23.7.

Heute sollten wir zum ersten Mal in unserem Leben DNA auf das Geld auftragen. Dazu wurde uns im Schnelldurchgang die Theorie erklärt, sowie genaue praktische Anweisungen gegeben. Mit mehreren vollgeschriebenen Seiten machten wir uns dann ans Werk: Zuallererst mussten wir, um nur die DNA und Wasser zu haben, die Proben mit Natriumacetat und Isopropanol fällen. Nachdem wir die fertig gefällten Proben herunter zentrifugiert ( eine meiner Lieblingsbeschäftigungen  ) mit Ethanol gewaschen und die DNA in Wasser gelöst hatten, konnten wir mit der eigentlichen Arbeit beginnen. Wir mischten in festgelegten Verhältnissen DNA, Enzym, Puffer und reines Wasser in einem Tube zusammen, und mischten davon wiederum einen Teil mit dem Farbstoff (der benötigt wird damit man mit freiem Auge etwas sieht). Danach konnten wir es in die Taschen füllen. Anfangs machte ich mir Sorgen, dass ich wie Jack the Ripper mit der Pipette reihenweise Löcher ins Gel stechen und damit die Taschen ruinieren würde, die Sorgen erfüllten sich aber (zum Glück) nicht.

26.7.

Gleich in der Früh beluden wir heute wieder ein Gel, mit 4 verschiedenen Targets, allerdings war das Mischverhältnis von DNA zu Farbstoff (der, da er schwerer ist und damit hinabsinkt) ein anderes. Mit weniger Farbstoff war das beladen der Taschen schon wesentlich kniffliger!

28.7.

Zusammen mit Andrea machten wir heute unsere erste PCR! Allerdings hatte sie schon einiges vorbereitet, wodurch wir nicht mehr alles herstellen mussten. Wir mussten nur noch den PCR-Mix, zusammen mit RedTaq, dem Primer-MIX und der cDNA/ RT- vermischen, und fertig war der Zaubertrank!
Anschließend war erst einmal 1 ½ Stunden warten angesagt um schließlich resigniert feststellen zu müssen, dass sich mehr heute aufgrund weiterer langer Wartezeiten nicht ausgehen würde. Daher mussten wir das Gel-beladen auf morgen früh verschieben.

29.7.

Bevor wir alles auf das Gel aufladen konnten, stellten wir noch einige weitere Proben zur Qualitätskontrolle her. Dazu machte ich mir einen Haufen Notizen (von denen ich froh sein kann, dass ich deren Sinn im Nachhinein noch verstand). Nachdem wir die verschiedenen Wells zusammenpipettiert hatten, trugen wir es zusammen mit unseren gestrigen PCR-Produkten auf das GEL auf, und warteten das Ergebnis ab. Leider mussten wir bei der Auswertung einsehen, dass mit der PCR irgendetwas schiefgelaufen war, denn man erkannte keine DNA auf dem Gel. Der Rest war (fast) wie erwartet.

30.7.

Für heute war der Verdau von IL-17, EBI 3 und IL-6 angelegt. Dazu mussten wir die Proben erst wie gewohnt Fällen, 2h warten und dann mit dem entsprechenden Enzym verdauen. Für IL-6 hatten wir leider kein Enzym, daher konnten wir nur die anderen beiden verdauen.  .

2. Tag
Zum Arbeiten muss man nun mal sein Werkzeug beherrschen. Aus diesem Grund übten wir heute Pipettieren insgesamt über 150 mal, um ein Gefühl vom Pippetieren großer und kleiner Volumina zu bekommen. Als kleiner „Test“ unserer Genauigkeit fungierte eine Mikrotiterplatte, welche wir mit unterschiedlich stark verdünntem Farbstoff befüllten. Ein Scan im ELISA zeigte dann schnell wie genau wir verdünnt und gearbeitet hatten.

3. Tag
Heute kamen wir dem Praktischen schon etwas näher: Zu allererst durften wir uns anschauen wie das „Kochrezept“ für eine PCR aussieht und wie man Mastermix, Primermix und PCR-Mix herstellt. Nach der PCR übten wir das Befüllen der Geltaschen für die Gelanalyse, vorerst noch auf einer Mikrotiterplatte. Damit wir später alles selber machen können, bekamen wir eine kleine Theorieschule, wie man das passende Enzym zum jeweiligen Primer findet, um den DNA-Strang in angenehm große Stücke zu verdauen. Am Ende des Tages konnten wir uns noch eine Vorstellung davon machen wie das Endergebnis einer Gelanalyse aussehen sollte, beziehungsweise nicht aussehen sollte ;-)

4. Tag
Was gestern geübt wurde, praktizierten wir heute. Wir befüllten die Geltaschen ( leider nur mit Wasser und Farbstoff :-( ) und ließen es den Farbstoff bei 120 Volt durch das Gel Wandern. Danach war ein wenig Fortbildung in der Uni-Bibliothek angesagt um anschließend dann weiterzuarbeiten. Dabei suchten wir uns zu den vorhandenen Primern die passenden DNA-Sequenzen und schauten welch Enzyme die DNA „schön“ schneiden. Solange wie wir zu zweit vor dem (verdammt langsamen) Computer saßen, ist Rattus nordicus ziemlich zerschnipselt ;-)

Der erste Tag verging wie im Flug!
Zusammen mit unserer Betreuerin Catherina Duvigneau
erledigten wir zuerst den Papierkram und erhielten eine kurze Sicherheitseinführung für die Labors und die auf uns zukommende Arbeit.
Gleich anschließend erhielten wir noch eine Führung durch alle Labors, Büros und Gefrierräume des Instituts mit ausführlichen Erklärungen zu den verschiedenen Funktionen der Maschinen und den dort ansässigen Arbeitsschritten.

Morgen gehts dann endlich mit dem Praktischen los! :)

Hi!
Bald ist es so weit: Vom 19.7. an werde ich 3 Wochen lang an der Veterinärmedizinischen Universität in Wien arbeiten und dabei die Möglichkeit haben zu untersuchen, wie Säugetierzellen mit bestimmten Stresssituationen fertig werden und welchen Einfluss die Gene darauf haben. Meine Betreuerin, Frau Duvigneau, wird mich hoffentlich in dieses komplexe Themenfeld einführen. Ich freue mich schon auf spannende 3 Wochen :-)