Der erste Arbeitstag hat begonnen! Ich bin begeistert und habe schon einiges über SQL und Datenbanken gelernt. Ich freue mich schon auf morgen!
PS: Auch das Mittagessen im Tilak-Gebäude war fantastisch! ; )

Heute gab es Ärger mit der SSD-Festplatte.Na ja, vielleicht kann eine virtuelle Maschine helfen!

Die erste Woche ist schon um! Die Zeit geht schnell vorbei und es wird nie langweilig. Das Programm ist spannend! Freue mich schon auf Woche zwei : )

Das Programmieren mit Java ist relativ anspruchsvoll, vor allem für einen wie mich, der vorher noch nie mit Eclipse gearbeitet hat. Aber genau das macht die ganze Sache ja so interessant. Man sollte immer neue Herausforderungen suchen : )

Donnerstag,16.September: Heute beginnt der erste Tag im Labor. Bin schon gespannt, was mich dort erwartet!

Freitag, 24. September: Schade, dass heute schon der letzte Tag war. Die Zeit ist viel zu schnell vergangen!

Dienstag, 7.September 2010: Habe heute grundlegende Funktionen der Programmiersprache Java kennengelernt und dabei mit dem Programm Eclipse gearbeitet. Auch das Programm Bugzilla zur Dokumentation von Fehlern, die während des Arbeitens beispielsweise mit MetIQ auftreten, war mir neu und so fand ich es ziemlich spannend, die diversen Funktionen zum Suchen und Melden der Bugs, auszuprobieren. Anschließend beschäftigte ich mich noch kurz mit Rapid Prototyping und Extreme Programming. Am Nachmittag habe ich einen Vortrag der Firma Vialis gehört und mich über die Themen Kardinalität, Normalisation, Rapid Prototyping und Extreme Programming informiert. Außerdem sah ich mir die Biocrates-Homepage an.

Dienstag, 14.September 2010: SQL habe ich auch heute wieder für das Datenauslesen aus der Biocrates-Datenbank verwendet. Außerdem lernte ich viele neue Java-Befehle. So habe ich beispielsweise auch von Eclipse eine Verbindung mit der Datenbank hergestellt und SQL-Queries direkt in Eclipse eingegeben, um so an die Daten zu gelangen. Es entstand so eine Statistik, die Auskunft über die Anzahl der Samples, Konzentrationen, OPs, Kontakte, Projekte, User etc. gab. Die Analyten habe ich nach Klassen gruppiert und die jeweilige Anzahl anzeigen lassen.

Freitag, 17.September 2010: Zuerst bereitete ich heute eine Probe vor: Gluthation, ein Tripeptid. Anschließend ließ ich einen Full Scan durchlaufen um interessante Peaks zu finden. Ich optimierte anschließend die einzelnen Peaks. Danach machte ich einen Product Ion Scan dieser Peaks. So konnten ich einzelne Fragmente der Probe erkennen. Um zu bestätigen, dass diese Fragmente auch nur den vorher gemessenen Peaks zugewiesen werden können, verwendete ich noch den Precursor Ion Scan. Zu guter Letzt entwickelte ich noch eine neue Methode (wobei man den Scanmechanismus und diverse Parameter einstellen kann). Es war ein spannender Tag!

Mittwoch, 22. September: Habe heute bei der Probenvorbereitung für die EM-Messung (Energy Metabolism) geholfen und das Pipettieren mit der Multichannel-Pipette sowie das Zentrifugieren und das Extrahieren zum ersten Mal gesehen. Weiters lernte ich den Begriff SOP (Standard Operating Procedure) und auf diese Weise den Laboralltag kennen! Am Nachmittag fand dann noch das allwöchentliche Meeting der im Labor arbeitenden Mitarbeiter im Konferenzraum statt, wo jeder Beschäftigte in einigen Worten beschreiben soll, an welchem Projekt er gerade arbeitet, und diverse Vorschläge für neue Projekte oder Probleme, die aufgetreten sind, diskutiert werden.

