Heute war bzw. ist mein letzter Tag hier am Institut!
Am Vormittag sah ich Emeka (Nnaemeka Ndodo, MSc
Visiting scientist aus Nigeria) bei einer Transfection zu. Er wird morgen mit dem großen Mikroskop Fotos machen und wird damit dann seine Versuchsreihen beendet haben. Danach braucht er sich dann nur noch um seine Arbeit, die er für den (zweiten) Master (- einen hat er schon -) schreiben muss, zu kümmern. Wie er mir erzählte, wird er dann ab Februar in Deutschland "den Doktor" machen. Danach hofft er in Nigeria eine Stelle als Professor und Chef eines Institutes zu bekommen. (Er ist immerhin schon längere Zeit Lektor an einer Universität in Nigeria.)
Mein Betreuer Marcel (Dipl.-Chem. Marcel Scheideler, PhD,
Assistant Professor, Deputy Head) hatte sich bereits gestern verabschiedet. Er wird meine Forschungsdokumentation (bzw. mein Protokoll) und meine PowerPoint Präsentation bis Freitag unter die Lupe nehmen und mir dann ein Feedback geben.
"Wenn ich mein (dreieinhalbwöchiges) Praktikum im Nachhinein unter ein Thema stellen sollte, so würde ich „DIFFERENTIATION“ wählen. Schließlich wird der Prozess bei dem sich Stammzellen zu Fettzellen entwickeln nun einmal so bezeichnet und mein Projekt am Institut war Stammzellen zu Fettzellen zu differenzieren und dann mit Hilfe eines Oil Red O stainings zu vergleichen, wie viele Lipidtropletts sich nach acht, zehn oder 15 Tagen gebildet haben."
--> Diese Zeilen habe ich aus meiner eigenen Forschungsdokumentation zittiert - es ist der erste Absatz meines Protokolls, das den Namen "FETTSTOFFWECHSEL; DIFFERENTIATION UND CHIPTECHNOLOGIE" von mir verpasst bekommen hat.
Hier folgt nun die Inhaltsangabe meiner Dokumentatation:

ZELLENBEHANDLUNG(EN)

Inhaltsübersicht:

FETTSTOFFWECHSEL, DIFFERENTIATION UND CHIPTECHNOLOGIE Seite 1
INHALTSÜBERSICHT Seite 2
EINIGE WICHTIGE WÖRTER Seite 3,4
ÜBERBLICK ÜBER MEINE TÄTIGKEIT Seite 4,5,6
FOTOS VOM OIL RED O STAINING Seite 6
SICHERHEITSVORKEHRUNGEN IM LABOR – „STERILITY“
Seite 6
CELL CULTURING OF HUMAN ADIPOSE-DERIVED STEM (HMADS) CELLS
Material, Reagenzien und Chemikalien Seite 7
Proliferation Seite 8
Passaging Seite 9 Differentiation Induction Seite 10 Differentiation Seite 11
Oil Red O staining Seite 12 ZUM GENOM DES MENSCHEN Seite 13
DNA CHIP TECHNOLIGY Seite 13
Hybridisation Seite 14 Zeiss Axio Imager Z1 – Das große Mikroskop Seite 15 Transfection Seite 16
BETREUER Seite 17
INSTITUT Seite 18
Mir ist klarerweie bewusst, dass nur die wenigsten etwas mit dieser Inhaltsangabe anfangen können bzw. sich nur die wenigsten etwas Konkretes darunter vorstellen können. Allerdings könnnen alle, die mehr wissen wollen, mich kontaktieren unter Florian.Dandler@gmx.at;
Außerdem kreierte ich neben diesem Protokoll auch noch eine 70-Seitige PowerPoint Präsentation bei der ich jeden Tag Fotos von meinen differenzierenden Zellen und von den gestainten etc. protokollierte. Einige wenige Fotos kann man auch hier bei manchen Einträgen bewundern (z.B. Montag, 03. September oder Dienstag, 04. September). Wer mehr Fotos sehen willl, kann dies über E-mail erreichen. Adresse siehe oben.
Nun fällt mir nicht mehr ein als DANKE, besonders Marcel und Emeka, aber auch Kalina, Susanne und Franziska (Studentinnen), Julia, Rene, ... und den anderen zwei Summerschoolabsolventen und allen anderen! Wer wissen will um welche Leute es sich hierbei handelt, kann sich unter http://genome.tugraz.at/ bzw.
http://genome.tugraz.at/people.shtml informieren!
DANKESCHÖN UND AUF WIEDERSEHN!
written by Florian Dandler
Trainee of the Austrian genome programme (GEN-AU)
Tel: +43-316-873-5326
Email: Florian.Dandler@gmx.at
Research Areas: MicroRNAs in a human adipogenesis model
PS: Alle Rechte liegen beim Verfasser! All rights reserved!
Haha, nur ein Scherz! Alle Rechte liegen beim Institut!
Und zum Abschluss noch ein Foto, dass unter Umständen das schönste von allen von mir gemachten ist:

Man sieht hier ein Foto von meiner Cell Culture two, 14 Tage nach der Differentiation Induction, bei 40-facher Vergrößerung mit dem Mikroskop. Man kann die Lipidtropletts (- sind die (hellbraunen) "Kügelchen" -) extrem gut und scharf erkennen! Dieses Bild befindet sich übrigens auch auf der ersten Seite meiner Forschungsdokumentation (bzw. meines Protokolls). Auch, wenn es mir schwer fällt, mit dem täglichen Blog-Schreiben wieder aufzuhören, ist es nun doch so weit: Das ist, war, wird gewesen sein bzw. wird sein der letzte meiner Einträge.
Hiermit endet nun mein 17-tägiges Praktikum am Institut für Genomik und Bioinformatik an der TUGraz in 8010 Graz, Petersgasse 14. Bei meinen Einträgen bin ich heute deswegen bei Tag 21 angelangt, weil heute der 21.Tag nach der Differentiation Induction ist bzw. wäre - dabei sind alle Wochenenden mitberechnet.
Dennso! Das wars! Es war mir eine Ehre für Sie, Euch schreiben zu dürfen! Falls es niemand gelesen haben sollte, kann sich immerhin diese Internetseite immerhin freuen, "fetter" geworden zu sein. Und Fett ist immerhin ein Thema, auf das ich bei meinem Praktikum andauerend stieß. Das Team von Marcel ist immerhin auf der Suche nach microRNAs, die den Fettstoffwechsel bzw. die Fettzellentwicklung bzw. die Lipidtroplettbildung regulieren. Fettsucht ist inzwischen eine Krankheit, von der mehr Menschen betroffen sind als es Hungernde oder bzw. Unterernährte gibt. Das Ziel ist also microRNAs zu identifizieren, die die Fettzellbildung regulieren. Dabei sucht das Team von Marcel nach microRNAs, die sowohl bei der Maus als auch beim Menschen vorkommen, weil man dann davon ausgehen kann, dass diese microRNAs extrem wichig sind. Man nimmt an, dass "alles", was sich im Laufe der Evolution gar nicht ändert, eine enorm wichtige Bedeutung für das Funktionieren von Körpern hat. In diesem Fall geht es speziell um alle microRNAs, die im Fettstoffwechsel eine Rolle spielen und die bei Maus und Mensch identisch sind. Während ein Projekt bei dem es darum ging, microRNAs zu finden, die beim Menschen in der Fettzellentwicklung eine Rolle spielen, letztes Jahr lief und bereits abgeschlossen ist - es heißt: "microRNAs: neue Regulatoren der humanen Fettzellentwicklung"; läuft ein zweites, das ungefähr ein Jahr dauern wird, gerade an:
"Spezies-übergreifende Identifizierung von microRNAs in der frühen Fettzellentwicklung". Dabei geht es wie oben bereits erwähnt, microRNAs zu identifizieren, die bei Maus und Mensch (identisch sind und) eine (identische oder gleiche) Rolle spielen.
Ich machte praktisch nur einen Teil des Versuches: Ich differenzierte menschliche Stammzellen in Fettzellen und markierte danach die Lipidtropletts mit Oil Red O (roter Farbstoff). Ich bewies also lediglich, dass die Stammzellen sich, wenn man bestimmte Hormoncocktails dazu gibt, sich in Fettzellen entwickeln. Beim Injizieren von speziellen microRNAs in die Fettzellen --> Transfection genannt, bei Hybridisationen, bei der Anwendung der Chiptechnologie oder dergleichen Sachen, sah ich zwar bei Emeka, Susanne und Franziska etc. zu, führte sie allerdings nie selber durch.
Doch wäre dafür wohl mehr Zeit notwendig gewesen. Diese dreieinhalb Wochen waren gerade ideal für das bemessen, was ich durchführte und wo ich zuschaute - (viel) mehr hätte ich in diesen dreieinhalb Wochen einfach nicht machen können.
Nun reicht es allerdings wirklich! Ich werde nun meine letzten Eintrag in meinem Blog beenden und das Institut in Bälde verlassen! Uhrzeit: 15:27 Uhr! Wetter: Sonnig, aber wenige vorbeiziehende Wolken. Temperatur: ca. angenehm (also über oder ca. 20°C).
