Es gibt mehrere Möglichkeiten um Gele zu Färben. Eine Möglichkeit bietet der sogenannte Silverstain ( auf Deutsch Silverfärbung). Dazu bindet man das Gel zunächst das für 30 min an eine Lösung, die zu 50 Prozent aus Methanol und Essigsäure besteht (50ml MeOH, 10ml acetic acid, 40ml H2O). Anschließend wäscht man das Gel für 15 Minuten in einer 5prozentigen Methanollösung (5ml MeOH/100ml H2o). dieser Vorgang und der anschließende Schritt (dreimal 5 min waschen mit Wasser) dient zur Reinigung des Gels. Als nächstes sensibilisiert man das Gel zwei Minuten in einer Lösung C (sodium thioslfate (200mg/1L H2o). Dabei wird der oxidierrte Schwefel reduziert, was zu einer besseren Sichtbarkeit der Banden führt) Wieder wird die Gel dreimal mit Wasser gereinigt. Nur dieses Mal dauert eine Wäsche nur 30 Sekunden.Anschließend folgt die eigentliche Färbung des Gels mittels Silvernitrat, welches an die funktionellen Gruppen bindet. ) Das Gel wird erneut dreimal gereitnig und eine Lösung E, welche sich aus sodium carbonate und formaldehyd zusammensetzt sorgt für die Farbentwicklung. Zum Schluss stoppt eine Lösung F die Farbentwicklung. Nun ist das Gel eingefärbt.

Bei der zweidimensionalen Elektrophoräse fügt man zu dem Gel einen Streifen mit unterschiedlichen Ph-Werten hinze. Die Proteine verteilen sich nicht nur auf den Banden, sondern auf dem gesamten Gel.(befinden sich auf isoelektrischen=ungeladenen Punkten, die gleichzeitig auch die schlechtlöslichsten Punkte sind)

Das Gel fotografieren
Dazu gibt es einen speziellen Scanner (Achtung: zuviel Licht ist nicht gut für die Leuchtstoffe)
Das so erstellte Diagramm dient dazu einzelne Proteine zu identifizieren. Anschließend wird aus interessanten Banden eine Probe mithilfe einer abgeschnittenen Pipettenspitze herausgepickt.
-->Zentrifuge

Waschen der Gelstücke
Zu Beginn entfernt man die Ethanollösung (Nur wenn die Gelstücke nicht frisch ausgestochen wurden, sondern in der Tiefkühltruhe aufbewahrt wurden). Dazu fügt man 150 ul destilliertes Wasser und schüttelt das Ganze 5 Minuten lang bei 37 Grad Celsius und 550 Umdrehungen pro Minute. Die Gelstücke haben sich nun am Boden abgesetzt. Der Überstand muss abgenommen werden und kann weggeworfen werden. Nun fügt man dem Gelstück 150 ul Ammonium bicarbonate buffer hinzu und stellt das Epi erneut für 5 Minuten bei 37 Grad Celsius und 550 Umdrehungen pro Minute in den Schüttler. Abermals muss man den Überstand abnehmen und wegwerfen. Als nächster Schritt wird wieder Wasser hinzugefügt und das Epi für 5 Minuten bei 37 Grad Celsius und 550 Umdrehungen per Minute geschüttelt. Nun sind wir am Ende der Waschung angelangt. Ein letztes Mal entfernt man noch den Überstand bevor man schließlich zum Entfernungsvorgang übergeht.

Entfärbung von silber gefärbten Gelstücken
Es gibt mehrere Möglichkeiten Gele zu entfernen. Ich habe mich bis jetzt allerdings nur mit der Silberfärbung beschäftigt und habe daher aus nur Silber entfärbt.
Bei dieser Entfärbung fügt man zunächst 30 ul Entfärbungslösung(1,5 ml potassium hexcyanoferrat 30mM, 1,5mM sodium thiosulfate 100mM) hinzu und stellt die Probe 10 Minuten lang bei 37 Grad Celsius und 550 Umdrehungen per Minute auf den Schüttler. Anschließend entfernt man den Überschüss. Er wird später nicht mehr benötigt. Man kann ihn also wegwerfen. Nun fügt man dem Gel 30ul H2O hinzu und stellt die Probe abermals für 10 min unter den gleichen Bedingungen auf den Schüttler. Man wiederholt den Vorgang zweimal bevor man 100ul Ammoniumcarbonat 50mM hinzufügt und die Probe wieder auf den Schüttler stellt. (10min, 550 Umdrehungen,37 Grad Celsius). Abermals entfernt man den Überschuss und fügt 100ul Drying Solution hinzu(50% Acetonnitril, 50% Ammoniumcarbonat). (Schüttler: 10 min, 550 Umdrehungen, 37 Grad Celsius). Das Gel ist nun entfärbt und wird in der Speed-Vadc 15 Minuten lang bei 40 Grad Celsius getrocknet. Wichtig ist hierbei, das die Proben wirklich gleichmäßig in der Speed Vac verteilt sind, weil sie ansonsten das Gleichgewicht verlieren und die Gelstücke verloren gehen. Nun können die getrockneten Gelstücke bei -20 Grad Celsius gelagert werden .