Heute war ich wieder im Labor
Gerti erklärte mir was sie in der Zwischenzeit mit meiner mtDNA (mitochondrialen DNA) so alles gemacht hat, auch die weiteren Schritte (die ich, meistens, alleine durchführen durfte) erklärte sie mir ausführlich
dann begannen wir mit der Arbeit
als aller erstes mussten wir die DNA 2 mal waschen mit einem Vakuumgerät
dann machten wir einen Mastermix und die restlichen Schritte bis zur PCR
dann kam die PCR diese dauerte ca. 2 Stunden
in der Zwischenzeit warteten wir die Sequenzierer und Gerti erklärte mir alles genau
dann fragte sie mich ob ich noch eine Elektroforese machen will, da sie schon eine gemacht hatte und mir das Bild erklärt hatte
da sagte ich natürlich nicht nein, auch wenn ich das Gel dafür nicht selber machen durfte da ich noch nicht 18 bin und man 2-3 Tropfen Ethidiumbromid verwenden muss
wir haben das Gel gemacht und die Elektrophorese gestartet und als die fertig war gingen wir in die Dunkelkammer um ein Bild (unter UV-Licht) zu machen
Als wir zurück kamen war die PCR bereits fertig und wir konnten die Platte in den Sequenzierer schieben
Nächste Woche werde ich mit Linda Zellkultur machen und wenn ich Zeit habe meine eigene mtDNA auswerten
bin schon gespannt was mich mit Linda so alles erwarten wird

mein aller letzter Tag bei den Statistikern war heute eigentlich ganz gemütlich
wir sind ja schon ein eingespieltes Team und haben in der Zwischenzeit schon ziemlich viele Fragebögen überprüft
wir waren heute zum Abschluss richtig essen und es war total nett
auch wenn ich in den letzten Tagen nur Fragebögen ausgewertet habe habe ich doch einiges gelernt
ich weiß jetzt dass der Beruf Statistiker nichts für mich ist, auch das lange Sitzen und auf den Bildschirm starren finde ich nicht sehr interessant
aber ich weiß jetzt auch wie viel Arbeit eine solche Studie beinhaltet
eine Studie ist nicht nur einen kleinen Fragebogen machen und dann ein bisschen auswerten, es steckt wirklich sehr viel Zeit dahinter und man braucht ein kompetentes Team das sich mit den Sachen auskennt

Hansi (Informatiker) fragte mich heute morgen ob ich nicht die Nacht durchgearbeitet hätte da ich später als er gegangen bin und früher gekommen bin soweit bin ich aber Gott sei dank noch nicht
Barbara sieht auch jeden Tag noch mitgenommener aus
teilweise müssen wir uns ziemlich anstrengen um nicht direkt vor dem Bildschirm einzuschlafen
aber der Ansporn so viele Fragebögen wie nur möglich auszuwerten treibt uns an (ja man kann daraus auch etwas positives machen)
am Vormittag stand plötzlich Gerti in der Tür und fragte ob sie mich nicht für 10 Minuten ausleihen könnte
ich ging mit ihr ins Labor und musste in ein Gefäß für DNA (Oragene DNA) spucken
danach ging ich wieder hinunter und arbeitete mit Barbara weiter an den Fragebögen
am Nachmittag kam Gerti noch einmal sie hielt in ihren Händen ein Epi (Eppendorf-Gefäß) gefüllt mit einer Flüssigkeit in der ein kleines etwas (wie ich später erfuhr meine DNA) schwamm
sie erklärte mir dass DNA wenn sie in 100% Ethanol gegeben wird sichtbar wird
dann ließ sie mich und Barbara wieder weiter arbeiten

