Heute habe ich gelernt, wie man einen Datensatz mit MATLAB richtig auswertet.
Ich durfte es sogar selbst und alleine machen :D

Recht viel anderes haben wir heute nicht gemacht.

Freitag: (ich glaube 17.07.09 :D )

wir testeten Spitzen.
x Summensignal
x Drive
x Beschichtung

Einen guten Chip testeten wir dann gleich.

Recht viel mehr machten wir eigentlich gar nicht mehr, bzw darf ich die genaue Beschichtung und Ergebnisse nicht online stellen.

Dann hatte ich eine Woche "Urlaub" da ich mich am Fuß verletzte und nicht mehr richtig gehen konnte.
Dafür mache ich die Woche natürlich nach.
Deswegen machte ich auch eine Woche keine Einträge.


Montag:
27.07.09:
Eigentlich wollten wir Federkonstanten ermitteln, aber schließlich durften wir mit Alex unsere Namen (mit Hilfe des AFM) ind BSA-Platten ritzen.
Das veranschaulichten wir dann in einer 3D-Darstellung, was sehr lustig aussah :)

BIs später...

Jetzt sind wir bereit zum selber messen. Wir durften heute sogar ganz alleine das AFM bedienen, natürlich mit Mike im Hintergrund, der halt immer wieder bei Komplikationen eingriff.
Da wir ja gestern schon ein Sample gemacht und es in den Gefrierschrank gegeben haben, mussten wir das heute nicht wiederholen, sondern verwendeten das gestrige. Also mussten wir nur einen neuen Tris-Nickel Puffer machen, was aber sehr schnell ging.

Wir nahme einige Datensätze auf mit dem AFM und dann werteten wir die Gestrigen Aufnahmen noch mit dem Programm: MATLAB aus.

Es geht hier um das so genannte Blocken, das heißt die Spitze wird blockiert (Avidin) um die spezifischen Interaktionen wegzubringen. Man dürfte hier keine Bindings sehen.

Also zu MATLAB:
Grün=die Annäherung
Rosa=Steigung
und dann gibt es noch den Kontaktpunkt.
mit der linken Maustaste markiert man und dann wird die Läne und die Kraft zusammen gerechnet.
Dann enstehen, nachdem MATLAB nur die markierten Datein zusammengerechnet hat sechs Diagramme. Länge, Kraft usw.

Unser Ergebnis: 20% Bindungswahrscheinlichkeit, 80% kein Binding.
Man sollte 10 Datensätze machen, also ca 10 000 Kurveb aufnehmen.

Was ich heute gelernt habe:
Lektion 1: Früh übt sich. (Danke, Felix)
Lektion 2: An der Uni san alle gemein und setzen Gerüchte in die Welt. super (!) haha :D

Schönen Nachmittag, genieß das schöne Wetter noch und bis morgen :)

Heute, am 15.07.09 haben wir richtig mit dem Arbeiten an der DNA begonnen.
Gleich am Morgen ließen wir Nickelt und Tris von gestern auftauen und machten daraus dann ein Sample am AFM Gerät 6.
hier die Lösung: 100µl Wasser und dies vermengen mit jeweils 100µl Tris und Nickel.
Dazu haben wir Rhizavidin gegeben (5µl Portion mit 5,5 mg/ml)
Inkubationszeit (!)

Nun kam der Tris-Nickel Puffer dran, den wir dann zum Waschen vom Sample benötigten. Ich durfte also 500µl Tris und 100µl Nickel zusammenmischen und das ganze auf 50 ml mit Wasser bringen.

Kraftsprektroskopie Avidin-Biotin:
Das praktische an unserer speziellen Methode ist, wie auch gestern oder so schon erwähnt, dass man nur einen Waschgang braucht wenn man mit unserer speziellen Metode arbeitet und die Inkubationszeit ca eine halbe bis dreiviertel Stunde dauert, nicht so wie bei den normalen (2 Stunden).Somit geht alles viel schneller.


Jetzt mussten wir die Spitzen mit Chlorophorm waschen. Das übernahm aber dann doch Mike. Er trocknete die Chips mit Stickstoff und nachdem eine spezielle Lösung draufgegeben wurde, folgte die Inkubationszeit. Also eine kurze Verschnaufpause für uns.

