. Servus, man liest sich.

7.7.2010: Was für ein Tag! Heute wurde das Geheimnis des mysteriösen Blunzenstrudels aufgedeckt. Jener entstand nämlich als geheimes Forschungsprojekt der Mikrobiologie, um an Köchen zu sparen. So braucht man nur eine Person, die jede Woche die Nährböden mit mit blZn-StrDL Genen ausgestatteten Bakterien beimpft und schon hat man nach einer Woche einen fertigen Blunzenstrudel. Ich hab mich nicht drübergetraut und hab verschierten Braten gegessen. Ich find es toll, dass wir so einen tollen Betreuer haben, der immer darum bemüht ist, dass wir jeden unserer Arbeitsschritte verstehen, auch die Theorie dahinter. Heute hat uns Stefan mehr über das Projekt aufgeklärt und das ist umfangreicher, als ich gedacht hatte. Morgen werde ich schon selbstständig DNA extrahieren dürfen, ich freu mich schon drauf, hab ja die Schritte alle in meinem Laborjournal. Einen blunzenstrudeligen Abend wünsch ich noch, bis morgen, euer Genexpressionist.

8.7.2010: Willkommen im Wochenende! Ja, ihr habt richtig gehört, ich bekam für morgen frei, weil ein Firmenausflug geplant ist. Heute hat mir der Arbeitstag sehr gut gefallen, weil ich schon viel selbstständig machen hab dürfen. Mit jedem Tag verstehe ich die Materie ein bisschen besser. Damit möchte ich mich ins Wochenende verabschieden,
euer Lieblingsblunzenstrudel.

12.7.2010: Heute wars echt angenehm für einen Montag, ich hab natürlich gleich in der Früh eine Bestellung für 1000 Gloria Feuerlöscher aufgegeben. Es gab viele Wartezeiten und damit blieb mein Laborjournal den ganzen Tag halbwegs aktuell. Das überimpfen der Bakterienkollonien war am lustigsten, weil die blau und schleimig waren. Ansonsten leb ich mich schon richtig ein und weiß schon, wo die meisten Sachen sind. Funktioniert hat auch alles, ich kann nur zufrieden sein. Ein echt blunzenstrudliger Tag. Bis morgen,
euer Gloria- Feuerlöschervertreter.

13.7.2010: Frisch aus dem Urlaub schreib ich nun,
wie´s am Diienstag war.
Es gab gar einiges zu tun,
die Hitze kochte uns alle gar.
Es gab jedoch auch Zeit zu ruhen
und für Themen wie göttlichen Nektar.
Das wars auch schon, was ich hier geschrieben,
denn mein Laborheft ist in Seibersdorf geblieben.
Besen, Besen, sei´s gewesen,
auf dass wir uns bald wieder lesen.