11. Tag
Der heutige Montag hat, so wie man es auf gut lungauerisch sagen könnte „richteg g’miatlech“ (zu Deutsch: „wirklich gemütlich“) begonnen. Obwohl ich um halb fünf in der Früh aufgestanden bin und um ca. 8 Uhr dann in Graz war, gestaltete sich der Rest des Vormittags ausgesprochen ruhig, da ich aufgrund eines Stromausfalls im Institut bis ca. 12 Uhr meine freie Zeit außerhalb des Labors genießen konnte.
Nach diesen entspannenden Stunden, freute ich mich allerdings schon wieder auf die mir bevorstehend Arbeit im Labor. Dabei führte ich mit Bernd wieder eine Gelelektrophorese durch, wobei heute kein 10%- sondern ein 15%- iges Gel verwendet wurde, um noch kleiner Proteine beziehungsweise Proteinbande herauszufiltern.
Nachdem ich nun schließlich die beiden dazu benötigten Gele (stacking und separating gel) hergestellt hatte, musste ich dieser nur noch fest werden lassen und konnte dann die Gelelektrophorese starten. Um aber letztendlich ein Ergebnis zu erhalten, wäre es zuvor allerdings noch ratsam die Proben sowie den Marker in die dafür vorgesehenen Slots zu geben.
Während nun die Gelelektrophorese liefe, konnte ich wieder eine neue Lektüre [Thema: NirA (= mein zu analysierendes Protein)], um die Stunde bis zum Ergebnis etwas zu verkürzen und sinnvoll zu nutzen.
Das fertige Gel wurde nun nach dem Silver Staining Protocol gewaschen, sodass ich am Ende die einzelnen Spots (= Proteinbande) im Gel gut erkennen konnte und sie morgen ausschneiden und weiterbearbeiten kann.

12. Tag
Heute konnte ich also meine Proteinbande (Spots), wie gestern schon erwähnt, weiterbearbeiten. Dazu schneidet man mit einem Skalpell die zuvor ausgesuchten Bande aus dem Gel aus und zerkleinert dieser wiederum in kleine, ca. 1x1 mm große Stückchen. Die weiterführenden Schritte werde ich hier nicht genauer erklären.
Wichtig ist hierbei nur, dass die Proben am Ende dieser Arbeitsvorgänge für die weitere maschinelle Analyse bereit stehen.
Zwischendurch hatte ich auch heute immer wieder die Gelegenheit mich im Bezug auf das Protein NirA geistig etwas weiterzubilden und um 13 Uhr stand dann noch ein Seminar auf dem Programm.

13. Tag
Als ich um 9 Uhr im Labor ankam, hatte ich zunächst keine Ahnung, was und mit wem ich heute arbeiten werde. Deshalb versuchte ich zunächst meinen Betreuer Bernd zu finden. Er teilte mir gleich mit, dass am Vormittag für mich wieder „reading- time“ angesagt war, da er selbst noch einiges zu erledigen hatte. Weiters wurde mir auch eine kleine Rechenaufgabe gestellt, die ich, nur nebenbei erwähnt, erfolgreich lösen konnte.
Am Nachmittag ging es dann weiter zur Massenspektrometrie, wobei, wie der Name schon verrät, die Masse der Proteine ermittelt wird. Aufgrund einiger Schwierigkeiten mit dem Spektrometer versuchte Bernd zunächst natürliche die Ursache dafür zu finden. 2 Stunden später schien das Gerät nach zahlreichen Versuchen doch wieder relativ reibungsfrei zu funktionieren und so konnten wir schlussendlich doch noch die Proben mit dem Massenspektrometer messen.
Anschließend haben wir noch einige Proben mittels Trypsin verdaut und danach den Arbeitstag für heute beendet.

