Die erste Woche meines Praktikums – Rückblick und...
08:19 / 16.08.2010
Seit Montag dem 8.August arbeite ich im Rahmen meines Praktikums am Institut für Genomik und Bioinformatik der TU-Graz.
Am ersten Tag wurden wir bei einer Führung durch das Institut, den dort arbeitenden Personen vorgestellt. Schon hier als auch bei anderen Aktivitäten wie zum Beispiel dem „Social-Lunch“ ist mir sehr positiv aufgefallen, dass am Institut das soziale Klima auf besondere Weise gefördert wird. Daraus resultiert nicht nur ein angenehmes sondern vor allem auch produktives Arbeitsumfeld. Auch eine zweite Summerschool Praktikantin, Natalie Tieber hat die Möglichkeit hier neue Erfahrungen zu sammeln.
Mein Betreuer ist Herr Dr. Thallinger, der mir auch die zu bearbeitenden Themen vorgibt und mir mit Rat und Tat zur Seite steht. Zusätzlich habe ich im Büro einige nette Kollegen, die ich um Hilfe fragen kann und Hilfe ist gerade beim Einstieg wichtig. Mein Forschungsschwerpunkt bildet die Entwicklung von Programmen zur Auswertung von Gensequenzen. Speziell in den letzten Jahren machte die Forschung einen großen Fortschritt in Sachen schnellerer und kostengünstiger Sequenzierungsmethoden. Ein spezieller Anwendungsbereich dieser neuen Techniken ist das Analysieren von DNA-Sequenzen, die aus Ansammlungen von Organismen gewonnen wurde. Da die Analyse und die Visualisierung von den gewonnenen Daten kompliziert und zeitaufwendig ist, wurde am Institut eine Onlineplattform namens SnoWMAn entwickelt, die diese Aufgaben für die Forscher übernimmt.
Mein Summerschool-Projekt besteht darin mittels der Programmsprache Java, die bereits bestehende Onlineplattform um zusätzliche Funktionen zu erweitern.
Die Bilanz nach der ersten Woche sieht folgendermaßen aus: Zunächst war es erforderlich die Programmiersprache Java bis zur Anwendungsreife zu erlernen und mich in das Verfahren der Gensequenzierung und deren spezielle Anwendungen einzulesen. Mein erstes von mir entwickeltes Programm behandelt die Qualität der Sequenzierung abhängig von der Position der Base am Strang.
Zu diesem Zweck werden Daten, die bei Gensequenzierungen gewonnen wurden, aus einer Datei ausgelesen und statistisch analysiert. Im Konkreten wird der Mittelwert und die Standardabweichung, der Qualität der Sequenzierung, aus bis zu mehreren hunderttausend sogenannten „Reads“ errechnet und anschließend graphisch dargestellt. Aus der unten angeführten Ausgabe meines Programms, die einen Graphen enthält, ist ersichtlich, dass die genaue Identifikation einer Base mit höherer Basenposition ungenauer wird. Daher können nur DNA Stränge bis zu einer gewissen Länge auf einmal sequenziert werden. Zwar ist es mit neueren Sequenzierungsmethoden wesentlich länger Abschnitte einzulesen, doch bisher ist es noch nicht möglich einen Strang von mehr als 450 Basenpaaren am Stück zu sequenzieren. Sequenzierung ist heute noch immer zu zeitintensiv und zu teuer und jetzt liegt es bei den Forschern die Methoden zur der Sequenzierung weiter zu verbessern.
Ich hab für die kommenden Tage die Aufgabe bekommen ein weiteres Programm zu entwickeln, dass die Häufung der Basen Guanin und Cytosin in den einzelnen Reads feststellt und sie demnach unterteilt. Nun sehe ich motiviert dieser Arbeitswoche entgegen mit der Sicherheit, dass mir die Arbeit nicht ausgehen wird.
Am ersten Tag wurden wir bei einer Führung durch das Institut, den dort arbeitenden Personen vorgestellt. Schon hier als auch bei anderen Aktivitäten wie zum Beispiel dem „Social-Lunch“ ist mir sehr positiv aufgefallen, dass am Institut das soziale Klima auf besondere Weise gefördert wird. Daraus resultiert nicht nur ein angenehmes sondern vor allem auch produktives Arbeitsumfeld. Auch eine zweite Summerschool Praktikantin, Natalie Tieber hat die Möglichkeit hier neue Erfahrungen zu sammeln.
Mein Betreuer ist Herr Dr. Thallinger, der mir auch die zu bearbeitenden Themen vorgibt und mir mit Rat und Tat zur Seite steht. Zusätzlich habe ich im Büro einige nette Kollegen, die ich um Hilfe fragen kann und Hilfe ist gerade beim Einstieg wichtig. Mein Forschungsschwerpunkt bildet die Entwicklung von Programmen zur Auswertung von Gensequenzen. Speziell in den letzten Jahren machte die Forschung einen großen Fortschritt in Sachen schnellerer und kostengünstiger Sequenzierungsmethoden. Ein spezieller Anwendungsbereich dieser neuen Techniken ist das Analysieren von DNA-Sequenzen, die aus Ansammlungen von Organismen gewonnen wurde. Da die Analyse und die Visualisierung von den gewonnenen Daten kompliziert und zeitaufwendig ist, wurde am Institut eine Onlineplattform namens SnoWMAn entwickelt, die diese Aufgaben für die Forscher übernimmt.
Mein Summerschool-Projekt besteht darin mittels der Programmsprache Java, die bereits bestehende Onlineplattform um zusätzliche Funktionen zu erweitern.
Die Bilanz nach der ersten Woche sieht folgendermaßen aus: Zunächst war es erforderlich die Programmiersprache Java bis zur Anwendungsreife zu erlernen und mich in das Verfahren der Gensequenzierung und deren spezielle Anwendungen einzulesen. Mein erstes von mir entwickeltes Programm behandelt die Qualität der Sequenzierung abhängig von der Position der Base am Strang.
Zu diesem Zweck werden Daten, die bei Gensequenzierungen gewonnen wurden, aus einer Datei ausgelesen und statistisch analysiert. Im Konkreten wird der Mittelwert und die Standardabweichung, der Qualität der Sequenzierung, aus bis zu mehreren hunderttausend sogenannten „Reads“ errechnet und anschließend graphisch dargestellt. Aus der unten angeführten Ausgabe meines Programms, die einen Graphen enthält, ist ersichtlich, dass die genaue Identifikation einer Base mit höherer Basenposition ungenauer wird. Daher können nur DNA Stränge bis zu einer gewissen Länge auf einmal sequenziert werden. Zwar ist es mit neueren Sequenzierungsmethoden wesentlich länger Abschnitte einzulesen, doch bisher ist es noch nicht möglich einen Strang von mehr als 450 Basenpaaren am Stück zu sequenzieren. Sequenzierung ist heute noch immer zu zeitintensiv und zu teuer und jetzt liegt es bei den Forschern die Methoden zur der Sequenzierung weiter zu verbessern.
Ich hab für die kommenden Tage die Aufgabe bekommen ein weiteres Programm zu entwickeln, dass die Häufung der Basen Guanin und Cytosin in den einzelnen Reads feststellt und sie demnach unterteilt. Nun sehe ich motiviert dieser Arbeitswoche entgegen mit der Sicherheit, dass mir die Arbeit nicht ausgehen wird.
