Tag 1 (13.09.10)
11:05 / 14.09.2010
Tag 1:
Gestern war mein erster Tag im Institut für theoretische Chemie in Wien. Mein Betreuer hatte mir schon einige Wochen zuvor Unterlagen, die mir als Basis für die Arbeit hier dienen sollten, via Email zugeschickt, damit ich nicht vollkommen ahnungslos meinen ersten Tag starten muss. Leider habe ich einiges nicht ganz verstanden, allerdings wurde mir das sofort erklärt und mein Betreuer und ich waren den ganzen Vormittag lang in ein Gespräch über sämtliche Arten und Formen von RNAs (snoRNAs, microRNAs, tRNAs,...),DNA, Gene usw. vertieft, was für mich sehr praktisch war, da ich erstens im Oktober mit meinem Biologiestudium "durchstarte" und mich besonders für molekulare- und Mikrobioligie interessiere, und zweitens war alles über Translation und Transkription meine Maturafrage in Biologie und ich wollte, auch damals in der Schule, mehr als bloß das Allgemeinwissen über die Funktionen von RNAs in Organismen erfahren.
(Was wir genauer besprochen haben, halte ich hie am besten auch fest, damit ich es nach den 2 Wochen hier nicht vergessen habe)
Generell haben wir mehr über ncRNAs (non-coding-RNAs), also snoRNAs(small nucleolar RNAs), miRNAs(microRNAs), siRNAs(short interfering RNAs) speziell bei Mammalia(Säugetieren), aber auch allgemein bei zellulären Lebewesen (Eukaryonten, Bakterien und Archaea), gesprochen.
Bei der Transkription der DNA im Nucleus(Zellkern) entsteht ein Transcipt, dass einen bestimmten Prozess, engl. preprocessing of transcripts, durchläuft. Entweder es handelt sich dabei um ein Transcript, dass zu einer ncRNA wird, oder eines, dass zu einer mRNA(messengerRNA) und weiters zu einem Protein wird. Bei preprocessing of transcripts, wie es mein Betreuer hier nennt, wird das Transkript "gespliced", ein Vorgang, den man im Deutschen Spleißen nennt, wobei sogenannte Introns weggeschnitten werden und nur Exons übrig bleiben. Zum Beispiel wird aus einer sogenannten pre-mRNA dann die reife mRNA, die nur aus "zusammengeklebten" Exons besteht und nur so für die Translation zur Entstehung eines bestimmten Proteins verwendbar bzw. ablesbar ist.
SnoRNAs entstehen dann zB. aus den "weggeschnittenen" Introns. (FOTO1)
Es werden ständig neue snoRNAs entdeckt und daher sind sie ein aktuelles Thema im naturwissenschaftlichen Bereich.
Weiters wurde mir erklärt, was Promoters (dt: Promotoren) für eine Aufgabe haben und wofür tRNAs gut sind bzw. wie sie von der Struktur her aussehen u.a.
Da hier hauptsächlich im Bereich der Bioinformatik gearbeitet wird, ging es nun an die Computerarbeit:
Zuerst bekam ich ich in einem Programm namens "VMD" (http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/) verschiedene Ansichten der Struktur eines bestimmten Proteins, Ro60, zu sehen und mir wurde erklärt, welche Aufgabe dieses Protein im Zusammenhang mit der sogenannten Y-RNA( Y weil es aussieht, als hätte es eine Y-Form) hat. Denn das Protein und die Y-RNA sind dafür da, dass misfolded, also falsch gefaltete RNAs, zerstört werden, und zwar innerhalb dieses Proteins. In dem Programm kann man auch das Loch in der Mitte des Proteins sehr gut sehen, in das eine misfolded RNA hineingelangt und dort zerstört wird.
Danach habe ich eine mit dem Program "Jalview" (http://www.jalview.org/) gearbeitet. Durch eine bestimmte Darstellung von Ro60 konnte ich sehen, wie die Y-RNA mit anderen AS von außerhalb interagiert und das dient nun dazu, dass ich herausfinden kann, ob diese Y-RNA nicht nur wie wir jetzt wissen in zB. Deuterostomia und C. Elegans und in manchen Bakterien mit diesem Protein interagiert und diese Form hat, sondern zum Beispiel auch in anderen Bakterien oder Tiergruppen.
Mithilfe dieser Darstellung von Interaktion habe ich ein "alignment" erstellt, das ich eingefärbt habe, um zu sehen, ob sechs verschiedene, wichtige AS(W144, R146, R149...), die zB. beim Frosch oder beim Menschen mit der Y-RNA interagieren, auch in anderen Tiergruppen genauso vorhanden sind, da man bei diesen Tiergruppen zwar Ro60 kennt, allerdings die Y-RNA noch nicht.
