17.6: heute haben wir die zellen von dienstag fertig gemacht, das heißt wir haben sie vom boden gelöst, mit pbs nachgewaschen, durch zentrifugieren ein pellet gemacht, die flüssigkeit abgesaugt und das pellet weggefroren. dannach haben wir 3 mastermixe vorbereitet, die wir für die realtime pcr brauchen und diese angesetzt. klaus ist heute früher weg und darum werten andy und er die ergebnisse der realtime pcr in einer woche aus-andy geht auf urlaub. nächste woche sind wir dann wieder bei fred. jetzt machen andy und ich zellkultur, mal schauen was genau. wir haben nochmal zellen von vorgestern geteil, d.h medium raus, pbs zum waschen, trypsin um die zellen zu lösen rein, medium drauf um das trypsin unwirksam zu machen (sonst zerstört es die zellen) und dann alles zentrifugieren, flüssigkeit absaugen, medium rein um pellet zu zerstören und dann aufteilen auf neue flaschen. dannach hab ich noch bei der anderen mitarbeiterin das selbe gemacht, weil das nach den ersten paar wochen langweilig wird...naja und dannach bin ich heim :D
20.7: heute bin ich wieder bei fred und wir haben zeellen (controlle, mock, p300 und cbp) die er behandelt hatte abgelöst und zu einem pellet verarbeitet. nachher messen wir dann, wie viele zellen zelltod begangen haben und vorallem ob das durch innen oder außen eingeleitet wurde. die beiden wege treffen bei der caspase 3/7 zusammen und führen dann zum tod der zelle. wir haben eben gemessen, wieviel licht ausgesendet wurde was uns dann rückschluss auf den weg gegeben hat. am nachmittag werden wir dann zellen die wir mit andreas gezüchtet haben (LNCaP) mit verschiedenen mengen alkohol behandeln um zu sehen, was passiert. da die zellen erstmal in 6-well-platten ausgesät werden müssen, werden wir den alkohol und auf der 2. 6-well-platte DMSO erst morgen dazugeben damit die zellen erstmas festwachsen können.
21.7: heute haben wir die 6-well-platten infiziert, d.h. verschiedene % ethanol und DMSO dazugegeben. dannach haben wir mit einr bakterientransferierung angefangen. die dauert mehrere tage. dabei haben wir zu den bakterien plasmide gegeben und damit die bakterien sie annehmen (bei 42° C öffnen sie sich und das plasmid geht rein) hat das plasmid ein teil von einem Ampicilln- gen damit die bakterien das plasmid nicht gleich wieder rausschmeißen. denn durch dieses gen sind sie resistent gegen ampicillin und dann macht ihnen das gen, wegen dem wir eigentlich die plasmide verwenden, nichts aus.
22.7: heute haben wir nen westernblot angesetzt und dannach die bakterien gepickt, das heißt die bakterienkultur, die wir gestern schön auf dem agar verteilt haben ein kleinen punkt genommen. man kann davon ausgehen, das der von 1 bakterien entstanden ist. wir haben 6 klone hergestellt und zwar in etwas medium. jetzt lassen wir sie im wasserbad mit luftzufuhr wachsen und haben morgen unsere hauptkultur fertig. am nachmittag hatte fred beschprechungen und wir haben mit holger gearbeitet, wir haben proben für ihn vorbereitet.
23.7: heute ist mein letzter tag und darum hab ich natürlich nen kuchen mitgenommen...und wir haben die bakterien zentrifugiert, mit buffern behandelt sodass jetzt die DNA in flüssigkeit gelöst ist und der rest weg ist. ausserdem waschen wir noch den western blot von gestern fertig.
am nachmittag haben wir dann nebenher noch die dna aus den bakterien zu einem pellet verarbeitet und dannach noch die zellen, die wir mit DMSO (gefrierschutz) oder Ethanol behandelt haben analysiert. dafür haben wir sie zu einem pellet verarbeitet, wieder in flüssigkeit gelöst und in ein gerät getan dass die zellzahl insgesamt, lebende zellen und %-Anteil der lebenden zellen uns berechnet hat.

bisher habe ich einen sehr netten eindruck derr mitarbeiter, mir gefällt es sehr gut obwol ich mich teilweise einfach noch eingewöhnen muss...mein betreuer fred erklärt sehr gut die fachbegriffe und wieso man was braucht...
es gibt hier auch einige mitarbeiter die nur englisch reden, nächste woche wird mich einer von ihnen betreuen...bin schon gespannt, wieviel ich verstehe...
ansonsten sind die mitarbeiter sehr hilfsbereit und locker..ich hab wohl glück gehabt mit dem labor!

und gestern hat fred mir erklärt,wie eine pcr abläuft und was genau das ist...für diejenigen, die wissen owllen was eine pcr ist: http://online-media.uni-marburg.de/chemie/bioorganic/vorlesung1/kapitel3.html?/chemie/bioorganic/vorlesung1/k3-01.html
und wer mehr überrna usw. wissen will: http://www.biochemie.uni-jena.de/files/Praktikum/Isolierung%20von%20RNA.pdf

ja, gestern haben wir eben die rna ausgewertet, und heute haben wir eine realtime pcr gemacht, blöderweise hat das gerät die eine aufgabe nicht gemacht und wir mussten es nochmal machen...