heute haben wir wieder den ganzen Tag Fragebögen ausgewertet
die anderen bemitleiden uns schon alle
aber eigentlich geht es jetzt recht schnell und wir haben heute die hundert „Fragebogen-auswerte Marke” überschritten
darauf sind Barbara und ich ziemlich stolz
in einer Woche ein bisschen mehr als 100 Fragebögen auszuwerten ist nicht schlecht
Anita (meine Betreuerin) stattete uns heute einen Besuch ab und fragte ob Barbara mich noch länger braucht
Da Barbara sich noch nicht so ganz sicher war ob genügend Fragebögen ausgewertet sind werde ich jetzt noch 2 weitere Tage bei Barbara bleiben

heute morgen begannen wir wieder mit Fragebögen auswerten
Barbara schien sehr müde und sie erzählte mir dass sie am Freitag noch bis dreiviertel 10 (!!) die Fragebögen mit unserem Chef durchgegangen war
auch das restliche Wochenende hatte sie via email noch einiges mit dem Chef besprochen
und so begannen wir mit der Bearbeitung der aufgetretenen Fragen
als alle abgearbeitet waren begannen wir mit weiteren Fragebögen die noch auszuwerten waren
nach und nach füllt sich unsere Liste mit gelben Markierungen und Haken
die Wiener Fragebögen sind uns jedoch noch immer nicht ans Herz gewachsen =(
aber wir steigern uns immer weiter und kommen schon sehr schnell voran

heute morgen begannen wir nicht sofort mit dem Auswerten der Fragebögen
als erstes musste ich 2 Seiten der Fragebögen (diese Arbeit hatte vorher Anita, sie Sekretärin, gemacht) kopieren und in einen Ordner einsortieren
Barbara hatte mit dem Chef, Gerti, Moni und Anita eine Besprechung
in dieser Besprechung wurden auch die Fragebögen der Wiener besprochen und beschlossen dass man mehr Fragebögen überprüfen muss als zuvor angenommen
es wurde auch beschlossen dass ich noch 2 Tage länger bei Barbara bleibe und ihr dabei helfen soll die Fragebögen auszuwerten
Die Besprechung dauerte länger als zuvor angenommen und ich sortierte in der Zwischenzeit noch einige Unterlagen in die Akten ein
als Barbara kam überbrachte sie mir die Botschaft dass sie mich noch 2 Tage „behalten” darf
ich glaube sie ist sehr froh darüber, sonst hätte sie alles alleine machen müssen
so begannen wir aufs neue mit dem Auswerten der Fragebögen
bis zum Ende des Tages haben wir die erste Runde durch die Wiener Akten geschafft
Am Mo und Di werden wir noch einige weiterer bearbeiten und hoffen dann dass der Großteil fehlerfrei ist
schön langsam sind wir richtig gut im entziffern von Schriften und unser Gespür für die richtigen Zahlen hat sich auch schon entwickelt
ich bin jetzt jedoch endgültig zu dem Entschluss gekommen dass ich nie einen Beruf als Statistikerin wählen werden
Eigentlich bin ich in dieser Woche wirklich gut im Entziffern von Handschriften geworden,
vielleicht sollte ich ja doch diesen Beruf in Erwägung ziehen ;)

ich sehe schon nur mehr Zahlen und Kreuze von den Fragebögen
eigentlich brauchen Barbara und ich nicht mehr auf die Fragen achten da wir schon ein eingespieltes Team sind und genau wissen um welche Fragen es sich handelt
wir haben heute die Fragebogen der Innsbrucker Patienten fertig bekommen alles in allem geht es recht schnell
es ist sehr unterhaltsam zu sehen was die Menschen alles ankreuzen und vor allem wenn dir dann Barbara fragen ob dies alles stimmt dann sagt sie oft dass sie sich das bei diesee und jenem Patienten nicht vorstellen kann
als wir mit den Innsbrucker Patienten fertig waren begannen wir mit den Wiener Patienten
am Anfang dachten Barbara und ich dass dies ein leichtes wäre da die Fragebögen so schön eingeordnet und sortiert worden waren
doch wie sich herausstellte war dies nicht der Fall
die in das Programm eingetragenen Werte stimmten mit denen der Fragebögen teilweise nicht zusammen oder man konnte die Schrift der Ärztin, die die Fragebögen erhoben hatte, nicht lesen.
So wurde das Auswerten der Fragebögen schon fast zu einem Ratespiel
Ich glaube schön langsam dass der Beruf Statistikerin nichts für mich ist

