Tag 7:
Gestern war ich zwar nicht im Institut, allerdings hat mir mein Betreuer gemailt, was ich heute hier tun könnte. Es handelt sich um das Testen von "AREsite: a database for the comprehensive investigation of AU-rich elements". Der Name AREsite kommt von AU-rich elements und es ist eine Datenbank für messengerRNAs, die AU-reiche Elemente enthalten. Ich habe zahlreiche IDs des h.sapiens und auch einige der mus musculus (Maus) getestet, die Fehler dokumentiert und meinem Betreuer mitgeteilt. Er konnte so die Fehler beheben und die Datenbank ist nun funktionsbereit.

Am Montag musste ich erst um ca. 12 Uhr zu Mittag hier sein, da mein Betreuer erst ab Donnerstag wieder hier im Institut ist und ich diese drei Tage frei entscheiden kann, ob ich kommen will oder nicht. Jedenfalls hat mir mein "gegenüber-Sitznachbar" einiges im Bereich des Programmierens gezeigt, das heißt ich wurde mit dem LINUX System erstmal vertraut gemacht, dann habe ich einige Befehle ausprobiert und neue Programme u.a. zur Darstellung von RNAs am PC kennengelernt.

Tag 4:
Am Donnerstag habe ich weiterhin mit dem "scannen" vom Genom des C. Elegans weitergearbeitet und habe in den Chromosomen I-V und X insgesamt 27 snoRNAs gefunden und eventuell auch noch 4 weitere, bei denen ich mir nicht genau sicher bin, ob es wirklich snoRNAs sind, denn die Anzeichen sind zwar da, wie zB. eine ACA-Box oder einige Ts nach dem Ende einer eventuellen snoRNA, aber auf der Seite im Internet sind die jeweiligen snoRNAs noch nicht eingetragen, falls es überhaupt welche sind, also muss ich mit meinem Betreuer noch etwas nachforschen.

Tag 5:
Da ich mit dem Genom des C. Elegans nun fertig war, habe ich mich mit der allgemeinen Frage beschäftigt, weshalb snoRNAs eigentlich nicht abgebaut werden, so wie die restlichen Basen eines herkömmlichen Introns. Da gibt es die Theorie, dass entweder ein bestimmtes Protein sich sozusagen auf die snoRNA setzt und sie dadurch schützt und nicht abgebaut werden kann, oder es befindet sich kurz vor oder nach der jeweiligen snoRNA ein bestimmtes Sequenz-Motif, dass die Zerstörung des Abschnittes auf der RNA verhindert. Die zweite Möglichkeit habe ich getestet, und zwar musste ich von sämtlichen in Alignments abgelegten snoRNAs jeweils 20 Nukleotide vor und nach den snoRNAs ausschneiden und mithilfe von einem Programm im Internet (Meme) durchsuchen, ob sich Gemeinsamkeiten aufweisen lassen, also eben bestimmte Sequenz-Motife, die dann den Abbau von den einzelnen snoRNAs verhindern. (foto 5) Nachdem ich das getestet hatte, bin ich zu dem Ergebnis gekommen, dass in diesen Regionen keine Sequenz-Motife vorhanden sind. Das heißt, dass es sich wahrscheinlich doch um die erste Möglichkeit, also um die Anwesenheit eines Proteins, handelt. (foto4)