14. Tag
Nachdem ich heute, wie so ziemlich an jedem Tag in den letzten 3 Wochen, um 9 Uhr ins Labor kam, hatte ich zunächst noch einige Zeit um etwas zu lesen. Danahc begann ich damit meine Proben zu extrahieren während ich BSA im Chromatographie- Gerät und Massenspektrometer durchlaufen ließ, um sicher zu sein, dass beide Geräte ihre volle Funktion erfüllten.
Nach einigen Arbeitsschritten hatte ich schließlich auch meine 10 Proben extrahiert und für die weitere Analyse (mittels Chromatograph und Massenspektrometer) vorbereitet.
Einigen Erklärungen bezüglich der Vorgänge, die nun in den beiden Geräten ablaufen werde, stand meiner Mittagspause nun nichts mehr im Wege.
Am Nachmittag arbeitete ich dann mit Erich zusammen, da Bernd morgen schon gemütlich seinen Urlaub genießen wird.
Unter Erichs Aufsicht stellte ich 3 Puffer her, die wir morgen für eine Elektrophorese benötigen werden. Nachdem ich also meine dazu benötigten Mengen gewogen, gemessen und zusammengemischt hatte, war mein Tag im Labor schon wieder beendet.

15. Tag
Heute, wir schreiben den 28. Juli 2006, war also mein letzter Tag im Labor.
Dieser begann mit meinem Erscheinen im Institut um 8:30 Uhr, wo ich kurze Zeit später erfuhr, dass Erich, mit dem ich heute zusammengearbeitet hätte, kurzfristig verhindert wurde und somit heute nicht im Labor erscheinen würde. Deshalb bat sich mir die Gelegenheit, mit Angelikas fachkundiger Anleitung mit dem Luminescence Spektometer zu arbeiten. Die Arbeitsschritte dazu sind zwar einfach, jedoch möchte ich diese hier nicht näher erläutern.
Danach gingen die ganze Crew des Labors und ich natürlich auch essen. Somit endete also mein letzter Arbeitstag in Grazer Institut für pharmazeutische Wissenschaften.
Wenn ich nun in einem kurzen Resümee das alles noch einmal zusammenfassen sollte, würde mir nur Folgendes einfallen: lustig, nett & sympathisch (die Crew ist damit gemeint), lehrreich, manchmal anstrengend (in den Ferien so konzentriert zu arbeiten ist nicht immer leicht) und auf alle Fälle eine positive Erfahrung!

6. Tag
Heute wurde also die angefangene Arbeit vom Freitag weiter bearbeitet, d. h. wir haben die einzelnen Proteinbande auf dem Gel ausgeschnitten und diese in ca. 1 x 1 mm große Stückchen zerkleinert. Danach wurden sie durch Hinzu- und wieder Weggeben verschiedener Lösungen für die weitere Analyse vorbereitet. Da diese Analyse durch den Chromatographen und den Massenspektrometer jedoch erst später erfolgen wird, werden auch die Proteine später fertig verdaut.
Anschließend habe ich für Bernd noch einen Puffer „zusammengemixt“ und mit der Fertigstellung dieses Puffers endete auch mein 1. Tag in der 2. Arbeitswoche.

7. Tag
Am Vormittag durfte ich mich heute ca. 11/2 Stunden in die Literatur vertiefen und anschließend Evi, eine Mitarbeiterin im Labor, bei einer real- time quantitative PCR (protein chain reaction) über die Schulter schauen. Zunächst wurde mir von Evi allerdings einiges über die mRNA (massenger RNA) und die PCR im Allgemeinen erzählt. Währenddessen wurde ich immer darauf hingewiesen, dass bei der Laborarbeit Genauigkeit sowie Konzentration stets einen wichtigen Aspekt darstellen, um keine wichtige „Zutat“ zu vergessen, denn ansonsten müsste man womöglich teure Chemikalien entsorgen, ohne dass sie je wirklich Anwendung gefunden hätten.
Aufgrund der ungenauen Messergebnisse der Pipetten, stellte es sich das genaue Arbeiten allerdings als schwieriges Unterfangen heraus, da bei einer PCR- Maschine, ebenso wie bei vielen anderen Geräten, genauestes Vorgehen erwünscht wird. Kurz vor der Mittagspause wurde jedoch die Maschine mit den Proben schließlich eingeschaltet.
Am Nachmittag bekam ich wieder etwas Lesestoff zum Thema PCR, womit ich mich wiederum ca. 11/2 Stunden beschäftigte. Danach durfte ich Evi bei einer Gelelektrophorese helfen. Dabei benötigt man in diesem Fall Agarosegel, um die amplifizierten DNA- Stückchen auf dem Gel aufzuteilen und sie durch Hinzugabe des Farbstoffes Ethidiumbromid sichtbar zu machen. Allerdings ist dieses Experiment, wie zuvor erwartet, nicht all zu gut gelungen.

