Heute war also unser letzter Tag an der Uni; und er war einfach fabelhaft! Heute fingen wir schon ganz früh an und führten alle Arbeiten ohne Hilfe durch, da alle in einem Meeting waren. Gut für uns denn so konnten wir unsere Fähigkeiten wohl einmal so richtig auf die Probe stellen.
Wir sollten heute also selbstständig eine Colony PRC machen, eine Masterplate erstellen und dann unser Ergebnis der Colony PRC überprüfen. Tja, und dies machten wir auch; wir mischten einen Master-Mix mit einem 1µl Primer und 12,5µl Go-Tag für unsere Bakterien an und fingen dann unsere Bakterien von de Ampicillin-Plates zu picken; eine zwar ein bisschen müfflige Arbeit aber lustig. Insgesamt pickten wir 32 Klone von den Plates (1 Relig Neo, 1 Relig Puro, 16 Lig Neo, 14 Lig Puro => davon vier wo wir 5 Klone gleichzeitig pickten um noch mehr Klone überprüfen zu können) und fertigten damit unser Conlony Wasser an, von welchem wir dann 11,5 für unsere Colony PCR zu unseren Master-Mixen gaben und dann auch noch ein wenig Colony Wasser auf unsere Masterplate gaben. Bisher war alles gut gelaufen und so starteten wir das PRC Programm, und gossen ein Gel für die folgende Analyse unserer PRC-Ergebnisse (unser Ziel: wenigstens in einem Klon mehr Basepairs zu haben, was dann heißen würde, dass unser SUFU drin ist). Während unserer Wartezeit durften wir auch noch ein paar Samples für Doris auf 2 Gele auftragen und sie erklärte uns auch noch ein paar grundlegende Informationen , wie zum Beispiel die Signalwege miteinander zusammenarbeiten könnten (Gli-Jun).
Als wir dann unsere Proben auf unser Gel aufgetragen haben, haben wir das Gel kurz noch einer Elektrophorese unterzogen und dann unter UV-Licht auf das so sehr ersehnte positive Ergebnis gewartet; doch außer wunderschönen Banden war leider nicht viel Gutes zu sehen; leider wohl wieder ein Reinfall. Doch natürlich alles halb so schlimm, da wir jetzt unsere Fähigkeiten mit den Fehlschlägen bei weitem besser ausgebaut haben, als es wahrscheinlich bei einem Erfolg je möglich gewesen wäre; wir sind schon Gelgieß-Profis, PCR und Colony PCR Profis und können ganz passabel mit Pipetten hantieren.
Abschließend haben wir dann noch ein paar Fotos gemacht, es ab für unsere Arbeitsgruppe noch eine kleine Bescherung und großes Lob und dann kam auch leider schon viel zu schnell der Zeitpunkt, wo sich die Wege wieder trennen, doch es bleiben auf alle Fälle schöne Erinnerungen zurück , die wir jederzeit abrufen können und es gibt ja auch noch facebook...=)
Außerdem, vielleicht, in ein paar Jahren, trifft man sich wieder, irgendwo auf einem Meeting, bei einer Nobelpreisverleihung =) oder Ähnlichem.
Ich bin richtig froh, dass ich diese großartige Erfahrung machen konnte, die nicht nur ein prägendes Erlebnis in meinem Leben war, sondern auch ein wichtiger Meilenstein in meinem zukünftigen Berufsleben! Danke noch einmal an Dr. Fritz Aberger und an unsere Betreuer Wolfi und Helene wie auch die tolle Arbeitsgruppe, denn jeder einzelne war geduldig und behandelte jede unserer Fragen ausführlichst und machte dies immer mit einer Freundlichkeit, die man nur selten antrifft.
Danke noch einmal für Alles!