heute ging es gleich los mit Auswerten
Gott sei dank kommen wir immer schneller voran auch wenn es einige Zeit in Anspruch nimmt und die Fragen an Barbara (die Ärztin) sich häuften; aber da sie heute Abend wieder kommt um die Fragen zu klären ist das kein all zu großes Problem
Barbara und ich unterhalten uns nicht mehr wie gewöhnliche Menschen sondern sagen nur mehr 1,4,5,1,2 etc oder Vater gestorben mit 40 etc
jeder der an unserer Tür vorbeigeht lacht sich halb tod da es sich so lustig anhört
morgen wird es sicher wieder so lustig mal schauen ob wir unseren Rekord von heute überbieten können

heute war mein erster Tag bei den Statistikern
Barbara erzählte mir was wir die ganze Woche machen werden
in einer Studie wurde von jedem Teilnehmer ein Fragebogen ausgefüllt
die Ärzte die diese Fragebögen mit ihren Patienten ausfüllten hatten die Daten in ein spezielles Programm eingegeben
da dabei jedoch oft Fehler passieren müssen wir alles noch einmal kontrollieren
da wir nicht alle kontrollieren können machen wir Stichproben
dies ist sehr mühsam und wird vermutlich noch einige Tage beanspruchen
als aller erstes musste ich jedoch Einlageblätter zu jedem Fragebogen dazu legen damit wir später schneller sind wenn wir den gewünschten Fragebogen suchen
dies wäre eigentlich schnell zu bewältigen gewesen, wenn nicht die ganzen Unterlagen der Patienten durcheinander eingeordnet worden wären
so musste ich zuerst alles ordnen
da einige Fragebogen aus der Studie entfernt wurden musste ich alles mit einer Liste abgleichen
dann wurde es „ernst”
Barbara und ich fingen an die Fragebögen auszuwerten
am Anfang war es noch recht mühsam alle Angaben in der richtigen Reihenfolge anzusagen und zu schauen ob auch die Laborwerte stimmten, aber nach und nach wurden wir immer besser ;)
am Ende des Tages kam auch noch eine Ärztin (Barbara, sie kennt die Patienten) um aufgetauchte Fragen zu beheben
bin gespannt ob wir morgen schneller vorankommen und es genau so lustig wird

heute morgen war die wöchentliche Besprechung des ganzen Teams mit dem Chef
es wurden alle laufenden Projekte besprochen und etwaige Probleme geklärt
Barbara (eine Statistikerin) fragte Gerti ob ich nicht ab morgen für eine Woche bei ihnen mithelfen könne
da Gerti damit kein Problem hatte werde ich ab morgen mit den Statistikern zusammen arbeiten und erst nächste Woche wieder in das DNA-Labor zurückkehren
da Barbara heute jedoch noch keine Zeit hatte verbrachte ich den Tag im DNA-Labor mit Arbeit am Computer
ich musste mDNA auswerten indem ich die gewonnen mDNA am Computer mit einer festgelegten Vorlage (ein Forscher bestimmte seine DNA und sagte dies sei der Maßstab) verglich
am Anfang war dies noch ein bisschen kompliziert da ich erst die Sequenzierprodukte bearbeiten musste damit die mDNA (Mitochondriale DNA), die rund ist, für das Programm und auch für mich leichter zu bestimmen war
dann musste ich nur mehr schauen wo es Unterschiede mit der festgelegten Vorlage gab
wenn mir der Computer welche anzeigte musste ich kontrollieren wo der Fehler lag
damit habe ich meinen ganzen Tag verbracht
Moni und Gerti sagten mir dass ich für das erste Mal dies sehr gut und vorallem schnell gemacht habe =)

