nachdem andi noch immer krank zuhause im bett liegt, mike im urlaub ist, und martina mit christina und moni spitzenchemie macht, bin ich heute bei philip, biacore messen.

der chip, mit dem wir messen, ist aus gold. darauf befinden sich zuckerketten, und darauf sind streptavidin-rezeptoren, die biotin binden. man funktionalisiert diese mit dna-strängen, an denen je ein biotin hängt.
die funktionsweise des biacore beruht auf der messung des brechungsindex. normalerweise wird ein laufpuffer kontinuierlich eingespritzt. das wird durch injektionen anderen materials unterbrochen.
zur vorbereitung des chips wird eine mischung aus nacl und naoh eingespritzt. die kurve, die man am computerbildschirm beobachten kann, zeigt die änderungen des brechungsindex an. wird nun die oben genannte mischung eingespritzt, geht die kurve (der brechungsindex) nach oben. endet die injektion, wird wieder laufpuffer eingespritzt. die kurve geht wieder nach unten. das ganze wird 3 mal durchgeführt.
(ein anstieg der kurve soll eigentlich zeigen, ob ein binding stattfindet. in diesem fall geht die kurve beinahe senkrecht nach oben, was zeigt, dass die laufflüssigkeit gewechselt wurde. bei einem binding geht die kurve rund und weniger steil nach oben und flacht ab.)
die chipoberfläche teilen wir in 2 hälften ein.
auf die eine seite spritzen wir mit speziellen fängern funktionalisiertes dna-material ein. unten an der dna hängt immer ein biotin, das soll an die streptavidin-rezeptoren binden. die kurve steigt wie erwartet an. aus der steigung der kurve könnte man zusätzlich noch die affinität berechnen (wie "gern" sich biotin und streptavidin binden).
danach lässt man wieder den laufpuffer drüber. der wäscht die ungebundene dna weg.
dann injiziert man imidazol (200mM). durch den sehr hohen brechungsindex steigt die kurve steil an. imdazol löst einen teil des dna-layers herunter. nach der injektion --> wieder laufpuffer.
dann kommt eine injektion anderen dna-materials, sozusagen das gegenstück zum dna-material mit fängern. man will zeigen, dass sich die funktionellen gruppen an der dna nur unter bestimmten umständen binden. nach zahlreichen unterschiedlichen versuchen, können wir diese theorie nicht bestätigen. eventuell interagieren die dna-stränge selbst miteinander. denn obwohl beide stränge negativ geladen sind und sich also abstoßen müssten, kann es sein, dass durch den hohen salzgehalt des puffers die ladungen maskiert werden und starke wechselwirkungen zwischen den strängen herrschen. um dies zu beweisen, machen wir einen neuen versuch. die funktionellen gruppen werden mit imidazol-injektionen abgelöst und durch gruppen ohne funktionellen anhang ersetzt. wenn die funktionellen gruppen trotz nicht angenommener umstände interagieren, dürfte man jetzt keine interaktion sehen. die kurve zeigt aber eindeutig eine interaktion. also kann es nur an den dna-strängen liegen. um auszuschließen, dass der chip kaputt ist (denn es könnte sich ja auch um eine interaktion zwischen chip und dna-material handeln), machen wir folgendes: nachdem wir wieder imidazol zum ablösen der dna verwenden, schicken wir das nicht funktionelle dna-material ohne bindungsstellen auf beide hälften des chips. die zweite, unbenutzte hälfte hat nur eine "nackte" proteinoberfläche. die kurve der ersten hälfte zeigt wieder eine interaktion, während die zweite kurve keine zeigt.
das sagt uns, dass es sich um eine interaktion zwischen den dna-strängen handelt und die theorie unter diesen umständen nicht bestätigt werden konnte.