Nun gut! Dennso! Das wars!
Dankeschön und Auf Wiedersehen!
Florian Dandler
zukünftiger MSc, PhD, Universitäts-Professor, Institutsleiter und Universitätsvorsteher bzw. Direktor.
Da ja auch die Möglichkeit besteht, dass alles komplett anders kommt, als wonach es derzeit aussieht (vielleicht studiere ich etwas anderes oder ich werde mehrfacher Dr oder was unwahrscheinlich ist, gar keiner), bin ich nicht schwer beleidigt, falls jemand, der mich derzeit kontaktiert, meine zukünftigen Titel weglässt - Es sei ihm bereits im Vorhinein verziehen! Damit möchte ich nun wirklich enden! Uhrzeit: 15:43 Uhr!
Ende! Finish! Finitum!
Last Entry! Letzter Eintrag! Scriptum finitum (est)!
Nunc celebrare est! Nunc bibendum est! Nunc ego eum est!
Flo
PS: Wie gut, dass ich sechs Jahre Hardcore-Latein fünf Stunden die Woche im Erzbischöflichen Gymnasium Sachsenbrunn hatte und "diesen Schmarrn", pardon diese überaus aktuelle Sprache (immerhin eine offizielle Landessprache im Vatikan) einfach nicht vergessen kann! Auf Wiedersehen! Good Bye! Vale! Valete!
Inzwischen ist es bereits 15:52 Uhr! Um 16:00 Uhr werde ich sagen können: Dieses Institut für Genomik und Bioinformatik an der TUGraz in 8010 Graz, in der Petersgassse 14 an der neuen Technik, sah mich am 11.September 2007, um 15:59 Uhr zum letzten Mal! Doch wäre das unter Umständen nicht ganz korrekt, da ich ja vorhabe, nächstes Jahr im Sommer hier am Institut wieder fpr einige Zeit zu arbeiten. Und "Errare hominum est" --> "Irren ist menschlich!" Inzwischen ist es 16:00 Uhr und ich sitzte immer noch vor dem Computer und schreibe! Es war auch ein Irrtum, dass ich mit meiner Arbeit bereits vollständig fertig wäre --> Ich werde nun noch meine Arbeiten auf einem USB-Stick speichern! Und wenn ich dann damit fertig sein werde, wird es wahrscheinlich mindestens 16:30 Uhr sein.
Derzeit ist es gerade 16:03 Uhr. Wie auch immer! Wie auch immer! Dennso! Nun gut!
Falls Du, Sie, Ihr, verehrter Leser inzwischen vergessen haben solltet, was ich heute gemacht habe: "Heute war bzw. ist mein letzter Tag hier am Institut! Am Vormittag sah ich Emeka (Nnaemeka Ndodo, MSc, Visiting scientist aus Nigeria) bei einer Transfection zu. Er wird morgen mit dem großen Mikroskop ..." (diese Zeilen habe ich vom ersten Absatz meines heutigen eigenen Blogeintrages zitiert!; Fortsetzung siehe ganz oben --> Artikelanfang!)
Für alle die weiter lesen wollen:
Nun gut!
Dennso!
Das wars!
Wirklich!
Das wars!
Flo
PS: Bei diesen Zeilen handelt es sich wahrhaftig um die letzten Zeilen, die von mir (Florian Dandler) in diesem Blog geschrieben worden sind.
PS vom PS: So unglaublich es klingen mag, dieses PS entspricht der Wahrheit und zwar der einzigen und wahren, richtigen und rechten Wahrheit!
PS vom PS vom PS: "Errare hominum est!"
PS vom PS vom PS vom PS: Das ist lateinisch und heißt: "Irren ist menschlich!"
PS vom PS vom PS vom PS vom PS: Das ist nicht wirklich wichtig!
letztes PS: PS.
Flo
(Unterschreiben darf ich ja wohl noch, außerdem sprach ich nur vom letzten PS ("Errare hominum est!") und nicht von meiner letzten Unterschrift!
Nachtrag: Uhrzeit: 15:13 Uhr. Wenn ich mich jetzt beeile, werde ich dieses Institut für Genomik und Bioinformatik um 17:00 Uhr verlassen haben!
Nun gut! Dennso! Dankeschön und Auf Wiedersehen!
Flo
Ich musste noch das Foto einfügen! Uhrzeit: 16:17 Uhr.
Tchüss, Baba, Servus, Grüß Dich und Auf Wiedersehen!
F.D.
Anmerkung: Gerade jetzt, um 16:20 Uhr hat sich Emeka von mir verabschiedet!