8. Tag
Heute hatte ich wieder die Gelegenheit, Evi bei ihrer Arbeit zuzuschauen und dabei natürlich auch tatkräftig mitzuhelfen. Nach der kurzen Besprechung, wie sich mein weiterer Tagesablauf vermutlich gestalten wird, wurde mir noch sehr vereinfacht das Prinzip der Reverse Transcription zuerst mündlich erklärt und wenig später bekam ich wieder etwas Literatur, um mir diesen Themenbereich auch selbst zu erarbeiten.
Zwischendurch wurden auch die Proben für eine normale PCR (template: HSP27; primer: tat-Sequenz) vorbereitet und so weiter bearbeitet, dass die PCR dann schließlich auch durchgeführt werden konnte.
Einige Stunden und Arbeitsschritte später, goss ich ein Agarosegel, um dann mittels Gelelektrophorese ein sichtbares Ergebnis meiner Proben zu erhalten. Und so endete dann auch schon wieder ein weiterer Arbeitstag meines Laborpraktikums.

9. Tag
Als ich heute ins Labor kam, freute ich mich über die Nachricht von Evi, dass wir gleich mit den Vorbereitungen für eine weitere PCR anfangen könnten. Diese Freude löste sich allerdings bald in Luft auf, da ein Herr, der wegen eines Mikroskops gekommen war, sogleich Evi für sich beanspruchte und ich mich somit wieder einmal meiner „heiß geliebten“ Literatur widmen konnte. Doch bereits weinig später, konnten wir mit unserer Arbeit für heute beginnen, d.h. Puffer, H2O, cDNA, die beiden Primer (F und R), dNTP und die gerade benötigte Polymerase wurden bereitgestellt, um die entsprechenden Mengen für meine PCR vorzubereiten.
Heute machten wir also eine weitere PCR, die als Kontrolle zu jener von gestern dienen sollte. Unsere 3 Proben unterscheiden sich dann an der verwendeten Polymerase und den eingesetzten Primern. Genaueres würde hier wahrscheinlich nur zu noch mehr Verwirrung führen.
Nachdem wir also die Temeraturen eingestellt hatten, wurde die diesmal ca. 3 Stunden dauernde PCR gestartet.
Währenddessen begannen wir eine Plasmid Purification, wobei versucht wird ein bestimmtes Plasmid aus einer Menge von Bakterien zu isolieren. Dazu sind wiederum einige Arbeitsschritte nötig, doch durch zusätzliche Erläuterungen und genauere Erklärungen würde sich mein Bericht allerdings noch viel länger werden und dies will ich dann doch niemanden zumuten. Wer trotzdem genaueres darüber wissen möchte, der kann mich gerne fragen oder auch im Internet nachsehen…
Weiters stand heute auch noch eine Gelelektrophorese der PCR- Proben auf dem Programm, die jedoch nicht zu unserer Zufriedenheit ausfiel…

10. Tag
Im Labor angekommen, hieß es zunächst von Bernd, mit ihm habe ich heute zusammengearbeitet, dass wir in ca. 20 Minuten starten werden, da er vorher noch kurz etwas zu erledigen habe. In diese Zeit konnte ich mich also wieder meiner Lektüre (Thema: Elektrophorese) widmen und mir mein Protokoll von voriger Woche, wo ich eine Gelelektrophorese durchgeführt hatte, zu Gemüte führen.
Anschließend schnitt ich weitere Proben (Spots) aus unserem Gel vom 14.07.2006 aus und bearbeitete sie dann mit NH4HCO3, Acetonitril, DTT und Iodacetamit weiter. Nach einige Arbeitsschritten, die vorwiegend mittels Pipette durchgeführt wurden, hieß es schließlich: „Ab ins Wochenende!!!“ :)

