Nach drei Wochen ist er nun da .... mein letzter Tag im Labor !!
Begonnen hat der Tag wie jeder Freitag mit einem Labormeeting . mit dem Unterschied , dass wir diesmal auch eine Präsentation auf Englisch halten mussten ,über unsere letzten drei Wochen.Es ist eigentlich gar nicht so schlecht gelaufen . Das gesamte Labmeeting hat dann aber ziemlich lange gedauert ,weswegen wir erst ziemlich spät mit dem Herstellen der kompetenten Bakterien anfangen konnten ( wie man sowas macht ,habe ich schon in einer meiner Beiträge erklärt) . Dabei ist wieder dasselbe Problem wie bei letztem Mal aufgetreten , nämlich die Zentrifuge hat beim letzten Waschgang den Geist aufgegeben. Also wieder in kleinere Eppis umfüllen und in der kleineren Zentrifuge fertig machen ....
Fazit über die letzten drei Wochen : Ich habe ziemlich vieles und interessantes gelernt , hatte nette Kollegen , viel Spaß , habe Einblick in den Laboralltag bekommen , einen erfolgreiche Klonierung und einen nicht so erfolgreiche Konierung durchgefüht , überlege jetzt eindeutig in diese Richtung etwas zu studieren und kann so ein Praktikum nur jeden weiter empfehlen , man wird es nicht bereuen , wenn man sich für Biologie interessiert !!

Tja, leider sind unsere Bakterien gegen eines der Antibiotika auf den Platten resistent , da diese aber schon ziemlich alt waren haben wir heute neue gegossen. Daher sind zwar Bakterien , in die wir unsere Ligation transferiert haben ,gewachsen , aber dafür ist beim Kompetente - Bakterien-Herstellen irgendetwas schief gelaufen . Daher haben wir heute neue Agarplatten gegossen und einen neue "Probeeletkroporation mit dem sicherem Template gemacht und auf die neuen Platten aufgestrichen und dann noch eine neue Bakterienkultur über Nacht aufgesetzt. Dies alles ist am Nachmittag passiert , am Vormittag haben wir an unserer Präsentation gearbeitet, da wir morgen eine Selbstpräsentation über die letzten Wochen halten müssen - und zwar auf ENGLISCH!
Haltet uns die Daumen :)

Erste gute Neuigkeit : DIe Übernachtkultur , also die Bakterien , ist gewachsen :D
Somit konnten wir heute die kompetenten Bakterien herstellen , was einfach erklärt so funktioniert , dass man die Bakterien zentrifugiert , Überstand wegleert und dann mehrere Male Wasser hinzufügt und dann wieder den Überstand wegleert und so weiter ...
Leider ist uns währendessen die Zentrifuge "eingegangen" und wir haben dann in kleine Tubes umfüllen müssen und mit einer kleinen Zentrifuge fertig zentrifugieren müssen.
Weiteres fügt man Glycerol hinzu und dann muss man sie auf einzelne Tubes aufteilen und bei -80° C tiefkühlen.. Des weiteren muss man noch überprüfen , ob die Bakterien auch wirklich "funktionieren" , indem man ein Plasmid , bei dem man sicher ist , dass es resistent ist , in die Bakterien mittels Elektroporation transferiert. Das ganze dann noch auf Agarplatten verteilen und über Nacht auf 37°C lagern. Das ganze hat ziemlich lange gedauert und unser Zentrifugenproblem hat das ganze noch mehr in die Länge gezogen. Wir haben aber auch noch unsere Ligation machen müssen , dann diese "Fällen" und ebenfalls in Bakterien transferieren . Wie ihr seht haben wir heute ziemlich viel zu tun gehabt , also werd ich mich nun mal ausruhen gehen ;D

Wie gestern schon berichtet , klappt nicht alles wie man möchte. Der heutige Tag war wieder ein Beweiß dafür , leider.
DIe erste Enttäuschung des Tages war , dass keine Bakterien auf dem Agarboden gewachsen sind , also nochmal einen Restriktionsverdau mit PCR Nummer 2 , durchs Gel laufen lassen und Gel aufreinigen ... Mittlerweilen läuft das alles schon automatisch ab. ^^
Der nächste Programmpunkt des heutigen Tages war kompetente Bakterien herstellen. Dazu haben wir eine "Bakterienspitze" über Nacht in einem Flüssigmedium gelassen und diese Mischung heute auf zwei große Elmayerkolben mit noch mehr Flüssigmedium gegeben und das ganze auf einen Schüttler gestellt. Dann sollte wir die Dichte der Bakterie messen . Leider haben sie sich nicht so schnell vermehrt wie sie sollte.... E.coli Bakterien sollten sich EIGENTLICH alle 20 Minuten verdoppeln. Tja unserer nur jede Stunde , womit wir nie auf den gewünschten Wert gekommen wären und somit wieder von vorne ( also mit der beimpften Flüssigkultur über Nacht ) anfangen können .
Was lernen wir daraus ?? Sogar die Bakterien sind bei dieser Hitze zu faul zum Vermehren.

Im Berufsleben eines Mikrobiologen geht nicht alles glatt.... wie wahr !!! Unsere erste Klonierung ist eigentlich reibungslos abgelaufen und unser Betreuer hat auch gesagt , dass es ziemlich selten ist , dass man eine Klonierung in so kurzer Zeit fertig bringt . Diesmal droht es schon an der PCR zu scheitern. Alle guten Dinge sind drei ? Von wegen !!! Schon am Freitag hat uns Markus vorgewarnt , dass unsere Ligation fehlschlagen wird , da unser PCR-Produkt ziemlich gering ist und wir deswegen am Montag noch eine PCR ansetzen sollen. Während wir also mit der ersten PCR die Ligatiuon angestezt haben ( Man kann ja nie wissen , vielleicht klappts ja doch ! ) , haben wir die zweiten gestartet , nur mit mehr Template ( also DNA ). Über das Bild des Agarosegels waren wir dann aber nicht sehr glücklich , da zwei Banden zu sehen waren , wo eigentlich nur eine sein sollte und die Bande , die wir haben wollten , sehr schwach war. Also wollte unser Betreuer , dass wir eine dritte PCR ansetzten , in der Zwischenzeit , haben wir schon unsere Bakterien mit ersten PCR-Ligation transferiert und auf Petrischalen gegeben.
Dieses Mal mit einem anderem Puffer. Tja , diese ist aber noch weit mehr in die Hose gegangen da wir gar keine Bande auf der Höhe von 1500 bp ( Basenpaaren ) hatten . Nun hoffen wir mal , dass auf den Petrischalen Bakterien gewachsen sind ,beziehungsweise , dass es dann mit dem zweiten PCR-Produkt funktioniert.
Drückt uns die Daumen ! :D