Montag, 6.September 2010: Als ich heute um 8:10 das BIOCRATES-Gebäude betrat, war ich 50 Minuten zu früh da. Um 9:00 fing sodann die Arbeit an und es dauerte nicht lange, bis ein erstes kleines Problem auftrat: Der Monitor des Computers, an dem ich arbeiten sollte, funktionierte kurzzeitig nicht mehr. Nachdem ich circa 10 verschiedene VGA- bzw. DVI-Anschlüsse an den Monitor anschloss und das Problem dadurch gelöst war, beobachtete ich das Austauschen der Backup-Bänder im Serverraum, die am Wochende mit Daten beschrieben worden waren. Es folgte ein kurzer Rundgang durch die Laborräume und die diversen Büros. Am Nachmittag lernte ich die Grundlagen der Datenbankverwaltung bei SQL und konnte viele Funktionen gleich an einer Testdatenbank ausprobieren. Alles in allem ein interessanter erster Tag bei BIOCRATES Life Sciences!

Mittwoch, 8.September: Heute habe ich beim Anschliessen des Internets für das sechste Stockwerk geholfen (das It-Team wird am 20 September in den sechsten stock umziehen, da der dritte Stock renoviert wird) und eine SSD-Festplatte eingebaut, es gab allerdings Probleme mit der Windows 7 - Installation, da Windows 7 die Festplatte bzw. die Partitionen nicht erkannte. Auch ein BIOS-Update half nichts.

Donnerstag, 9.September: Das heutige Programm war besonders spannend: Ich habe mein eigenes Icon mithilfe des Real World Icon Editor sowie des Programms IcoFX gestaltet. Weiters lernte ich den Windows-Client Putty kennen und erstellte Softlinks der Dateien im Development Builds - Ordner (Biocrates - Intranet). Am Nachmittag ging es mit der Windows - Installation weiter: Da die Installation physisch nicht möglich war, installierten wir stattdessen CentOS und starteten eine virtuelle Maschine.

Freitag, 10.September: Habe heute gelernt, Wikipedia-Artikel zu verfassen und viel über Datenbankadministration (Relationale Datenbanken) erfahren. Besonders interessant fand ich ebenfalls das Debugging der MetIQ-Software sowie einige Tools, die vom IT-Team verwendet werden (Team Viewer, Ethereal, Java-Tool, welches die Anzahl der Aufrufe einzelner Funktionen zeigt, Notepad++ etc.).

Montag, 13.September: Die Statistik-Sprache R war heute ein spannendes Thema. Ich schrieb außerdem eine SQL-Query und lernte so manches über Kryptografie sowie esoterische Pogrammiersprachen und Donald Ervin Knuth. Wie letzten Montag habe ich natürlich auch heute die Backup-Bänder ausgetauscht.

Mittwoch, 15.September: Habe heute mein kleines Programm, das eine Statistik über die Daten in der Datenbank von Biocrates Life Sciences entwirft, weiterentwickelt und einige kleine Funktionen eingebaut. Das Programm lässt sich nun als EXE ausführen und die Funktion, die die Daten ausliest, kann durch Eingabe von Parametern auf verschiedenste Datenbanken und Tabellen zugreifen. Die Ergebnisse werden nun außerdem alphabetisch geordnet und die Signale sowie die diversen Metaboliten nach Klassen gruppiert angezeigt. Weiters wird nun automatisch die Anzahl der Zeilen jeder einzelnen Tabelle der gesamten Datenbank ausgegeben. Wird das Programm zwei Mal aufgerufen, lassen sich die Zahlen von 2010 beispielsweise mit denen von 2009 vergleichen. Es war eine ganz interessante Arbeit!