Nach der Pause wurde das Sample mit dem von mir zubereiteten :D Puffer gewaschen und die Spitzen mit PBS-Puffer.

Cantilever eingespannt und los ging es.
Aber Achtung: Die spezielle Lösung darf nicht trocken werden, Biotin würde das aushalten, aber man sollte halt darauf achten, dass man möglichst schnell arbeitet.

Beim ersten Durchgang kamen leider keine Bindings zustande, aber wir arbeiteten heute auch mit alten Spitzen, weshalb Mike uns vorher schon gesagt hatte, dass er nicht glaube, dass wir viel sehen.
Na ja, Spitze wechseln und weiter gehts :)

Was ich heute gelernt habe:
Lektion 1: Eine Gans hat nur 2 Füße :D
...Katrin zeichnet eine Gans: "He, wie viele Füße hat eigentlich a Gans? 2 oder 4?" :D:D

Danke für die Aufmerksamkeit und bis morgen dann ^^

Heute durfte ich gleich am Morgen wieder ins Chemielabor zu Philipp, wo schon wieder viele interessante Sachen auf mich warteten.
Wir beschäftigten uns mit der LH20-Säule, die im wesentlichen so funtioniert wie das Verfahren gestern (siehe Tag 6).

So funtionierts:
x Lösungsmittel-Reservoir befüllen und mit Helium entgasen.
x Durch eine 10ml Spritze saugt man am Entlüftungsventil an und macht so den Ansaugeschlauch und die Pumpe blasenfrei
x Man spült den Einspritzblock (INJECT-Stellung) mit einer Hamilton-Spritze
x Nun füllt man den Loop mit Lösungsmittel
x Die Säule wird an die Pumpe angeschlossen (Der Säulenausgang ist geschlossen)
x CHCl3:Mit Vorsäure
MeOH: ohne Vorsäure
x Fraktionssammler startklar machen und verbinden
x das System wird gestartet
x Fluss=0.4 ml/min
x Franktionssammler starten

In unserem Labor durften wir dann 200 ml Nickel und Tris pipettieren, welche die anderen vorher vorbereitet haben.
Dies benötigten wir für das AFM.
Doch heute funtionierte das AFM nicht richtig. zuerst ging das Setup nicht und kamen auch noch einige andere Komplikationen dazu.
Wir wollten ja eigentlich DNA Ringe (15-20 nm) sehen, doch dies war uns leider nicht möglich.

Was war das Problem?
1) Vielleicht lag es daran, dass normalerweise ein Schrittmotor verwendet wird, der sich langsam und fein annähern kann. Das kann man ja auch händisch machen.
Wir verwendeten einen anderen, welcher nur mit Spannung betrieben wird. Wenn man nun eine Richtungsänderung macht, driftet dieser so ab, dass die Kurve irgendwo ist.
2) Vielleicht aber war ja das Problem die Spitze. Sollten wir etwa eine neue verwenden?
3) Oder aber es kam kein konstanter Abstand zwischen Platte und Spitze zusammen!?

Ich erfuhr auch noch einiges über die Amplitude. Hierbei hanelt es sich um Sinuskurven. Wenn man zB einen Wert von 1,180 dastehen hat, bedeutet das, dass die Kurven 1,180 groß sind. Wenn die Amplitude kleiner wird, wird die Kraft größer.

Zum Servo Gain: Dies reagiert wie das Feedback. Je höher die Werte sind, desto schneller reagiert das Feedback-Programm. Der Piezo fährt also weg.
Passiert das ganze allerdings zu schnell, kann es zu starkem Rauschen kommen.

Ich durfte heute auch noch im Chemielabor eine Lösung pipettieren und in flüssigen Wasserstoff werfen. Das war super :)
Ich mag das Chemie-Labor^^

Was ich heute gelernt habe:
Lektion 1: Immer schauen, ob eh keine Moni vor einem steht. Man könnte ja zusammenkrachen.

Bis morgen dann..