Tja...der letzte Arbeitstag naht schon..und es ist schon hart jetzt gearade aufzuhören, wo wir uns doch schon eingewöhnt hatten; naja...aber man soll ja immer dann aufhören, wenn es gerade am Schönsten ist!
Unsere heutige Arbeit bestand darin unsere Ligationen und Religationen auf die Ampicillinplates auzutragen damit sie bis morgen schön anwachsen und wir sie für die Colony PRC und unsere Masterplate; unsere 2te und letzte...=(; verwenden können. Ansonsten durften wir heute wieder ein bisschen zusehen bei Wolfis Westernblots und bekamen auch einen kurzen Einblick in die Arbeit von Dors, die mit der wunderschön rot gefärbten Substanz Hematoxin arbeite; ein Gift, das rote Blutkörperchen zerstört; auch einige Schlangengifte gehören zu der Gruppe der Hematoxine.
Nach der Mittagszeit hielten Julia und ich dann unsere Präsentation über unsere vergangenen drei Arbeitswochen und versuchten unsere wichtigsten Projekte und unsere Eindrücke noch einmal zusammenzufassen, was uns, so denke ich, auch ganz gut gelang. Wir hatten sogar einen Hörsaal für uns allein gemietet wo wir vortragen durften!
Allgemein war heute ein recht zwigespaltener Tag, da die Arbeit natürlich immer Spaß macht aber es leider doch schon mit dem Praktikum zu Ende geht. Auf alle Fälle war dies eine einmalige Möglichkeit einen realen Einblick in das Leben als Forscher und Wissenschaftler zu bekommen, denn es wurde uns nicht alles in pretty in pink serviert, sondern wir erlebten auch die nicht so schönen Seiten der Arbeit mit, die sich zwar in Grenzen halten, aber eben doch vorhanden sind; leider lassen sich die üblen Gerüche (Betamercaptoethanol...mein Feind...^^) nicht vermeiden.
Aber ich bin so froh, dass ich diese drei Wochen erleben durfte und dabei auch immer so super und geduldig betreut wurde!

Heute fuhren wir mit unserer Arbeit in Hinsicht auf die SUFU Klonierung fort und kamen heute bis zu dem Schritt bei dem wir die Ligationen machten. Noch einmal kurz erklärt geht es bei einer Ligation darum, die mit Enzymen geschnittenen Vektoren wieder „zusammen zu kleben“ Natürlich hoffen wir dieses Mal auf positive Klone; den leider verschließen sich die Vektoren Puro und Neo ja auch ohne unser Plasmid wieder.
Weiters durften wir heute Buffer für Wolfis laufendes Projekt anfertigen; und ich durfte sogar mit SDS (Natriumlaurylsulfat), natürlich nur mit Schutzmaske und unter dem Abzug, arbeiten. Es war auch richtig lustig einmal ein bisschen in die Chemie einzusteigen und sich wieder ein paar grundliegende Sachen aus dem Gedächtnis zu rufen.
Dann durften wir heute Wolfi wieder ein wenig bei seiner Vorbereitung für die Westernblots zusehen; eine sehr heikle und genaue Angelegenheit die starke Konzentration fordert.
Den Rest des Tages haben Julia und Ich eigentlich damit verbracht die morgige Präsentation vorzubereiten, bei der wir unser Praktikum noch einmal Revue passieren lassen sollen; also wollen wir einmal sehen ob uns das morgen gelingt.

Heute haben wir erneut den Versuch gestartet eine SUFU Klonierung durchzuführen. Unsere Arbeitsschritte liefen fast gleich wie in der ersten Arbeitswoche ab; natürlich jetzt schon ein wenig schneller und routinierter. Eine Abänderung zu unserem ersten Versuch besteht jedich darin, dass wir dieses Mal BamH1 HF (High fidelity; dieses Enzym schneidet bereits nach 5min) verwendet haben, es ist nämlich auch durchaus möglich, dass unser letzter Versuch an dem Enzym gescheitert ist; vielleicht hat es einmal ja zu viel Wärme abbekommen.
Eigentlich wollten wir unsere DNA nur über die Säulen aufreinigen, doch da wir auf dem Analysegel so starke Supercoil-Banden hatten, mussten wir doch wieder die Gelmethode anwenden.Dann wurde das Gel natürlich über eine Säule wieder aus unserer Probe entfernt und wir erhielten dann noch immer 50% unserer DNA; also 2,5µg.
Bei Wolfi durften wir heute bei der Real Time PRC zusehen; da es leider doch eine sehr genaue und komplizierte Arbeit ist, haben wir uns darauf geeinigt nur mental mitzuarbeiten. Wolfi hat für diese PRC seine Proben zusammen mit ein paar Proben von Markus verwendet. Zu aller erst musste er natürlich Wasser vorlegen und hat damit die Samples, also die cDNA, verdünnt. Dann hat er einen Mix aus den jeweiligen Primern und Cybergreen (ein Farbstoff, der in die doppelsträngige DNA interkaliert) hergestellt und jeweils 5µl von diesem Mix und 5µl von der dazugehörigen DNA-Probe in ein Real Time-PRC-Tube hineinpipettiert; diese tubes haben einfach noch ein kleineres Fassungsvermögen und passen natürlich in die spezielle PCR Maschine. Insgesamt hatte er dann 40 Proben samt den technischen Duplikaten, die man zur Sicherheit und Überprüfung von jeder Probe herstellt. Die PRC lief dann für eineinhalb h und während sie bereits gestartet wurde, hat Wolfi noch die Beschriftung der Epis und die Namen der Proben in dein Programm geklopft, womit später eine Excel-Tabelle erstellt wird und man sich dann auch noch auskennt.
Nach so einigen Tag bei der Forschungsarbeit in der Uni, bekommt an schön langsam das Gefühl richtiger Forscher. Wenn wir auch noch nichts weltbewegendes erfunden oder herausgefunden haben, so fängt man an Wissenschaft zu verstehen; es ist nichts, über das man so einfach stolpert, sondern es braucht viel Arbeit und Zeit um zu einem Ergebnis zu kommen. Keinesfalls ist das Leben als Wissenschaftler so einfach wie es in Filmen immer dargestellt wird,doch dies einmal selbst zu erleben übertrumpft den Eindruck doch bei weitem!