Eigentlich hätte mein Praktikum am Institut für Genomik und Bioinformatik in Graz nur drei Wochen dauern sollen. Da mir allerdings angeboten wurde länger zu bleiben, habe ich um zwei Tage (heute und morgen) verlängert. Wie ich bereits öfter erwähnt habe, habe ich nicht nur meine eigene Arbeit erledigt, sondern vor allem auch Emeka bei seinen Arbeiten zugeschaut. Er wird voraussichtlich noch morgen Dienstag, spätestens Mittwoch mit seinem Projekt fertig werden. Weil ich an den Ergebnssen interessiert bin und Marcel mir anbot länger zu bleiben, hänge ich also noch zwei Tage dran.
Wie ich heute in der Früh von Emeka erfahren habe, fiel das Ergebnis beim Oil Red O Staining, das ich für ihn am Freitag fertig gemacht hatte und wo ich mich zuerst gewundert hatte, weil sich die Fettzellen nur am Rand der dishes befunden hatten und noch immer befinden, eh wie erwartet aus. Es war ein spezieller Versuch, bei dem die Zellen, die in der Mitte der dishes waren, absichtlich entfernt worden waren. Das beruhigte mich, ich hatte nämlich am Freitag angenommen, dass sie sich abgelöst hätten.
Heute schreibe, schrieb und werde ich vor allem an meinem Protokoll weiter schreiben, sprachliche Verbesserungen vornehmen und vor allem auch inhaltliche, sachliche Korrekturen ins Auge fassen.
Den heutigen Tag bezeichnete ich deshalb als TAG ???, weil heute am 10.September 2007 mein 16.Arbeitstag am Institut ist, ich mit meiner Zählweise - ich begann mit Day Zero und Tag 1 war dann der erste Tag nach der Differentiation - allerdings schon bei TAG 20 wäre. Inzwischen habe ich allerdings keine differenzierenden Zellen mehr, weshalb diese Zählweise ihre Sinnhaftigkeit verloren hat. Über dieses Problem hatte ich mir erstmals letzten Dienstag, den 04.September, Gedanken gemacht. Damals kam ich auf ein für mich äußerst akzeptables Ergebnis. Der Grund ist also, dass ich die Differenzierungstage gezählt habe und nicht die Arbeitstage, weswegen ich heute also eigentlich bereits bei 20 Tagen bin, aber erst den 16.Arbeitstag bestreite.
Marcel (mein Betreuer, der Dipl.-Chem. Marcel Scheideler)verabschiedete sich um ca. 14.00 Uhr von mir, da er Morgen höchstwahrscheinlich nicht am Institut anwesend sein wird.
Meine Frage, ob ich nächstes Jahr in den Ferien wieder am Institut arbeiten dürfe, bejahte er. Allerdings solle ich im Juli kommen, da da noch mehr los sei als im August und oder September. Somit wird mich dieses Institut aller Voraussicht nach nächstes Jahr wieder für ca. ein Monat begrüßen dürfen.
Wie auch immer - das betrifft die weitere Zukunft, genauso wie die Tatsache, dass ich nun ernsthaft gedenke, etwas Biologisch(-Technisches), vielleicht auch etwas medizinisch oder chemisch Angehauchtes an der Technischen Universität in Graz (oder doch Wien) zu studieren.
Um die Träumerei zu beenden und wieder in die Gegenwart zurückzukommen: Heute sollte ich aller Voraussicht nach noch mit meiner Forschungsdokumentation fertig werden. Deswegen beende ich hiermit meinen heutigen Eintrag und widme mich wieder meinem Protokoll.

