Es ist wieder einmal an der Zeit, meinen Blog zu aktualisieren. Denn obwohl mein summerschool Praktikum schon nahezu ein Jahr zurückliegt, ist eine Geschichte bis heute noch nicht abgeschlossen gewesen. Diese hat zwar auch eigentlich nichts mit der summerschool zu tun, dennoch hatte ich hier immer wieder von meinen Bemühungen geschrieben, einen Studienplatz für Humanmedizin zu bekommen.
Und jetzt ein Jahr später habe ich dieses große Ziel erreicht und mir ist ehrlich der sprichwörtliche Stein vom Herzen gefallen.
Da viele TeilnehmerInnen der summerschool ebenfalls Medizin studieren wollen und ebenfalls die Hürde EMS meistern müssen, habe ich eine kleine Botschaft für euch. Es hilft auf jeden Fall sich gründlich vorzubereiten, sich Material über den Test zu besorgen und die einzelnen Übungen zu trainieren. Auch ein Vorbereitungskurs gibt einem die Möglichkeit mehr über den Test und dessen Tricks zu erfahren. Aus meiner Erfahrung kann ich also die Hinweise, die von offizieller Seite gegeben werden nicht unterschreiben. Übung macht halt immer noch den Meister bzw. die Meisterin ;)

Ein Thermocycler.


Die Proben in den Strips vor dem Cycling.


Die Proben im Cycler.


Pipetten und Spitzen, ohne diese Werkzeuge geht gar nichts...

Der letzte Tag begann mit dem Auftragen der PCR Produkte von meiner T93M SLOS Untersuchung. Das Ergebnis war dann ein wenig ernüchternd, denn es hatte wieder einmal nichts funktioniert. Somit ist die T93M die einzige PCR und die einzige Aufgabe überhaupt, die ich nicht hinbekommen habe.
Einziger Hoffnungsschimmer in Sachen T93M waren die 96 Proben, welche Silvia am Donnerstag angesetzt hatte. Diese trug ich auch noch am Vormittag auf die Agarose Gele auf. Doch auch jetzt sollten sich die messbaren Erfolge in Grenzen halten. Leider hatte auch diese PCR überhaupt nicht funktioniert...
Wesentlich besser verlief dann am Nachmittag die Durchsicht der Sequenzierungsergebnisse der SLOS Proben, die ich angesetzt hatte (Exone 6,7 und 9). Diese hatten alle funktioniert und eine Diagnose konnte daraufhin auch komplett abgeschlossen werden. Denn die anderen Exone waren schon untersucht. SLOS Mutation konnte keine gefunden werden.
Bei der zweiten Probe gab es im Exon 9 ein bekanntes Problem, nämlich gab es in den ersten paar Basen kein brauchbares Ergebnis. Die Sequenzierung funktionierte am Anfang brachte am Anfang viel zu hohe Peaks, diese nahmen aber schnell ab. Da einmal von vorne und einmal von hinten (for und rev Primer) sequenziert wird, fehlte also jeweils ein kleines Stück. Der Großteil der Sequenzierung war aber schön, daher muss sie zwar wiederholt werden, es war jedoch kein Fehler meinerseits. Wenn dies passiert weiß man, dass man die Primermenge reduzieren muss, um diese Teile zu bekommen.
Danach machte ich noch eine "kleine" PCR für die Diagnostik. Nur zwei Primer (for und rev) und diesmal einen 5x Puffer sowie die dazupassende taq, aber keine Q-Solution. Bekommen will man das Exon 17 für eine Sequenzierung.
Zum Abschluss half ich noch mit 4 Liter TE Puffer herzustellen mit einem pH Wert von 8,0. Die notwendigen Chemikalien TRIS (Tris(hydroxymethyl)-aminomethan) und das etwas gefährlichere EDTA (Ethylendiamintetraessigsäure) wog ich ab und löste sie in ionisiertem (entmineralisiertem) Wasser auf. Dann wird der pH Wert dieser Lösung gemessen, er sollte bei 8,0 liegen. In unserem Fall war dieser zuerst zu hoch, nämlich bei fast 10. Daher gab ich HCl hinzu, bis sich der Wert bei 8 einpendelte.
Nun war mein Praktikum endgültig vorbei, leider wie ich sagen muss, denn es hatte sehr viel Spaß gemacht. Ich habe in den vergangenen drei Wochen sehr viel lernen können und vor allem viel praktische Erfahrung gewonnen. Und mir ist noch klarer geworden, dass die Wissenschaft meine Welt ist.