Heute starteten wir frisch und munter (ja..ok..nicht ganz munter..=D) in die neue Woche, welche auch die leider die letzte Arbeitswoche für uns darstellt. Jedenfalls arbeiteten wir heute mit den isolierten RNA Proben von Freitag weiter und führten mit ihnen eine cDNA Synthese durch.
Der unterschied zwischen cDNA und DNA liegt einfach darin, dass bei der cDNA (complementary DNA) nur noch die Extrons vorhanden sind und die Introns nicht mehr.
Jedenfalls haben wir jeweils 2µg unserer RNA hergenommen (wir haben davor natürlich die Mengen in µl berechnet ^^) und mit ~18,5µl Wasser ( wenn wir von Wasser reden, dann meist von einfach oder doppelt gefilterten) auf 20µl aufgefüllt. Folgend haben wir 1µl spezifischen Primer hinzu gegeben und dann bei 68°C für 7min in die PCR Maschine gesteckt mit dem Programm SEXY1. Während das Programm lief haben wir den Mastermix (8-fache Menge damit mir ja genug für unsere 7 Proben haben, für jede Probe gibt es dann 10,5µl Mastermix) zubereitet:

6µl 5x buffer
3µl 0,1M DTT
1µl dNTPs (20mM)
0,5µl SuperScript II (Enzym)

Über Mittag lie´ßen wir das SEXY1 Programm dann 80min bei 42°C laufen und haben dann mit der RNA Hydrolyse begonnen. Dazu haben wir jeweils 10µl NaOH geaddet, für 10min das SEXY2 Programm bei 70°C gestartet und dann zur Neutralisation noch 10µl 0,1M Hcl hinzugeben; schon waren wir fertig!
Dann durften wir heute noch, mit Hilfe von Markus, unsere Zellen spalten, was so viel heißt, dass wenn die Zellen in der Flasche den Boden bedeckt haben und sich schon verdichtet und zu Kügelchen geformt haben, tja dann ist es Zeit für diese Sorte von Zellen (menschliche Hautzellen) gespalten zu werden. Nachdem wir das Medium in unseren Flaschen abgesaugt haben und PBS (eine Bufferlösung) hinzu gegeben (7ml) haben, danach wieder wegpipettiert haben und erneut ein bisschen (2ml) hinzu gegeben haben, damit unsere Zellen dann nicht austrocknen, haben wir noch ein Enzym (ich glaube Primase war der Name) geaddet, das unsere Zellen „verdauen“, also vom Flaschenboden lösen sollte. Wir haben dann kurz in den Incubator gestellt damit sich das Enzym optimal entfalten kann und durften dann unsere Zellfetzen noch einmal unter dem Mikroskop betrachten; denn dann wurden sie noch ein paar mal pipetterit damit sich auch noch die Zellfetzen vereinzeln. Dann haben wir 2 weitere Bottles mit Medium vorbereitet und dann Zellen aus den einen Fläschchen aufgesaugt (bei mir ~2,5ml; gespalten also im Verhältnis 1:5) und haben sie dann vorsichtig in das andere Fläschchen gespritzt. Abschließend wurden die neuen Fläschchen dann in den Incubator gestellt damit sie wieder wachsen. Wir haben heute also das Grundprinzip für die Zellspaltung vermittelt bekommen.
Ach ja, nicht zu vergessen; man sieht ja so einiges wenn man in einem Labor ist, unter anderem auch die Abfälle. Also ein Bild, das wohl ewig in meinem Kopf bestehen wird, sind die Virusabfälle; braun, schleimig, mit weißen Klümpchen...=S ...also nichts, das man gerne trinken würde, angesehen davon, dass sie giftig sind. Naja, man kann natürlich nicht nur die schönen Dinge im Gedächtnis behalten....
Bis morgen dann!! ^^