Donnerstag, 16.September: Der heutige Tag begann mit einer Führung durch die Laborräume der Biocrates Life Sciences AG. Dann ging es mit dem Putzen des Interfaces eines Massenspektrometers weiter. Da Verunreinigungen auf der Platte waren, mussten wir diese entfernen, da sonst die gemessenen Daten nicht verwertet werden können. Ich wusch die Platte mit Isopropanol und anschliessend mit Methanol. Danach legten wir das Interface noch in ein Ultraschallbad. Nach dem Mittagessen nahmen wir die Platte aus dem Ultraschallbad und ich lernte die Kalibrierung (das Tuning) einer Messung einer Probe kennen. Ich konnte so aus dem Diagramm die Intensität und das Molekülgewicht (Dalton) der Probe ablesen. Zuletzt probierte ich noch verschiedene Modi, die man mit der Analyst Software einstellen kann, aus: Full Scan, Product Ion Scan, Precursor Ion Scan. Ich lernte aber auch andere Modi wie Enhanced Resolution sowie Enhanced Multicharge oder MRM und Neutral Loss kennen. Alles in allem ein besonders spannendes Thema!

Dienstag, 21.September 2010: Heute waren die meisten Mitarbeiter bei Biocrates auf einer Konferenz oder sollten die Daten auswerten. Ich híngegen machte einen Drucktest, mithilfe dessen sichergestellt werden sollte, dass die Pumpe für die LC-Chromatographie richtig funktionierte. Dieser Test bestand aus zwei Teilen: dem Pressure Test sowie dem Leak Test. Der Pressure Test ist ein Gesamttest. Der Druck steigt auf 400 bar und soll anschließend in einem zwei Minuten langen Zeitraum nicht mehr als 4 bar abfallen. Wenn beim Leak Test ein Problem auftritt, kann das Problem sogleich identifiziert werden (Einlassventil, Auslassventil, Zuleitung etc.). Beim Leak Test wird ein Druck von mehr als 200 bar angelegt und eine Flüssigkeit (beispielsweise Isopropanol) durch Kapillaren geleitet. Der Druck soll dann leicht ansteigen, doch auf keinen Fall fallen. Dieses Problem trat heute leider auf. Michael rief sofort den Service an. Am Nachmittag klebte ich dann noch Barcodes auf die Vials, in denen sich bald Kallibratoren befinden werden. Morgen geht es dann zur Probenaufbereitung...

Donnerstag, 23. September: Heute war ich bei Francesca, die mir einiges über ein neues Projekt erzählte, bei dem es um die Sauerstoffversorgung beim Training im Sport und die daraus resultierenden Veränderungen der Metabolitenkonzentrationen im menschlichen Körper geht, Außerdem erfuhr ich von ihr so manches über ein weiteres Projekt namens COBRED (Colon and Breast Cancer Disease). Besonders spannend fand ich außerdem die Internetseite pubmed.com sowie das Recherchieren der Artikel und das Programm EndNote.

Freitag, 24. September: Der letzte Tag ist zu Ende. Als Abschluss meines dreiwöchigen Praktikums durfte ich heute noch einen kompletten Zyklus von der Probenvorbereitung (Vitamine, Bile Acids sowie Prostaglandine) bis zur Messung miterleben! So stellten wir zum Beispiel auch Eluenten (Mobile Phase A und B) für die Chromatographie her und ich beobachtete das Pipettieren und Aufbereiten der Proben. Außerdem lernte ich, wie eine fertige Platte aussieht. So sah ich beispielsweise die Verteilung der einzelnen Proben, der Kalibratioren, Blanks und der Zero Samples.

Die Metabolomik ist ein spannendes Gebiet. Dank des Praktikums bei Biocrates Life Sciences AG konnte ich einen Blick auf das Arbeitsleben im Labor werfen, praktische Erfahrung sammeln und erkennen, dass es noch viele faszinierende Bereiche in der Biologie gibt, die noch nicht annäherungsweise vollständig erforscht sind und wo daher noch viele Geheimnisse und Überraschungen auf uns warten!