Tja, das war erstmal genug Beschreibung für den gestrigen Tag und ich werde mal sehen, was ich als nächstes zu tun bekomme. :D
Gestern war mein erster Tag im Institut für theoretische Chemie in Wien. Mein Betreuer hatte mir schon einige Wochen zuvor Unterlagen, die mir als Basis für die Arbeit hier dienen sollten, via Email zugeschickt, damit ich nicht vollkommen ahnungslos meinen ersten Tag starten muss. Leider habe ich einiges nicht ganz verstanden, allerdings wurde mir das sofort erklärt und mein Betreuer und ich waren den ganzen Vormittag lang in ein Gespräch über sämtliche Arten und Formen von RNAs (snoRNAs, microRNAs, tRNAs,...),DNA, Gene usw. vertieft, was für mich sehr praktisch war, da ich erstens im Oktober mit meinem Biologiestudium "durchstarte" und mich besonders für molekulare- und Mikrobioligie interessiere, und zweitens war alles über Translation und Transkription meine Maturafrage in Biologie und ich wollte, auch damals in der Schule, mehr als bloß das Allgemeinwissen über die Funktionen von RNAs in Organismen erfahren.
(Was wir genauer besprochen haben, halte ich hie am besten auch fest, damit ich es nach den 2 Wochen hier nicht vergessen habe)
Generell haben wir mehr über ncRNAs (non-coding-RNAs), also snoRNAs(small nucleolar RNAs), miRNAs(microRNAs), siRNAs(short interfering RNAs) speziell bei Mammalia(Säugetieren), aber auch allgemein bei zellulären Lebewesen (Eukaryonten, Bakterien und Archaea), gesprochen.
Bei der Transkription der DNA im Nucleus(Zellkern) entsteht ein Transcipt, dass einen bestimmten Prozess, engl. preprocessing of transcripts, durchläuft. Entweder es handelt sich dabei um ein Transcript, dass zu einer ncRNA wird, oder eines, dass zu einer mRNA(messengerRNA) und weiters zu einem Protein wird. Bei preprocessing of transcripts, wie es mein Betreuer hier nennt, wird das Transkript "gespliced", ein Vorgang, den man im Deutschen Spleißen nennt, wobei sogenannte Introns weggeschnitten werden und nur Exons übrig bleiben. Zum Beispiel wird aus einer sogenannten pre-mRNA dann die reife mRNA, die nur aus "zusammengeklebten" Exons besteht und nur so für die Translation zur Entstehung eines bestimmten Proteins verwendbar bzw. ablesbar ist.
SnoRNAs entstehen dann zB. aus den "weggeschnittenen" Introns. (FOTO1)
Es werden ständig neue snoRNAs entdeckt und daher sind sie ein aktuelles Thema im naturwissenschaftlichen Bereich.
Weiters wurde mir erklärt, was Promoters (dt: Promotoren) für eine Aufgabe haben und wofür tRNAs gut sind bzw. wie sie von der Struktur her aussehen u.a.
Da hier hauptsächlich im Bereich der Bioinformatik gearbeitet wird, ging es nun an die Computerarbeit:
Zuerst bekam ich ich in einem Programm namens "VMD" (http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/) verschiedene Ansichten der Struktur eines bestimmten Proteins, Ro60, zu sehen und mir wurde erklärt, welche Aufgabe dieses Protein im Zusammenhang mit der sogenannten Y-RNA( Y weil es aussieht, als hätte es eine Y-Form) hat. Denn das Protein und die Y-RNA sind dafür da, dass misfolded, also falsch gefaltete RNAs, zerstört werden, und zwar innerhalb dieses Proteins. In dem Programm kann man auch das Loch in der Mitte des Proteins sehr gut sehen, in das eine misfolded RNA hineingelangt und dort zerstört wird.
Danach habe ich eine mit dem Program "Jalview" (http://www.jalview.org/) gearbeitet. Durch eine bestimmte Darstellung von Ro60 konnte ich sehen, wie die Y-RNA mit anderen AS von außerhalb interagiert und das dient nun dazu, dass ich herausfinden kann, ob diese Y-RNA nicht nur wie wir jetzt wissen in zB. Deuterostomia und C. Elegans und in manchen Bakterien mit diesem Protein interagiert und diese Form hat, sondern zum Beispiel auch in anderen Bakterien oder Tiergruppen.
Mithilfe dieser Darstellung von Interaktion habe ich ein "alignment" erstellt, das ich eingefärbt habe, um zu sehen, ob sechs verschiedene, wichtige AS(W144, R146, R149...), die zB. beim Frosch oder beim Menschen mit der Y-RNA interagieren, auch in anderen Tiergruppen genauso vorhanden sind, da man bei diesen Tiergruppen zwar Ro60 kennt, allerdings die Y-RNA noch nicht.
Tja, das war erstmal genug Beschreibung für den gestrigen Tag und ich werde mal sehen, was ich als nächstes zu tun bekomme. :D