Am Wochenende beglückte ich das Institut nicht mit meiner Anwesenheit --> Freizeit!

Heute am Vormittag begleitete ich Emeka, der wissen wollte wie lange sich die bei der Transfection in die Zelle "eingeschossenen" microRNAs in der Zelle bzw. im Zellkern halten. Heute war bereits der 10 Tage nach der Transfection. Es waren kaum noch microRNAs vorhanden. Allerdings erklärte ihm Didi während des Photographierens mit dem großen Mikroskop, dass er beim Fixen (Töten der Zellen und auf einem Glasträger fixieren) einen schwerwiegenden Fehler gemacht habe und das Ergebnis deshalb ein wenig enttäuschend sei.
Am Nachmittag wollte Emeka von mir wissen wie man ein Oil Red O staining durchführt. Er hatte es noch nie gemacht, ich schon drei Mal. Da er das Institut bereits etwas früher (kurz nach drei Uhr) verließ, sollte ich das Oil Red O staining für ihn fertig machen. Das Ergebnis war leider sehr enttäuschend: die Zellen schwammen teilweise herum. Fehleranalyse:
Der Fehler könnte bereits beim Fixieren passiert sein. Unter Umständen hatte er die Zellen zu kurz mit Formaldehyd fixiert oder das Formaldehyd (10%), das bereits recht alt ist, hat inzwischen "Prozent verloren" und somit auch an Wirkung. Die dritte Möglichkeit ist, dass ich beim Waschen der Zellen mit PBS unvorsichtig war und sie abgelöst habe. Am Montag muss ich Emeka erklären wie das passieren konnte.

Heute schaute Marcel wieder einmal kurz vorbei und zeigte sich mit meinen Ergebnssen sehr zufrieden. Da ich mein Projekt gestern abgeschlossen hatte, widmete ich mich heute vor allem der Protokollierung dessen, was ich in den letzten drei Wochen gesehen, erfahren, gelernt und geforscht hatte. Heute möchte ich mein Projekt noch einmal kurz zusammenfassen:
Ich habe an meinem zweiten Arbeitstag (21.August) drei "cell culture dishes" mit koluenten (dicht gewachsenen) humanen (menschlichen) Stammzellen erhalten: culture one, two and three. Am gleichen Tag startete ich mit der "Differentiation Induction" (Beginn der Differenzierung) der Stammzellen in Fettzellen. Ich gab also einen Hormoncocktail zu den Zellen dazu, auch Medium II, genannt. Den Tag, an dem man die Differenzierung startet, nennt man Day Zero. Von nun an begutachtete, kontrollierte und photographierte ich meine cell cultures jeden Tag. Die Bilder habe ich in einer PowerPointDatei protokolliert.
Alle zwei (höchstens) drei Tage tauschte ich das Nährmedium (Hormoncocktail) für meine Zellen aus; dazu verwendete ich immer Medium III (ausgenommen Day Zero). Medium III unterscheidet sich von Medium II nur soviel, dass zwei Inhaltsstoffe von Medium II bei Medium III fehlen.
Am achten, zehnten und 15 Tag nach der Differentiation Induction führte ich bei jeweils einer cell culture ein Oil Red O staining durch. Bei den Bildern ist deutlich sichtbar, dass sich nach 15 Tagen um ein Vielfaches mehr Lipidtropletts ("Fetttröpfchen") gebildet haben, als nach zehn oder acht Tagen. Heute photographierte ich meine drei cell cultures dishes auch mit der Digitalkamera; so, dass man die ganzen dishes (Schalen) sehen kann. Doch leider sprengen diese Bilder den Speicherplatz, der mir von summerschool aus für Fotos zur Verfügung steht.
Derzeit schreibe und feile ich noch immer an meinem Protokoll herum - ich werde aller Voraussicht nach noch etwas länger brauchen!