heute, di, 7.7, haben wir dann mit uv die rna (nicht dieselbe wie gestern, sondern eine die fred letzte woche gemacht hat) genauer gemessen...wie viel drin ist, wir sauber sie ist usw. das nennt man pcr.
8.7: heute haben wir eine realtime pcr gemacht, d.h dna analysiert...weil das gerät dafür 1.5 h braucht, habe ich zwischendrin einer anderen mitarbeiterin über die schulter geschaut...die hat ein männliches hormon mit verschiedenen mengen androgenen vermischt um zuschauen, bei welcher menge das beste ergebnis ist...
9.7: heute haben wir mit proben die wir di vorbereitet haben einen western-blot gemacht, d.h. wir haben die proben in kleine kämmerchen gegeben, unter denen ein gel ist, das haben wir bei 150volt angeschlossen und die proteine sind in das gel hinein gewandert, zum pluspol. da das gel die kleinen proteine schneller durchlässt, sind die proteine nach 1.5 h der größe nach auf dem gel verteilt. wir haben das gel rausgenommen, eine nitrozellulosemembran und filter dadran gegeben und nochmal angeschlossen, jedoch die pole diesmal nicht oben und unten sondern rechts und links. jetzt steht das ganze bei 35volt wieder für 1 h sodass die proteine auf die membran wandern. dannach haben wir die membran in einer flüssigkeit auf eine maschine gelegt, die die flasche dieganze zeit dreht. dannach haben wir antikörper für ein protein, das uns interressiert, dazugegeben. morgen machen wir weiter.
und wir haben jetzt gestern noch zellen gezählt, dafür haben wir eine winzige menge auf eine platte getan, auf der striche in bestimmten abständen waren, insgesamt 4 quadrate mit je 16 feldern...da haben wir die zellen gezählt und dannach ausgerechnet, wieviele zellen in der eigentlichen menge von material war...
10.7: heute haben wir den western-blot von gestern weiter bearbeitet, indem wir bestimmte zweitantikörper, die an die antikörper an dem bestimmten protein binden dazugegeben haben. davor haben wir 4 mal die membran mit tbst gewaschen, je 5 min. mit 10ml. der zweitantikörper hat eine fluoreszenz, und das licht das ausgestrahlt wird, können wir messen.
13.07:heute bin ih nicht mehr bei fred, sondern bei einem griechen, andreas. ausserdem ist heute der zweite summerschoolpraktikant gekommen,klaus. wir haben erst erklärt bekommen, was für verschiedene zelllienien andreas benutzt, und er hat uns das projekt, an dem er seit 3 jahren arbeitet, erklärt. dabei geht es grundsätzlich darum, den androgenrezeptor, der das wachsen von krebs beeinflußt, zu hemmen. das macht man mit sirna um den ar zu hemmen, um den weg zu hemmen muss man ein haben zellen gezählt und 1mill. zellen in je eine flasche gegeben. dannach haben wir die restlichen zellen verdünnt.ausserdem haben wir die üblichen sachen gemacht-medium neu vorbereitet (kalbsserum als nahrrung dazugegeben). am nachmittag gabs nichts mehr zum tun und wir haben tom, dem ami mit dem ich letzte woche zusammengearbeitet habe, über die schulter geschaut. der hat nähmlich eine realtime pcr gemacht und hatte dafür blutproben...
14.7: heute haben wir erstmal zellen mit präpariert die wir morgen und so weiter verwenden. dannach musste andy was erledigen und wir haben tom geholfen, seine proben von gestern in verschiedenen konzentrazionen in ein gerät zu tun, das man unter anderem für die realtime pcr braucht. er hat aber was anderes gemessen, was genau sag ich später. am nachmittag sind wir in ein labor gegangen, dass zwischen urologie und pathologie kommuniziert und die prostata auswertet. wir haben ausprobiert, wie man die prostata in scheiben schneidet um zu sehen ob krebs vorhanden ist. dannach haben wir nichts mehr gemacht.
15.7:heute haben wir für den western blot zellen vorbereitet, die sind jetzt im shaker und dannach haben wir die zellen von gestern mit 1ml medium versetzt. jetzt ist pause und dannach machen wir beim western blot weiter. weil ich den western blot letzte woche schon gemacht habe und klaus immer pipetiert (oder bei heiklen sachen andreas) und mir das zu langweilig wurde nur zuzuschauen, habe ich bei tom mitgeholfen. der hat mit anderen proben das gleiche wie gestern gemacht. wir haben aus blut rna gewonnen.
16.7: heute machen wir den western blot fertig. gestern wurde nach dem der erste antikörper draufgegeben wurde aufgehört. heute haben wir weiter gewaschen, den zweitantikörper dazugegheben, einwirken lassen, gewaschen, gescannt. dannach war ein meeting bei dem die gruppe von dr. klocker die ergebnisse der letzten zeit einander präsentiert hat. dannach haben wir die zellen von vorgestern zu einem pellet verarbeitet und nach dem zweiten meeting nur von andreas machen wir damit eine realtime pcr.