morgen geht es dann zu den Statistikern bin schon gespannt was mich dort erwartet

heute haben wir zu aller erst einen SNP von Gerti vorbereitet
dafür musste ich zuerst Wasser mit DNA-Polymerase und Primer in einem von Moni zuvor ausgerechnetem Verhältnis pipettieren und in 8 kleine Gefäße verteilen
dann haben wir es mit dem kleinen Pipettiergerät und dann noch mit dem großen auf 2 Platten (384 well) verdünnt
so konnten wir die PCR starten dies dauerte ca 2 Stunden
in der Zwischenzeit erklärte mir Moni wie man die SNP´s auswertet
als die PCR fertig war sequenzierten wir mit dem Sequenzierer die beiden Platten
das erhaltene Bild (es zeigt die Verteilung von C/C, T/T und C/T) war sehr gut und eindeutig

Gerti war sehr zufrieden mit unserer Arbeit
damit war mein Tag beendet

heute durfte ich zum erstenmal mit richtiger DNA arbeiten!!
am Anfang hatte ich kein gutes Gefühl da ja alles ganz genau stimmen muss
aber ich habe mich ganz gut geschlagen
den ganzen Vormittag lang habe ich die Konzentration der DNA-Proben gemessen
ich musste dabei besonders auf die Werte achten die mir der Computer anzeigte
nicht alle Proben waren gefüllt, einige waren gleich (es waren immer die gleichen --> Gegentest (Nullproben)) und andere waren nur mit sehr wenig DNA gefüllt
dies musste ich sehr genau dokumentieren
als ich alle vier Platten (96-well Platten)durch hatte, brachten, wir mit den gesammelten Daten und einem 8-Spitzen Piepetiergerät, alle Proben auf die gleiche Konzentration
da diese Proben jedoch auf 4 verschiedenen Platten aufgebracht waren, mussten wir sie in eine Platte (384-well Platte) bringen, dies machten wir mit dem großen Piepetiergerät
Da die DNA jedoch flüssig ist muss sie über Nacht offen (ja richtig gehört offen!!)stehen, damit sich das Wasser verflüchtigt und so nur noch die reine DNA vorhanden ist
so kann die DNA für die PCR verwendet werden

Moni hat mir auch schon veraten was wir morgen machen werden
wir werden einen SNP von Gerti auf zwei Platten bringen und dann nocheinmal auswerten

heute war mein erster Tag im Labor
ich arbeite ab jetzt mit Moni und Gerti zusammen
da man in der prae-PCR sehr viel pipetieren muss hatte ich heute den ganzen Tag Training
als erstes machte ich eine 1:2 Verdünnung von Orange G und Wasser, wenn man es richtig macht dann wird die orange Farbe immer heller
als zweies machte ich eine 1:3 Verdünnung die wir dann untersuchten ob ich auch genau gearbeitet habe
da die Konzentration dieser Löung jedoch zu stark für das Gerät war, musst ich es verdünnen zu einer 1:10 Verdünnung
am Ende des Tages haben wir noch ein Programm ausprobiert, das sich Cherry-Pick nennt, damit kann man die genaue Position einer Löung auf einer Platte festlegen, wir haben damit ein ganz nettes Muster erzeugt ;)

ich glaube ich habe mich im großen und ganzen ganz gut angestellt
und morgen darf ich dann mit richtiger DNA arbeiten

heute war wieder Theorie angesagt
da wir jedoch gestern schon so viel durchgenommen haben war es nicht all zu viel
Theorie:
HWE
Datenbank für SNP-Daten
Hapmap
mitochondrial DNA
Stefan zeigte mir auch einige Beispiele für das Gelernte
und eine interessante Seite von national geographic die sich genographic nennt

da wir schon so viel Theorie gemacht hatten, hatte ich heute früher frei

morgen geht es dann zum ersten Mal in das Labor
ich bin schon gespannt was mich dort erwartet