Heute haben wir die cDNA zur RNA, die wir gestern isoliert haben, gemacht.

Außerdem haben wir heute mal was ganz anderes gemacht. Andrea hatte Pankreaszellen: unbehandelte und welche, die sie mit EGF behandelt hatte.
Mithilfe von MACS (magnetic activated cell sorting) haben wir Tumor inizierende Zellen von den anderen getrennt. Das heißt, wir haben einen Antikörper zu den Zellen gemischt, der an die Tumor inizierenden Zellen bindet. Dann haben wir einen zweiten Antikörper dazugegeben, der an den ersten bindet und außerdem eine Art "Magnet" hat.
Die Zellen haben wir durch ein Rohr mit Eisenkügelchen laufen lassen, an denen durch die magnetische Anziehung die "richtigen" Zellen hängen bleiben. So konnten wir sie trennen.

Heute haben wir nur wenig zu tun gehabt, wir haben wieder RNA isoliert.

Die dehydrierten Stückchen der Mausohren habe ich eingebettet, das heißt, in kleinen Schälchen in Paraffin getaucht und das Paraffin hart werden lassen. Die Stückchen mussten mit der Schnittseite nach unten aufgestellt werden, das war gar nicht so einfach.
Später habe ich davon 4µl "dicke" Scheiben abgeschnitten und diese auf Objektträger aufgetragen.

Am nächsten Tag habe ich (mal wieder) einen Myoplasmentest gemacht. Aber diesmal mit einem anderen Kit, der mithilfe einer PCR lief.
Außerdem habe ich eine real-time PCR laufen lassen, an der man dann ablesen kann ob der knock-down eines Gens funktioniert hat.

Heute habe ich ein 2%iges Agarosegel gegossen und die PCR vom Freitag darauf laufen lassen.
Und mit den Proteinen, die wir letzte Woche quantifiziert haben, habe ich einen Westernblot gemacht. Nachdem das Gel gelaufen war, haben wir es mit Strom auf eine Membran übertragen. Morgen werden wir da weiter machen.

Gestern haben Marianne und ich wieder RNA isoliert. Heute haben wir die dazu komplementäre cDNA gemacht, an der man dann später nachschauen kann, ob bzw. welche Gene besonders stark exprimiert wurden.
Weiters haben wir gestern Proteine quantifiziert, das heißt, sie mit bestimmten Substanzen behandelt und dann mit einem speziellen Gerät die Absorption gemessen. Heute haben wir das ausgewertet und nun wissen wir, wie viele mg/ml Proteine in unseren Proben sind. Dieses Wissen brauchen wir, dass wir später auf einem Gel etwa dieselbe Menge Proteine von jedem Sample auftragen können.
Heute habe ich die Ohren von Mäusen in Streifen geschnitten und mit Methanol dehydriert. Ich musste jede halbe Stunde den Methanol wechseln und jedes Mal höherprozentigen verwenden, d.h. ich habe mit 50%igen angefangen, dann 70%, 80%, 90% und schließlich 2mal mit 100%igem.

Heute ist Marianne dazu gekommen, die zweite Summerschoolpraktikantin. Zusammen haben wir RNA aus Pankreaszellen isoliert. Das funktioniert ähnlich wie bei der Isolierung von DNA, nur ist die RNA viel empfindlicher und man muss vorsichtiger damit umgehen.
Ich habe außerdem in der Sterilbank arbeiten dürfen und habe Zellen gespaltet. Ein komisches Gefühl erst mal..so aufpassen zu müssen, dass alles steril und sauber bleibt.

Die real-time PCR, die ich am Freitag gemacht hatte, zeigte ein seltsames Ergebnis, darum wiederholten wir sie. Morgen werden wir sehen, ob es diesmal funktioniert hat.