1. Tag

Mein erster Tag im Labor war toll. Bernd, mein Betreuer und alle anderen, die im Labor noch arbeiten, sind sehr nett und hilfsbereit und so wurde mir heute auch viel erklärt, was ich mir bestimmt nicht alles merken konnte, doch ich denke, dass die wichtigsten Informationen doch hängen geblieben sind.
Nachdem alle Formalitäten geklärt waren, wurde ich zunächst mit Fachwissen über Proteine „überschüttet“, da ich keine beziehungsweise nur wenig Ahnung darüber hatte, was nun genau im Labor gearbeitet wird. Nach einigen Erklärungsversuchen von Seiten meines Betreuers und jeder Menge Literatur, die mich in dieses Themengebiet einführen soll, habe ich auch schon Fabio beim Pipettieren etwas helfen können, während ich mir zwischendurch immer wieder etwas mehr in puncto Proteine an Wissen aneignete.
Heute bin ich schon sehr gespannt auf den morgigen Tag und hoffe, dass ich immer mehr in das „Laborleben“ eingeführt werde.
Übrigens: Ich bin, wie vielleicht einige schon wissen, zum ersten Mal alleine in einer mir doch ziemlich fremden Stadt. Deshalb hatte ich auch einige Schwierigkeiten bei der Suche nach meiner Unterkunft, die mich quer durch die Stadt führt. Ein kleiner Vorteil, den ich daraus ziehen kann: Immer hin habe ich nun schon den Großteil der Stadt gesehen, wenn auch nicht gerade freiwillig, wenn man mit bedenkt, dass ich mit Rucksack, Reisetasche, Laptop und einer kleinen Handtasche bewaffnet durch die Stadt irren musste… Ich bin jedoch, kurz vor Einbruch des Regens, in meiner Herberge angekommen und liege nun schon fast in meinem Bett, wo ich heute bestimmt gut schlafen werde, da mein Tag schon um halb fünf in der Früh seinen Anfang genommen hatte… *gähn* Also bis morgen!!!

2. Tag

Heute war eine Art „Tag der Lektüre“ für mich, denn die im Labor arbeitende Gruppe musste nämlich kurzfristig einige Präsentationen vorbereiten und so hatte jeder reichlich damit zu tun, mit seinen eigenen Sachen fertig zu werden. Ich konnte jedoch trotzdem Fabio wieder beim Pipettieren helfen und ihm auch bei einer Gelelektrophorese etwas zur Hand gehen. Ansonsten war für mich allerdings nur wenig zu tun, ich hoffe jedoch, dass sich dies mit der Zeit ändern wird, immerhin weiß ich nun schon einige Kleinigkeiten mehr im Bezug auf Proteine und werde dieses Wissen vermutlich auch in Zukunft noch etwas ausbauen. Zudem hat mir Fabio heute auch noch einige Zellen (z.B. jene, die Leukämie verursachen) mit dem Mikroskop gezeigt und ich konnte auch zahlreiche Bakterien betrachten.

3. Tag

Der heutige „Arbeitstag“ war einmal von der etwas anderen Art, denn die gesamt Crew des Labors ist nämlich nach Baden zu einem Retreat eingeladen, wofür am Tag zuvor noch eifrig Präsentationen erstellt wurden. Nachdem ich mich also von 9 bis 12 Uhr meiner nun fertig gelesenen Lektüre widmete, begab das „Laborteam“ gegen Mittag auf den Weg zu diesem zuvor genannten Termin.
Mittlerweile begann ich die Aufgabe zu erfüllen, die mir bereits vorher aufgetragen wurde, zu erfüllen, nämlich zahlreiche wissenschaftliche Publicationen in Mappen einzuordnen und dahingehen auch die Literaturdatenbank am Computer zu vervollständigen. Der Nachmittag war sehr angenehm für mich und es wurde mir, so ganz allein, überraschenderweise nicht einmal langweilig, im Gegenteil. Morgen werde ich diese Arbeit weiterführen, obwohl ich heute in meinem Eifer schon den Großteil erledigt habe.

