die zweite woche hat begonnen und schön langsam gewöhn ich mich wieder ans frühe aufstehn.

also heute war wieder zelltag im institut. haben eigentlich den ganzen tag verschiedenste zellen (ECV, CHO, Jurkats) passagiert und für experimente vorbereit.

auf jeden fall durften wir das erste mal wirklich selbst arbeiten, was nicht immer ganz leicht, aber trotzdem ziemlich interessant war.

so eine woche ist um. gestern war nicht wirklich viel los am institut, da sich viele einen tag frei genommen hatten.

gemeinsam mit verena ruprecht, die gerade ihre diplomarbeit schreibt, führten wir einige experimente an jurkarts -zellen (spziellen T-zellen) durch.wir wollten bewegungen von fluoreszenzmarkierten membranproteinen verfolgen und herausfinden, ob sich bestimmte proteine zu clustern zusammenschließen.
da die proteindichte in der membran aber oft zu hoch ist, ist es unmöglich einzelne moleküle zu erkennen. also verwendet man eine spezielle methode die sich TOCCSL nennt
mit einem laser wird ein teil der zellmembran vollständig gebleicht. nun wartet man einige millisekunden und scannt mit dem laser erneut diesen teil. inzwischen sind, durch die dynamik in der membran, bereits andere proteine in den gebleichten teil gewandert und lassen sich nun detektieren.

mit hilfe dieser ziemlich interessanten methode haben wir einige T-zellen untersucht, die auswertung erfolgt aber erst nächste woche

so, die letzten tage waren etwas stressig, also komme ich erst jetzt dazu etwas in meinen blog zu schreiben.
wie schon in meinem ersten eintrag erwähnt, begann am montag meine arbeit am institut für biophysik der JKU Linz. Ich absolviere gemeinsam mit einer anderen Praktikantin (Linda) mein Praktikum in der SDT group (single dye tracing group). die gruppe setzt sich aus physikern und biologen zusammen und versucht vor allem mittels hoch-sensitiver geräte molekülinteraktionen oder molekülbewegungen zu erforschen.

also was ist bisher so passiert:

montag:

nach bekanntmachen mit der gruppe und einem rundgang durchs institut bekammen wir einen ersten einblick in den laboralltag. den vormittag verbrachten wir im zellkulturlabor, wo wir das umsetzen von zellen beobachteten. durch die hohe teilungsrate werden die verschiedenen zellen jeden montag und donnerstag auf ein neues Medium gepflanzt.

am nachmittag bereiteten wir gemeinsam mit DI Jarek Jacak das DNA microarray experiment für dienstag vor. so stellten wir pufferlösungen her und hybridisierten das array mit der gewünschten cDNA.


dienstag:

den dienstag verbrachten wir fast ausschließlich in einem kalten, dunklen raum, wo wir mittels laser das am vortag präparierte DNAmicroarray scannten. am nachmittag erfuhren wir, wie man die durchs scannen erhaltenen daten statistisch auswertet und bekamen einen einblick in die welt der bioinformatik.


mittwoch:

nachdem wir die ersten zwei tag mit microarrays verbracht hatten, widmeten wir uns nun der untersuchung von proteininteraktionen.
so sollte anhand eines experiments bewiesen werden, dass die beiden, für das immunsystem wichtigen, proteine Lck und CD4 in lebenden zellen miteinander interagieren, was für eine funktionierende immunantwort sehr wichtig ist.

nach einer theoretischen einführung durch Mag. Michaela Schwarzenbacher, begannen wir mit Martin Kaltenbrunner, der seine diplomarbeit über dieses thema schreibt, das experiment vorzubereiten.
in zahlreichen schritten wurde ein glasplättchen präpariert und mit speziellen proteinen inkubiert. zum schluss wurden die lebenden zellen draufgegeben, welche über nacht auf dem plättchen blieben.

die genaue beschreibung des experiments werde ich später noch posten.


donnerstag:

heut donnerstag arbeiteten wir erneut mit dem fluoreszenzmikroskop. so scannten wir die gestern hergestellten proben und beobachteten die interaktion der beiden proteine. nach der auswertung der daten verbrachten wir den restlichen tag mit zusammenfassen der bisherigen experimente.

schon seit längerer zeit interessiere ich mich für biologie, insbesondere für molekulare biologie und genetik. so maturierte ich auch im juni am bg/brg freistadt in biologie, chemie, sowie in biologie und chemie fächerübergreifend. außerdem hatte ich im rahmen eines schulinternen projekttages bereits die möglichkeit etwas laborerfahrung zu sammeln.

als ich dann eher zufällig auf die möglichkeit eines laborpraktikums im sommer stieß, entschloss ich mich es einfach einmal zu versuchen und mich für die gen-au summerschool zu bewerben.

ende april kam dann die langerwartete mail mit der zusage. jetzt begann alles wirklich greifbar und interessant zu werden. ich wurde dem intstitut für biophysik an der jk-universität linz zugeteilt, wo ich vom 10.-28. juli laborerfahrung sammeln werde.

mein betreuer, DI. Mario Brameshuber, ist mitglied der single dye tracing group, die von Dr. Gerhard J. Schütz geleitet wird, und sich mit der bewegungen von einzelmolekülen ( z.b. von proteinen in zellmembranen etc.) beschäftigt.

ich bin sehr froh über die möglichkeit dieses laborpraktikum zu absolvieren und hoffe sehr im laufe dieser 3 wochen viele neue und interessante erfahrungen zu sammeln, den laboralltag kennzulernen und einfach meine interessen in die praxis umsetzen zu können.


JKU Linz
http://www.jku.at/

Institut für Biophysik - JKU Linz
http://www.bphys.uni-linz.ac.at/bioph/biophtit.htm