Nun geht es weiter. Nach einem enspannenden Wochenende sind wir nun wieder voll im Einsatz- naja, fast!
Es sind nämlich "hochbegabte Jugendliche" an der Uni, die auch wie wir einmal alles inspizieren wollen. Also brauchen sie auch unsere Labore und wir haben nicht so viel Platz wie sonst.
Aber immerhin haben wir heute trotzdem allerhand gemacht:

Wie schon erwähnt durften wir heute zu Philipp in das Chemielabor. Als erstes entgasten wir einmal alles, sprich den Puffer, damit keine Luftblasen entstehen. Dies passierte durch Filtrieren. (Vakuumfiltration) Das wiederholten wir auch noch einmal um sicher zu sein, dass sich keine Luft mehr darin befinet.
Nach diesen kleinen Tätigkeiten ging ich zu Mike ins Büro, er ist mein neuer Betreuer, da ich mit ihm für die nächste Zeit zusammen arbeite. Aber dazu später.

Weiter im Chemielabor:
x BSA zentrifugieren (10 mg/ml)
x Sample wird in den Loop gegeben
x System wird gestartet und somit werde die Proteine über die Säule geschickt.
x Schreiber und Fraktionssammler gestartet

Im Gegensatz zu Gel-Chromatographie:
Bei der Gel-Chromatohraphie kommen die kleinsten Moleküle schneller vorwärts, aber hier bewegen sich die längeren schneller, weil:
Es befinden sich Zwischenräume in der Säule, in die die kurzen Mleküle eindringen können, die langen jedoch nicht und sie flitzen sozusagen direkt vorbei und sind deswegen schneller.

Nun zurück zu Mike (=Michael Leitner).
Er befasst sich gerade mit DNA-Imaging bzw DNA rings und hiermit werde auch ich mich in nächster Zeit befassen. Man schaut im Wesentlichen die Oberfläche von einer DNA und, wobei es sich hier auch in manchen Fällen um Ringe handeln kann.
Heute hatten wir jedoch nicht mehr genug Zeit und somit betrachteten wir die neuen Chips, die Mike bekommen hat unter dem Lichtmikroskop und dem AFM (über die Kamera welche bei den neuen Geräten vorhanden ist)
Wir wollten also wissen, ob sich noch eine Spitze auf dem Chip befindet. Eigntlich sollten ja 2 oben sein, aber eine davon hat sich umgebogen- und das bei jedem Chip. (Insgesamt 8 Chips). Es handelt sich hier nämlich um sehr sehr dünne Cantilever. Diese benutzt man, weil je dünner ein Cantilever ist, desto weniger Rauschen passiert.
Sie sind etwan 100 nm groß. Materialspannungen bestehen und das führt dazu, dass der Cantilever abknickt.


Mike erklärte, dass die Spitzen wahrscheinlich nicht funktionieren würden, da:
x der Cantilever ist zu klein und hat somit natürlich auch zu wenig Fläche, was zu Problemen mit dem Laser führt (man muss den Laser ja auf die Spitze des Cantilevers fokussieren) und es können außerdem leichter Störungen auftreten.
x Man bekommt vielleicht einfach zu wenig Informationen.
x Wenn der Winkelt des Cantilevers zum Chip falsch ist, kann der Cantilever nach unten oder nach oben gebogen sein und das heißt, dass es einfach nicht funktionieren wird.

Ja, das war im Großen und Ganzen mein Tag und ich freue mich schon auf das Arbeiten mit Mike. :)

Wenn das Wetter noch schön bleibt gehen wir alle noch nach der Arbeit grillen :)


Was ich heute gelernt habe:
Lektion 1: Hochbegabte Schüler sind genau wie wir- nur etwas klüger :D
Lektion 2: Immer durch die Glastür schauen, bevor man sie jemanden rauf haut. (Ja, Türen sind nicht meine Freunde:D )
Lektion 3: Nicht so viel Kaffeepulver verwenden ;D

Schönen Tag noch und bis morgen.

Ja da heute Freitag ist und alle nach der ganzen Woche ziemlich ausgepowert waren, war es heute eher gemütlich.
Wir wollten unsere Ergebnisse auswerten, was sich am Anfang aber als etwas schwierig erwies.
Nach einiger Zeit funktionierte das aber auch.

Spring Constant Determination:

Erst einmal ist die Federkonstante zu bestimmen mit der Steigung und der Sensivity im Zusammenhang mit dem Kraft-Abstands-Zyklus.
Jeder Cantilever hat eine eigene Kurve (Volt), also ist indviduell und generell gilt:
je steifer der Cantilever, desto niedriger die Sensitivity.
Dann wird mit Hilfe des Matlab berechnet.
Die echte Federkonstante weicht von der nominellen ab.

