Heute habe ich gelernt, wie man einen Datensatz mit MATLAB richtig auswertet.
Ich durfte es sogar selbst und alleine machen :D

Recht viel anderes haben wir heute nicht gemacht.

Freitag: (ich glaube 17.07.09 :D )

wir testeten Spitzen.
x Summensignal
x Drive
x Beschichtung

Einen guten Chip testeten wir dann gleich.

Recht viel mehr machten wir eigentlich gar nicht mehr, bzw darf ich die genaue Beschichtung und Ergebnisse nicht online stellen.

Dann hatte ich eine Woche "Urlaub" da ich mich am Fuß verletzte und nicht mehr richtig gehen konnte.
Dafür mache ich die Woche natürlich nach.
Deswegen machte ich auch eine Woche keine Einträge.


Montag:
27.07.09:
Eigentlich wollten wir Federkonstanten ermitteln, aber schließlich durften wir mit Alex unsere Namen (mit Hilfe des AFM) ind BSA-Platten ritzen.
Das veranschaulichten wir dann in einer 3D-Darstellung, was sehr lustig aussah :)

BIs später...

Jetzt sind wir bereit zum selber messen. Wir durften heute sogar ganz alleine das AFM bedienen, natürlich mit Mike im Hintergrund, der halt immer wieder bei Komplikationen eingriff.
Da wir ja gestern schon ein Sample gemacht und es in den Gefrierschrank gegeben haben, mussten wir das heute nicht wiederholen, sondern verwendeten das gestrige. Also mussten wir nur einen neuen Tris-Nickel Puffer machen, was aber sehr schnell ging.

Wir nahme einige Datensätze auf mit dem AFM und dann werteten wir die Gestrigen Aufnahmen noch mit dem Programm: MATLAB aus.

Es geht hier um das so genannte Blocken, das heißt die Spitze wird blockiert (Avidin) um die spezifischen Interaktionen wegzubringen. Man dürfte hier keine Bindings sehen.

Also zu MATLAB:
Grün=die Annäherung
Rosa=Steigung
und dann gibt es noch den Kontaktpunkt.
mit der linken Maustaste markiert man und dann wird die Läne und die Kraft zusammen gerechnet.
Dann enstehen, nachdem MATLAB nur die markierten Datein zusammengerechnet hat sechs Diagramme. Länge, Kraft usw.

Unser Ergebnis: 20% Bindungswahrscheinlichkeit, 80% kein Binding.
Man sollte 10 Datensätze machen, also ca 10 000 Kurveb aufnehmen.

Was ich heute gelernt habe:
Lektion 1: Früh übt sich. (Danke, Felix)
Lektion 2: An der Uni san alle gemein und setzen Gerüchte in die Welt. super (!) haha :D

Schönen Nachmittag, genieß das schöne Wetter noch und bis morgen :)

Heute, am 15.07.09 haben wir richtig mit dem Arbeiten an der DNA begonnen.
Gleich am Morgen ließen wir Nickelt und Tris von gestern auftauen und machten daraus dann ein Sample am AFM Gerät 6.
hier die Lösung: 100µl Wasser und dies vermengen mit jeweils 100µl Tris und Nickel.
Dazu haben wir Rhizavidin gegeben (5µl Portion mit 5,5 mg/ml)
Inkubationszeit (!)

Nun kam der Tris-Nickel Puffer dran, den wir dann zum Waschen vom Sample benötigten. Ich durfte also 500µl Tris und 100µl Nickel zusammenmischen und das ganze auf 50 ml mit Wasser bringen.

Kraftsprektroskopie Avidin-Biotin:
Das praktische an unserer speziellen Methode ist, wie auch gestern oder so schon erwähnt, dass man nur einen Waschgang braucht wenn man mit unserer speziellen Metode arbeitet und die Inkubationszeit ca eine halbe bis dreiviertel Stunde dauert, nicht so wie bei den normalen (2 Stunden).Somit geht alles viel schneller.