4. Tag
Heute war ein ziemlich seltsamer Tag, der zunächst allerdings noch äußerst normal begann: Gegen neun Uhr traf ich im Institut ein und begann sogleich meine Arbeit vom Vortag weiterzuführen. Während ich mich also immer mehr darin vertiefte, klopfte plötzlich
(es war ~ 11:15 Uhr) ein Polizist an die Tür und bat mich für, wie es zunächst hieß, kurze Zeit das Gebäude zu verlassen. Gesagt, getan. Kurz darauf befand ich mich vor dem Institut gemeinsam mit einigen anderen, doch die Wartezeit sollte sich bald um einiges verlängern, da es sich um einen Bombenalarm handelte. Obwohl ich diesen Berichten zunächst auf keinen Fall Glauben schenken konnte und wollte, wurde mir bald der Ernst der Lage klar und so verbrachte ich den ganzen Nachmittag ohne Geld und Handy, denn das hatte ich ja alles im Institut gelassen, irgendwo in der Stadt, während mir der Magen vor Hunger knurrte. Schließlich fand ich eine Kellnerin, die sich meiner erbarmte und mir etwas zu essen und zu trinken gab, das ich später, wenn ich wieder Zugang zum Institut und somit auch zu meinem Geld habe, zahlen konnte. Um ca. halb sechs wurde schließlich die weit angelegte Straßensperre aufgehoben und wir konnte das Gebäude wieder betreten. Was nun mit der Bombe war und ob es überhaupt eine gegeben hatte, darüber fehlt mir leider bis jetzt noch immer die Information.
Irgendwie war es also ein ziemlich tatenloser, jedoch anstrengender Tag, den ich vermutlich nicht so schnell vergessen werde. 

5. Tag
Am Freitag, dem 17. Juli 2006, konnte ich zum ersten Mal aktiv an einer
Arbeit im Labor mithelfen, denn bereits am Vormittag begann ich gemeinsam mit meinem Betreuer Bernd eine Gelelektrophorese vorzubereiten. Um so etwas aber erst einmal durchzuführen, musste ich zunächst unter Bernds fachkundiger Anleitung das dazu benötigte Gel vorbereiten. Einzelheiten hierzu möchte ich euch aber ersparen…
Als Ergebnis der Gelelektrophorese erhält man im Gel verschiedene Linien, so genannte Spots, die verschwommen oder scharf sein können und für ein Protein stehen. Anschließend wird das Ergebnis fotografiert und/ oder eingescanned.
Weiter sind wir im Verlauf des Tages leider noch nicht gekommen und weil und der Computer gerade einen Streich spielt, werde wir damit auch erst am Montag wieder fortfahren.

tut mir leid, dass ich nocht nichts über mein praktikum geschrieben habe, nur das muss zunächst noch von jemanden vom Labor durchgelesen werden, damit ich keine Geheimnisse preisgeben kann...
die ersten eindrücke werden aber in kürze folgen
bis dahin viele liebe grüße aus graz!!!! :)

In den kommenden 3 Wochen (10.- 31. Juli 2006) werde ich am Institut für pharmazeutische Wissenschaften in Graz ein Laborpraktikum absolvieren und mich dabei vorwiegend mit den Proteinen beschäftigen. Mein Betreuer Dr. Bernd Gesslbauer hat mir bereits bei meinem Vorstellungsgespräch eine kleine Lektüre mit dem Titel "Methoden der Proteomforschung, Molekulare Methoden der Proteinexpression" mitgegeben, um mich etwas in dieses Gebiet einzulesen. Zunächst fand ich dies eine gute Idee und freute mich über etwas Lesestoff, der mir schon etwas über meine künftige Arbeit verrät. Mittlerweile muss ich jedoch sagen, dass es für mich (obwohl es laut Dr. Gesslbauer so einfach wie möglich beschrieben wird) doch ziemlich schwer zu kapieren ist, was in diesem Buch so geschrieben steht, da beispielsweise Wörter verwendet werde, die ich noch nie in meinem Leben gehört habe.

Ich bin schon gespannt wie mein erster "Arbeitstag" im Labor ablaufen wird, immerhin werde ich schon bald 3 Wochen in Graz verweilen anstatt im schönen Salzburger Land (genauer gesagt im Lungau +G+)! :)