04.08.2006
Am heutigen Tag habe ich noch schnell eine Einführung in eine Software von Meta Systems bekommen, die an das Floureszenzmikroskop gekoppelt ist. Damit werden die FISH Bilder automatisiert gescannt und analysiert. Die erwähnte Software heißt Metafer 4 und damit können Interphasen (Phasen in denen die Zellkerne ganz normal zu sehen sind) ausgewertet werden. Dazu müssen aber zuerst alle Sonden, Filter, und die verschiedenen Aufnahmezeiten programmiert werden, was schon eine ziemliche Arbeit ist. Wenn man das aber hinter sich hat, kann man mit der "eigentlichen Arbeit" beginnen. Dafür nimmt man einen dreier Objektträger und tropft aber nur zwei Proben auf. Insgesamt kann man mit diesem Programm acht Objektträger auswerten; das sind also 16 verschiedene Patienten. Man muss vor dem Auswerten natürlich auch angeben wie viele Interphasen das Programm auswerten soll. Die Analyse ist dann dreidimensional und das betse ist, dass die Signale und auch der Abstand zwischen den Signalen genau gemessen werden. Dann wird es über Nacht laufen gelassen und am nächsten Tag hat man dann die Bilder und kann sie sortieren.
Es war heute gleichzeitig mein letzter Tag im CCRI und ich muss sagen, dass ich rückblickend nur Gutes über mein Praktikum hier zu verlautbaren habe. Es waren wirklich drei sehr schöne und lehrreiche Wochen im Labor und ich hätte nicht gedacht, dass man das erlernen von so vielen komplizierten Details, mit so viel Spass verbinden könnte. Ich glaube um das zu verstehen, muss man es, wie so viele Dinge, erst durchlebt haben. Es ist wirklich schade, dass es schon vorbei ist, doch es hat sich gelohnt und vielleicht werde ich es nächstes Jahr ja noch einmal versuchen.

03.08.2006
Wir haben wieder einen neuen ALL - Patienten bekommen, vom dem nun eine FISH angefertigt werden musste. Dazu mussten wir zuerst die Zellen fixieren, also die Erythrozyten mit einem Erythrozytenlysispuff sozusagen "eliminieren", also zerstören. Danach wurde mit drei verschiedenen Sonden aufgetropft, und alles wie üblich für die FISH vorbereitet.
Wir haben heute auch den 2. Teil der DNA Isolierung durchgeführt, die aber leider nichts geworden ist, da anscheinend doch zu wenig Material vorhanden war. Somit war das DNA - Pellet zu klein und nicht wirklich gut sichtbar.
Außerdem haben wir uns noch den gestrigen Verdachtsfall auf dieses "äußerst geheimnisvolle" Gen (nachdem die FISH daran durchgeführt wurde) im Floureszenzmikroskop angeschaut, doch der Verdacht auf dieses Gen hat sich nicht bestätigt.

02.08.2006
Den heutigen Vormittag habe ich damit verbracht, die Daten einer Liste mit AML und ALL - Patienten mit denen aus den Büchern der Zytogenetik von 1990-2000 zu vergleichen und eventuell zu ergänzen. Ich weiß......, das ist wohl nicht das Aufregendste, doch auch das muss ja einmal erledigt werden. :-)
Die Zeit nach der Mittagspause habe ich dann damit verbracht Fotos vom Labor und den Geräten zu machen.
Am Nachmittag mussten wir einen neuen ALL - Patienten mit drei verschiedenen Sonden auftropfen und weiter auf die FISH vorbereiten. Dann bekamen wir einen neuen Patienten, bei dem vermutlich dieses "geheimumwobene Gen" an einer Translokation mit einem anderen Gen beteiligt ist. Um herauszufinden ob das nun wirklich der Fall ist, mussten wir peripheres Blut fixieren, das ganze dann auftropfen und ebenfalls auf die FISH vorbereiten.
Da noch genug Material davon vorhanden war, haben wir daraus auch noch DNA isoliert, die morgen zu einer speziellen PCR nach Deutschland geschickt wird. Dort können die Forscher dann nämlich höchstwahrscheinlich alle Partnergene mit denen dieses "besondere" Gen fusioniert ist, herausfinden.
So das wars dann schon für heute.

01.08.2006
Heute haben wir wieder DNA eingeschickt bekommen und sogleich isoliert. Das Verfahren kennt ihr ja bereits von früheren Blogeinträgen.
Danach ging es weiter an die allseits beliebte FISH. Außer unseren Studienpatienten, haben wir heute noch einen ALL - Patienten bekommen, bei dem dann auch gleich eine FISH angesetzt wurde.
Außerdem wurde bei ein paar Mixen eine Normalkontrolle durchgeführt, um herauszufinden, warum Fehler bei den FISH passiert sind, wo diese Mixe aufgetragen wurden.

31.07.2006
Heute war irgendwie nicht sehr viel los im Labor, sodass ich ein ganz schlechtes Gewissen habe, dass ich euch nur so wenig erzählen kann.
Am Vormittag haben wir eine FISH Detektion durchgeführt und dann die FISH, die wir am Freitag noch angesetzt haben, teilweise "untersucht". Wir haben uns die Proben im Floureszenzmikroskop angeschaut und herausgefunden, dass zwei der Patienten mit dem gesuchten Gen, dessen Namen ich hier leider nicht erwähnen darf, Translokationen auf den Chromosomen 9 und 11 und 10 und 11 haben. Bei einer weiteren Patientin war das Ergebnis nicht deutlich genug und so werden wir da vermutlich noch eine FISH ansetzen müssen. So das wars nun leider schon für heute.