Jetzt mussten wir die Spitzen mit Chlorophorm waschen. Das übernahm aber dann doch Mike. Er trocknete die Chips mit Stickstoff und nachdem eine spezielle Lösung draufgegeben wurde, folgte die Inkubationszeit. Also eine kurze Verschnaufpause für uns.

Nach der Pause wurde das Sample mit dem von mir zubereiteten :D Puffer gewaschen und die Spitzen mit PBS-Puffer.

Cantilever eingespannt und los ging es.
Aber Achtung: Die spezielle Lösung darf nicht trocken werden, Biotin würde das aushalten, aber man sollte halt darauf achten, dass man möglichst schnell arbeitet.

Beim ersten Durchgang kamen leider keine Bindings zustande, aber wir arbeiteten heute auch mit alten Spitzen, weshalb Mike uns vorher schon gesagt hatte, dass er nicht glaube, dass wir viel sehen.
Na ja, Spitze wechseln und weiter gehts :)

Was ich heute gelernt habe:
Lektion 1: Eine Gans hat nur 2 Füße :D
...Katrin zeichnet eine Gans: "He, wie viele Füße hat eigentlich a Gans? 2 oder 4?" :D:D

Danke für die Aufmerksamkeit und bis morgen dann ^^

Heute durfte ich gleich am Morgen wieder ins Chemielabor zu Philipp, wo schon wieder viele interessante Sachen auf mich warteten.
Wir beschäftigten uns mit der LH20-Säule, die im wesentlichen so funtioniert wie das Verfahren gestern (siehe Tag 6).

So funtionierts:
x Lösungsmittel-Reservoir befüllen und mit Helium entgasen.
x Durch eine 10ml Spritze saugt man am Entlüftungsventil an und macht so den Ansaugeschlauch und die Pumpe blasenfrei
x Man spült den Einspritzblock (INJECT-Stellung) mit einer Hamilton-Spritze
x Nun füllt man den Loop mit Lösungsmittel
x Die Säule wird an die Pumpe angeschlossen (Der Säulenausgang ist geschlossen)
x CHCl3:Mit Vorsäure
MeOH: ohne Vorsäure
x Fraktionssammler startklar machen und verbinden
x das System wird gestartet
x Fluss=0.4 ml/min
x Franktionssammler starten

In unserem Labor durften wir dann 200 ml Nickel und Tris pipettieren, welche die anderen vorher vorbereitet haben.
Dies benötigten wir für das AFM.
Doch heute funtionierte das AFM nicht richtig. zuerst ging das Setup nicht und kamen auch noch einige andere Komplikationen dazu.
Wir wollten ja eigentlich DNA Ringe (15-20 nm) sehen, doch dies war uns leider nicht möglich.

Was war das Problem?
1) Vielleicht lag es daran, dass normalerweise ein Schrittmotor verwendet wird, der sich langsam und fein annähern kann. Das kann man ja auch händisch machen.
Wir verwendeten einen anderen, welcher nur mit Spannung betrieben wird. Wenn man nun eine Richtungsänderung macht, driftet dieser so ab, dass die Kurve irgendwo ist.
2) Vielleicht aber war ja das Problem die Spitze. Sollten wir etwa eine neue verwenden?
3) Oder aber es kam kein konstanter Abstand zwischen Platte und Spitze zusammen!?

Ich erfuhr auch noch einiges über die Amplitude. Hierbei hanelt es sich um Sinuskurven. Wenn man zB einen Wert von 1,180 dastehen hat, bedeutet das, dass die Kurven 1,180 groß sind. Wenn die Amplitude kleiner wird, wird die Kraft größer.

Zum Servo Gain: Dies reagiert wie das Feedback. Je höher die Werte sind, desto schneller reagiert das Feedback-Programm. Der Piezo fährt also weg.
Passiert das ganze allerdings zu schnell, kann es zu starkem Rauschen kommen.

Ich durfte heute auch noch im Chemielabor eine Lösung pipettieren und in flüssigen Wasserstoff werfen. Das war super :)
Ich mag das Chemie-Labor^^

Was ich heute gelernt habe:
Lektion 1: Immer schauen, ob eh keine Moni vor einem steht. Man könnte ja zusammenkrachen.