Der vorletzte Tag

Am Vormittag nützte ich die Zeit, um die Blutproben fertig umzufüllen und die Deckel der Tubes zu beschriften. Eine kleine Episode möchte ich daraus erzählen, nämlich als ich eine Pipette ein wenig mit Blut kontaminiert hatte. Bei 1000µl sind die Spitzen schon ganz schön voll, aber zwischen dem Blut und der Pipette gibt es dann ja immer noch einen Filter - dachte ich zumindest. Jedenfalls habe ich das Blut wohl ein bisschen zu flott eingezogen und dieses warf lauter Blasen, die dann sehr schnell durch den Filter hindurch auf die Pipette trafen. Wenigstens hatte ich gleich den Vorwärtsgang wieder eingelegt, denn so musste man nur den vorderen Teil der Pipette abbauen und reinigen.
Zuerst in Desinfektionsmittel einlegen, dann mit DNAse (DNA zerstörendes Enzym) besprühen und wenn es dann immer noch nicht sauber ist (bei Blut sieht man es ja gut) dann muss das Bestandteil autoklaviert werden. Im Prinzip keine große Geschichte, es gehört aber unbedingt gemacht, noch dazu wo es sich um Blutproben von Patienten handelte.

Am Nachmittag kamen dann die lang ersehnten Ret-Primer, die dann noch hergerichtet werden mussten (mit Wasser gemischt, sodass sie flüssigen Zustand erlangen). Dann haben die Primer auch die richtige (standardmäßige) Konzentration von 100µM (Mykromolar) und können für die PCRs je nach Notwendigkeit verdünnt werden.
So konnte ich nach zweieinhalb Tagen endlich die T93M PCR wieder ansetzen. Das Ergebnis gibt es dann morgen...

Der dreizehnte Tag meines Praktikums begann mit der Auswertung von Sequenzierungen am Computer (ich selbst habe nur zugesehen). Aber es war auch schon eine der SLOS Sequenzierungen dabei, die ich vorbereitet hatte. Nämlich die von Exon 6 forward und Exon 6 reverse. Sehr zu meiner Freude und Erleichterung war ein brauchbares Ergebnis herausgekommen.

Nach dieser "Büroarbeit" half ich bei der Vorbereitung von Blutproben zur DNA Extraktion. Dazu müssen die eingeschickten Proben in 1,5ml Tubes gefüllt werden, da diese im BioRobot, also dem Extraktionsgerät, Platz haben. Die einzelnen Tubes gehören hierfür natürlich beschriftet, doch die Etiketten mit der Nummer der Probe und dem Namen des Patienten schreiben sich nicht von selbst. Ca. 130 Etiketten waren es schlussendlich, die ich alle geschrieben hatte. Eine beeindruckende Zahl, aber nicht der Arbeit Ende, denn nun mussten die Etiketten auf die Tubes geklebt werden und zur Sicherheit musste ich überall noch einen Streifen Tixo darüberkleben.
Nach der vollständigen Beschriftung und Beklebung aller Tubes war eine kurze Mittagspause angesagt, am Nachmittag begann ich dann mit dem Umfüllen der Proben. Das kann man als die gefährlichste Arbeit im Labor bezeichnen, da man sich hier sehr leicht infizieren könnte. Jede Probe muss behandelt werden, als enthielte sie HIV Viren. Man kann es nicht wissen und aus Datenschutzgründen dürfen sie auch nicht gekennzeichnet sein. Beim Umfüllen trägt man natürlich Handschuhe und man muss aufpassen, dass man kein Blut auf die eigene Haut bekommt. Nach der Arbeit gehört die Pipette noch ordentlich geputzt.
Im Normalfall kann eigentlich nichts passieren, solange man umsichtig arbeitet.
Lästiger ist die Tatsache, dass beim Pipettieren immer ein paar Tropfen in der Spitze hängen bleiben oder ein paar Spritzer auf der Arbeitsplatte neben dem Papiertuch, das man vor sich hat, landen. Diese sind dann extrem schwer wegzuputzen, aber gut.
Wichtig aus Sicht der PatientInnen ist es, ja keine Proben falsch einzufüllen. Deshalb gilt wie immer langsam, konzentriert und geduldig sein.

Am Ende des Arbeitstages war dann immerhin schon gut die Hälfte der Proben umgefüllt, also alles in allem recht erfolgreich.