Berechnet wird dann durch das Hook'sche Gesetz. Man braucht hier die Federkonstante zur Berechnung der Kraft.

Ja dann durften wir noch beim Frösche-füttern zusehen, was extrem lustig war. Sobald die kleinen Dinger (naja, klein ist relativ :D) das Essen entdeckten wurden sie total aktiv und begannen sich auf das Essen zu stürzen und sich auch darum zu streiten. Manchmal stopften sie sich auch aus lauter Gier zu viel in den Mund und das Fressen blieb nicht drinnen. Das war wirklich witzig an zu sehen.
Das dürfen wir nächste Woche auch no einmal machen und wir freuen uns natürlich schon wieder.
Wenn ich Zeit habe lade ich auch noch Fotos und vielleicht ein kurzes Video von den Fröschen hoch.

Was ich heute gelernt habe:
Lektion 1: Die Motivation am Freitag hält sich wirklich bei allen in Grenzen. (Wir durften auch schon früher gehen heute)
Lektion 2: (von gestern) Vor Felix sollte man nicht über Michael Jackson lästern :D

Bis Montag dann und schönes Wochenende + gute Erholung an alle.

Auch heute durften wir uns wieder sehr körperlich einsetzen im Labor. Gleich am Morgen durften wir die Platten cleaven (= Man bringt die oberste Schicht, oder die oberen Schichten, falls man noch nicht so geübt ist :D herunter und macht somit die Oberfläche so glatt wie möglich).
Als nächstes durften wir auch schon eine heiklere Arbeit machen. Wir durften die Spitzen in Chlorophorm waschen. Dies passierte bei mir natürlich, wie kann es auch anders sein, nicht ohne Probleme. Ein kleiner, unschuldiger Chip wurde kaltherzig von mir ermordet, nein, er ist mir aus der Pinzette gerutscht und halt kaputt gegangen :D Es war aber nicht weiter schlimm, Martina (unsere Betreuerin für vor allem diese Woche) hatte ja schon damit gerechnet und uns 1-2 kaputte Chips gestattet.
Wir trockneten die Spitzen und brachten sie anschließend sicher in einer Petrischale, die mit Parafilm ausgekleidet wurde unter.
Jetzt folgte die gleiche Prozedur wie gestern (siehe Blog vom 08.07.09-Tag 3)

Sehr aufregend war heute der Ausflug ins Chemielabor. Am Anfang der Woche hatten wir uns kurz mit Philipp unterhalten und er fand uns anscheinend ganz nett :D Er bat uns an, eine NMR kennenzulernen. (NMR = Nuclear Magnetic Resonance -> Strukturanalyse eines dargestellten Moleküls)

Außerdem machte er uns noch ein Programm für Montag - ja wir werden am Montag einen weiteren Einblick in die Welt der organischen Chemie bekommen. Obwohl uns auch AFM mittlerweile sehr Spaß macht, ist das wohl eine gelungene Abwechslung. :)
Also, unser Programm:
• Aufreinigung von BSA und Avidin mittels Gelchromatographie (Auftrennung nach Proteingröße), Ziel ist Abtrennung von Proteinaggregaten und Proteindimeren um reine Proteinmonomere zu erhalten

Außerdem bekamen wir einige grundliegende Informationen über das Projekt, an dem Philipp gerade arbeitet:
• Kurze Vorstellung des NABIOS-Projekts (Nanostructured and biofunctionalized Surfaces), Ziel des Projekts ist unter anderem die Generierung von nanometergroßen Rezeptorsspots zum Fangen von Viruspartikeln (Human Rhinovirus serotype 14, gängiger Schnupfenvirus, Hauptverursacher normaler Erkältungen)
• Weiteres Projektziel: Simulation menschlicher Immunabwehr (Erkennung von körperfremden Pathogenen bzw Fremdkörpern, Immunabwer wird nur aktiviert, wenn Pathogen von IgG-Antikörpern vollständig umringt ist)

Am Ende durften wir noch beim Einfüllen von Stickstoff (N) zusehen, was auch sehr spannend war. Genau so viel Rauch wie in der Disco- nur die laute Musik und die Hitze fehlten :D