Bis morgen dann..

Nun geht es weiter. Nach einem enspannenden Wochenende sind wir nun wieder voll im Einsatz- naja, fast!
Es sind nämlich "hochbegabte Jugendliche" an der Uni, die auch wie wir einmal alles inspizieren wollen. Also brauchen sie auch unsere Labore und wir haben nicht so viel Platz wie sonst.
Aber immerhin haben wir heute trotzdem allerhand gemacht:

Wie schon erwähnt durften wir heute zu Philipp in das Chemielabor. Als erstes entgasten wir einmal alles, sprich den Puffer, damit keine Luftblasen entstehen. Dies passierte durch Filtrieren. (Vakuumfiltration) Das wiederholten wir auch noch einmal um sicher zu sein, dass sich keine Luft mehr darin befinet.
Nach diesen kleinen Tätigkeiten ging ich zu Mike ins Büro, er ist mein neuer Betreuer, da ich mit ihm für die nächste Zeit zusammen arbeite. Aber dazu später.

Weiter im Chemielabor:
x BSA zentrifugieren (10 mg/ml)
x Sample wird in den Loop gegeben
x System wird gestartet und somit werde die Proteine über die Säule geschickt.
x Schreiber und Fraktionssammler gestartet

Im Gegensatz zu Gel-Chromatographie:
Bei der Gel-Chromatohraphie kommen die kleinsten Moleküle schneller vorwärts, aber hier bewegen sich die längeren schneller, weil:
Es befinden sich Zwischenräume in der Säule, in die die kurzen Mleküle eindringen können, die langen jedoch nicht und sie flitzen sozusagen direkt vorbei und sind deswegen schneller.

Nun zurück zu Mike (=Michael Leitner).
Er befasst sich gerade mit DNA-Imaging bzw DNA rings und hiermit werde auch ich mich in nächster Zeit befassen. Man schaut im Wesentlichen die Oberfläche von einer DNA und, wobei es sich hier auch in manchen Fällen um Ringe handeln kann.
Heute hatten wir jedoch nicht mehr genug Zeit und somit betrachteten wir die neuen Chips, die Mike bekommen hat unter dem Lichtmikroskop und dem AFM (über die Kamera welche bei den neuen Geräten vorhanden ist)
Wir wollten also wissen, ob sich noch eine Spitze auf dem Chip befindet. Eigntlich sollten ja 2 oben sein, aber eine davon hat sich umgebogen- und das bei jedem Chip. (Insgesamt 8 Chips). Es handelt sich hier nämlich um sehr sehr dünne Cantilever. Diese benutzt man, weil je dünner ein Cantilever ist, desto weniger Rauschen passiert.
Sie sind etwan 100 nm groß. Materialspannungen bestehen und das führt dazu, dass der Cantilever abknickt.


Mike erklärte, dass die Spitzen wahrscheinlich nicht funktionieren würden, da:
x der Cantilever ist zu klein und hat somit natürlich auch zu wenig Fläche, was zu Problemen mit dem Laser führt (man muss den Laser ja auf die Spitze des Cantilevers fokussieren) und es können außerdem leichter Störungen auftreten.
x Man bekommt vielleicht einfach zu wenig Informationen.
x Wenn der Winkelt des Cantilevers zum Chip falsch ist, kann der Cantilever nach unten oder nach oben gebogen sein und das heißt, dass es einfach nicht funktionieren wird.

Ja, das war im Großen und Ganzen mein Tag und ich freue mich schon auf das Arbeiten mit Mike. :)

Wenn das Wetter noch schön bleibt gehen wir alle noch nach der Arbeit grillen :)


Was ich heute gelernt habe:
Lektion 1: Hochbegabte Schüler sind genau wie wir- nur etwas klüger :D
Lektion 2: Immer durch die Glastür schauen, bevor man sie jemanden rauf haut. (Ja, Türen sind nicht meine Freunde:D )
Lektion 3: Nicht so viel Kaffeepulver verwenden ;D

Schönen Tag noch und bis morgen.