Heute gibts noch Gegrilltes am Abend ! Ich bin total begeistert, dass unser Betreuer auch noch so nett ist und uns zu einem "Abschlussevent" eingeladen hat ^^!
Die Woche neigt sich dem Ende zu... Bis jetzt waren es 4 spannende Woche, in denen ich tonnenweise Sachen gelernt habe, von denen ich teilweise noch keine Ahnung hatte.

Wird mir sicher viel bringen in der Zukunft :D Ich bin sehr froh, dass ich die Chance bekommen habe, in einem Labor arbeiten zu dürfen. Dieses Projekt ist echt einsame spitze.

Ich hatte auch bezaubernde Mitarbeiter, einerseits Sissi, die meinen tristen Laboralltag erhellte *gg* und Simon, der immer für einen Spaß zu haben war! =D

Sonst wurde heute wie immer verfahren: PCR, Cycle Sequency, warten.... Ich wünschte manchmal, dass der Sequenzierer ein BISSCHEN schneller machen würde, aber naja.

Noch 2 Tage Laboralltag! Euch allen, die ihr erst mittendrin seid, oder gar anfangt - noch fröhliches Forschen ^^

Heut fing der Tag ganz normal an - Martin stellte uns 48 Proben hin, von denen wir erstmal eine PCR machen durften.
Alles kein Problem - von den positiven setzten wir auch gleich wieder eine Sequenzierung an.

In der Zwischenzeit hat uns unser lieber Betreuer erklärt wie man die Daten, also die Sequenzen, die wir in den Wochen herausgefunden haben, nun "verbindet". Also - wie man die Verwandtschaftsverhältnisse zwischen den einzelnen Pflanzen herstellen kannt.
Ziemlich kompliziert das ganze. Also, das wird mit Algorithmen berechnet. Es gibt schnelle Varianten und ganz langsame, aber was zählt ist immerhin das Ergebnis: Ein Baum.

Nachdem wir mal einen Baum gesehen haben, fragte ich erstmal wie das jetzt funktioniert. Mir wurde erklärt, dass die einzelnen Knotenpunkte für einen gemeinsamen Vorfahren stehen, den es nicht mehr gibt, also von dem sich die einzelnen Arten abgespalten haben. Ziemlich arg!
Danach durfte ich noch mal ein Alignement machen, bzw mein altes ausbessern. Nach ungefähr einer halben Stunden und einem ständigen Tetris-Theme Ohrwurm hab ich dann ein ganz gutes Ergebnis abliefern können =D.

Während wir warteten dass der Thermocycler unsere DNA wieder ausspuckt, durften wir Samen sortieren. Ja, Samenpackungen. Und zwar ungefähr 2000 Stück. Nach einigem Niesen (Hey, ich bin allergisch gegen Pollen!), war das aber auch erledigt. War mal eine ganz nette Abwechslung!

Insgeamt ein recht spannender und interessanter Tag ^^
Bis Morgen dann!

Angefangen hat dieser Tag mit einer neuen PCR. Diesmal haben wir von den Proben, die wir letztes mal mit dem peqGOLDplant DNA MiniKit extrahiert haben, 3 mal eine PCR angesetzt, jeweils mit verschiedenen Primern.
Die Primer CF & 6R haben überhaupt nicht funktioniert, A1 und A2 nur 2 von 6 Proben und bei B1 + B2 5 von 6 Proben.

Diese haben wir dann zum Sequenzieren angesetzt, worauf wir gerade warten. Leider dauert die Cyclesequency im Thermocycler wie immer ewig.
Nebenbei haben wir noch DNA Sequenzen "alignt". Das heißt bearbeitet, so dass lange Blöcke entstehen. Ist eine sehr anstrengende Arbeit, da man sich total konzentrieren muss!

Gerade haben wir noch bei Webin [Webin is the internet tool for the submission of nucleotide sequences to the EMBL database. It is a service offered by the European Bioinformatics Institute (EBI), an outstation of the European Molecular Biology Laboratory (EMBL).] versucht eine Sequenz zu veröffentlichen, doch leider ist mir der Internetexplorer abgestürzt. (Noch ein Grund warum ich daheim nur Firefox benutze!) Darum mussten wir mehr oder weniger neu anfangen. Hoffentlich klappt diesmal alles.

Später wird noch fertig sequenziert, und dann ist mein letzter Montag schon wieder vorbei!

Rest der letzten Woche wurde noch sequenziert...

aber...!
Wir haben eine Hausaufgabe bekommen, die ich gerade mache ^^ Nämlich mit ClustalX 2.0 irgendwie Sequenzen "alignen" -> untereinander anordnen. Wenn ich ehrlich bin, ich kenn mich nicht wirklich aus, aber ich änder einfach mal Parameter und schau was rauskommt.... ^^

Nächste Woche ist schon meine letzte Woche! Wow, ging echt schnell rum die Zeit. Mal sehen wie's wird :D

Heute haben wir mal eine andere Extraktionsvariante durchgeführt.
Ging nicht soo schwer, obs geklappt hat wissen wir trotzdem noch nicht ^^!
Genauer beschreiben werd ich sie noch... das Wetter ist einfach viel zu gut :D

Sequenziert haben wir auch... Jaa, es läuft ^^