Ja, das war im Großen und Ganzen der Tag.
Was ich heute gelernt habe:
Lektion 1: Man kann Männer sehr leicht manipulieren. (Danke, Anita :D )
Lektion 2: Man kann nichts erzwingen, oft muss man lange warten.
Lektion 3: Das Leben ist hart, aber ungerecht! (Hier ein Dankeschön an unsere Poeten, Felix :p)

Also, bis dann :)

(Fotos kommen bald, schreibe aber meistens in der Uni den Blog, wo sich das wohl als etwas schwieriger gestaltet.. )

Hallo zurück:
Heute war schon mein dritter Tag an der JKU und es fängt an, immer interessanter zu werden. Ich kenne mich sogar schon am Campus aus und finde ohne Probleme in den TNF Turm ;D
Als ich erneut in die Uni ging heute morgen, dachte ich mir, dass wir heute wieder nur Theorie machen würden aber es kam ganz anders. Gleich um 9:00 entführte uns Felix (er macht hier gerade seine Bachelorarbeit) ins Labor und ließ uns mitarbeiten, wobei er uns natürlich nicht unbeaufsichtigt ließ.

Wir durfte nun folgendes machen:

1) Pinzette, Chip, Platte (= mit Probe, sample) und die sogenannte Flüssigkeitszelle (Ort an dem die Platte während der Benutzung des Mikroskopes gelagert wird - Verwendung in Flüssigkeit ungleich Elektronenmikroskop!) werden gewaschen

2)Flüssigkeitszelle wird mit Puffer angefüllt (Pufferflssigkeit spezieler chemischer Zusammensetzung gewährleistet intakte Proteine) und die Platte hineingelegt

3)Chip wird nun tatsächlich in die Nase eingespannt und ins AFM eingesetzt (auch wir durften das ausprobieren, allerdings mit einem bereits kaputten Chip, sind ja schweineteuer, die Dinger - ebenso die Flüssigkeitszelle (Vorsicht!)

4) Mit dem Laser wird manuell ein scharfer Punkt möglichst an der Spitze eines Cantilever (zwischen den Flanken gesucht)

5) Die Messung kann nach vorsichtiger Annäherung an das sample (nm!) beginnen

Nach dieser spannenden Arbeit widmeten wir uns dem Chemielabor. Hier lernten wir kleinste Mengen an Pulver zu messen und dann machten wir uns wieder aus dem Staub- wir wollten ja die Chemiker nicht nerven und wir bereiteten unsere nächsten Schritte vor:
(was wir nicht wussten: nun folgte unser erster Kontakt mit Chlorophorm, was ja krebserregend ist und man außerdem nicht einatmen darf. Dies machte die ganze Sache noch um einiges spannender)

1)5 mg EGS werden abgewogen und mit ebensovielen ml Chlorophorm (!!) vermengt

2) Pro ml müsen dann noch 40 mykro-l Triethylamin als Katalysator (um eine Reaktion in Gang zu setzen) beigefügt werden.

3) 2 h Inkubationszeit

4) APTES Platten werden zum Waschen 3 x einige Minuten in Chlorophorm gelegt

5) FG-dipep (Proteinlösung) wird im Verhältnis 1:50 mit Pufer gemischt und auf jede APTES-Platte in der Mitte genau ein Tropfen aufgetragen.



Da wir ja 2 Stunden warten mussten (Inkubationszeit), wartete eine annähernd lustige Arbeit auf uns. An der JKU gibt es nämlich Frösche! Diesen wurden Eizellen herausoperiert um die Durchlässigkeit von der Membran zu untersuchen (ihnen passiert dabei nichts, sie sind immer noch gesund und munter).
Die Pumpe war kaputt und so putzten wir sie (wir schauten eher zu, wieder einmal, diesmal war ich aber froh drüber ;D) und wir wechselten auch noch das Wasser. Am Freitag werden wir sie wahrscheinlich füttern - darauf freuen wir uns schon :D

Morgen dürfen wir voraussichtlich richtig mit dem AFM arbeiten. Fast alleine sogar- halt mit Felix im Hintergrund, der uns hilft wenn es etwas zu stressig wird.
Das wird sicher spannend.