Heute ging ich bereits kurz vor 9.00 Uhr zum ersten Mal in die "Zellkultur" (Labor), um die cell culture two zu photographieren.
Hier ein Bild in 20-facher Vergrößerung:

Und noch eines in 40-facher:

Die hellbraunen "Kügelchen" sind Lipidtropletts.
Dann zeigte ich Srinu (Visiting Scientist, Vuppala Srinivasa Rao, MSc) im Auftrag von Marcel (mein Betreuer, Dipl.Chem. Dr. Marcel Scheideler, Assistent Professor und Deputy Head) das Labor, erklärte ihm die Laborregeln und alles über "sterility" (Desinfektion). Danach lernte er noch von mir wie man ein Oil Red O staining durchführt. Irgendwie lustig, wenn ein Master of Science, der derzeit einen weiteren Mastercours am Institute for Genomics und Bioinformatics in Graz besucht, von einem AHS-Absolventen, der lediglich ein dreiwöchiges Praktikum am Institut absolviert, in die Laborarbeit eingewiesen und somit auch "unterrichtet" wird.
Wie bereits weiter oben erwähnt, führte ich also ein Oil Red O staining durch und zwar bei cell culture two. Die zwei anderen cultures, culture one und three, habe ich ja bereits vor einer Woche (Tag 8: culture three) und vor fünf Tagen (Tag 10: culture one) gestaint.
Hier nun ein Foto von cell culture dish two in 20-facher Vergrößerung:

Und hier noch ein Bild in 40-facher Vergrößerung:

Wie man sehen kann, haben nun wirklich 100% der Zellen Lipidtropletts gebildet und sind fast vollständig zu Fettzellen differenziert.
Zum Vergleich hier noch einmal ein Bild von Tag 10 in 20-facher Vergrößerung:

Und hier eines von Tag 8 ebenfalls in 20-facher Vergrößerung:

Zur Erklärung: Alle roten "Punkte" oder "Kügelchen" sind Lipidtropletts - Oil Red O ist ein Farbstoff der Fette bzw. Lipide rot einfärbt. Man sieht denke ich doch einen deutlichen Unterschied in der Anzahl der Lipidtropletts nach 8, 10 oder 15 Tagen.
Mein Projekt ist somit abgeschlossen, allerdings bin ich mit der Protokollierung noch nicht ganz fertig und Emeka (Visiting scientist, Nnaemeka Ndodo, MSc)
hat heute Vormittag noch einmal eine Transfeciton durchgeführt und wird sich jetzt am Nachmittag mit dem großen Mikroskop (ZEISS AXIO IMAGER Z1) die Zellen betrachten und sie von Didi (Dietmar Rieder, MSc, PhD Student), der dieses Mikroskop bedient, photographieren lassen.
Übrigens habe ich heute zum ersten Mal seit langer Zeit zu Mittag wieder etwas Warmes gegessen - hier am Institut gibt es jeden Mittwoch etwas, dass "Social Lunch" genannt wird. Dabei kocht immer jemand vom Institut für alle, die sich einen Tag vorher bei der "SocialLunchOrderList2007" eingetragen haben. Heute kochte Kalina (Kalina Duszka, MSc, PhD Student). Sie kochte etwas für ihre Heimat Polen typisches: "Go??bki" und einen Kuchen. Schmeckte ausgezeichnet! Ich aß immerhin 4 Golabkis und 7 Stück Kuchen.
Jetzt werde ich aber wie bereits weiter oben erwähnt zum Zeiss Axio Imager Z1 (Mikrokop) gehen und mit Emeka und Didi Emekas Zellen (bei denen er eine Transfection durchgeführt hat) inspizieren und "auswerten".
Danach werde ich falls noch Zeit ist, mit meiner Protokollierung fortfahren!