Na also ich glaube schön langsam verstehe auch ich das Prinzig vom AFM und wir gesagt, es wird immer interessanter.
Bin gespannt was noch auf mich zukommt und ich will ja auch meine FBA nächstes Jahr über das Praktikum schreiben-mal sehen!


Was ich heute gelernt habe:
Lektion 1: Man spielt nicht mit Pipette, die sich vorher in Chlorophorm befunden haben.
Lektion 2: Auch Kraft-Abstands-Diagramme können durchaus interessant sein, wenn man sich eingehend damit beschäftigt.
Lektion 3: Der Weg zur Mensa ist so lange, dass man total durchnässt dort hinkommt, auch wenn es erst am letzten Fünftel vom Weg anfängt zu regnen. (Regenschirm mitnehmen!)

Haha.
danke und man schreibt sich :*)

ps.: mein Ziel ist es, die Mäuse, die es hier anscheind auch noch gibt zu sehen!
Das Problem: Die sind am Männerklo :D

Guten Tag :D

Gestern hatte ich leider keine Zeit mehr zum Posten, dafür wird das heute nachgeholt.
Also:
Ich mache summer school heuer das erste Mal und habe nun ein Praktikum an der Johannes Kepler Universität. (biophysics institute) Gestern, am 06.07.09 war mein erster Tag und ich war schon höchst gespannt, was wohl auf mich zukommen würde. Als ich dann die Uni betrat und mich sofort verirrte (Ja, ich kann mich sogar in einem Stock verirren, der so klein ist wie ein Zimmer :D ) setzte ich mich zum Tisch zu Simone (der andere Praktikantin) und meinem Betreuer Dr. Andreas Ebner.
5 Minuten später dachte ich mir nur: Versteht sie das? :o

Heute, nach dem zweiten Tag erweist sich die Arbeit aber sogar schon als ein bisschen logisch :D
Im Großen und Ganzen geht es um AFM (=Atomic Force Microscopy).
Diese Methode ist sehr schwer zu erklären und noch schwerer zu verstehen ;D

Der Sinn der Sache ist:
Die Oberfläche von Objekten, deren Größe nicht viel mehr als einige nm beträgt als so genanntes topografisches Bild darzustellen bzw. können mit einer speziellen Technik auch die Auftretenswahrscheinlichkeit und die Bindungskräfte von molekularen Interaktionen gemessen werden. Dies passiert durch die Kraftspektroskopie.

Was ist Kraftspektroskopie?:
Das benötigte Gerät ist klarerweise das AFM. Es besteht aus
x einem Scanner, auf dem sich eine Nase mit einem Chip, dessen Spitze Cantilever genannt wird. (Cantilever = 1-6 Messpitzen, die am Chip angebracht sind)
x Piezo = Eine Art keramischer Kristall, der sich bei Spannung schnell ausdehnt oder zusammenzieht
x Laser
x Fotodiode (4-geteilt, also 4 Abschnitte)

Funktionsweise der Kraftspektroskopie:
Auf den Cantilever wird durch die so genannte Spitzenchemie ein Protein angehängt. Die Probe (= sample) "enthält" ebenfalls Proteine (mache passen durch das Schlüssel-Schloss-Prinzip zusammen). Durch technische Vorgänge bewegt sich die Messspitze mit vorgegebener Geschwindigkeit auf die Probe zu und drückt solange, bis eine vorgegebene Maximalkraft erreicht ist, darauf. Wenn das Protein des Cantilevers mit einem der Probe zusammen passt, bildet sich eine molekulare Interaktion, eine Bindung aus. ( = binding) Sobald sich der Chip wieder nach oben bewegt, kommt es bei einer gewissen Kraftauswirkung zu einer Dissoziation der Bindung. Dieser Vorgang wird in einem "Kraft-Abstands-Zyklus" dargestellt.

Was ich in den letzten 2 Tagen gelernt habe:
Lektion 1: Man sollte links und rechts schaun, bevor man bei einer Tür hinausrennt :D
Lektion 2: Es gibt auch Menschen, die kein Deutsch verstehen, Englisch ist gefragt!
Lektion 3: Man muss erst Theorie machen, danach kommt die Praxis o_O ( Wir dürfen leider erst einmal nur zusehen)

Bis bald :)