Lab diary - Woche 3
16:21 / 30.07.2006
Liebe GEN-AU- Kolleginnen und Kollegen!
Ich schulde euch eine umfassende Beschreibung meines Aufgabengebietes und will dies nun nachholen!
Nächstes Jahr, voraussichtlich im Oktober, wird das Biologiezentrum eine Ausstellung zum Thema „Evolution“ starten. Im Rahmen dieser Ausstellung wird es ein gläsernes Labor geben, in welchem Besucherinnen und Besuchern die Möglichkeit geboten wird, sämtliche Laborgeräte und Arbeitstechniken eines DNA-Labors kennen zu lernen.
Darüber hinaus haben sie die Chance, ihre DNA zu „spenden“ und diese einer Haplogruppe zuordnen zu lassen. Was das genau bedeutet? Dazu muss ich etwas weiter ausschweifen:
Jeder Mensch gehört mütterlicher- als auch väterlicherseits einer bestimmten Haplogruppe an. Eine Haplogruppe ist gewissermaßen eine genetische Großfamilie bzw. Erblinie. Sie zeichnet sich durch eine gewisse Menge genetischer Merkmale aus, nämlich durch Marker.
Da jedoch solche Mutationen im codierenden Bereich der DNA aufgrund des Selektionsdrucks „wegrepariert“ werden, untersucht man nur die (nicht-codierende) mitochondriale DNA als auch die DNA der Y-Chromosomen. Die mitochondriale DNA wird unverändert in der mütterlichen Linie weitervererbt, das Y-Chromosom in der väterlichen.
Da im Laufe der Jahre immer mehr Mutationen zu den bereits vorhandenen hinzukommen, lässt sich eine so genannte „molekulare Uhr“ definieren. Mit dieser Methode, mit dieser Uhr, werden die Verzweigungen des Evolutionsbaumes datiert. Anhand der Zahl von Mutationen zwischen zwei Abstammungslinien (Haplogruppen) lässt sich nämlich der Zeitraum bestimmen, an dem sich die beiden Linien getrennt haben.
Das heißt, dass die Besucherinnen und Besucher selbst aktiv GENealogie betreiben können. (Ich liebe Wortspiele mit „Gen“). ☺
Um diese Ausstellung vorzubereiten, extrahierten wir in der verganGENen Woche (`tschuldigung, ab jetzt keine Wortspiele mehr) unsere DNA mithilfe eines DNA buccal swab extraction kit, vervielfältigten diese mittels PCR und machten daraufhin eine Gel-Elektrophorese. Leider missglückte diese, also machten wir eine „gradient PCR“, das heißt, dass die Proben unter unterschiedlichen Temperaturen vervielfältigt wurden (in der ersten Spalte betrug die Denaturierungs-Temperatur 40°C, in der letzten Spalte 50°C). Bei einer gradient PCR werden also die gleichen Proben verschiedenen Temperaturen ausgesetzt, um festzustellen, bei welcher Temperatur die PCR am besten klappt.
Tatsächlich bekamen wir bei der folgenden Gel-Elektrophorese ein „schönes“ Ergebnis.
Am Donnerstag fuhren wir den Sequencer hoch und sequenzierten die Proben. Martin Pfosser erklärte mir den Umgang mit dem Gerät genau und machte mich mit der Bedienung vertraut. (Und wieder habe ich viel dazugelernt – das ist der Grund, warum der Wert von Praktika unschätzbar hoch ist).
Am Freitag lieferte der Sequencer das Ergebnis, welches es in den folgenden Tagen auszuwerten gilt.
Liebe Grüße und eine schöne nächste Arbeitswoche!
Marlene
Ich schulde euch eine umfassende Beschreibung meines Aufgabengebietes und will dies nun nachholen!
Nächstes Jahr, voraussichtlich im Oktober, wird das Biologiezentrum eine Ausstellung zum Thema „Evolution“ starten. Im Rahmen dieser Ausstellung wird es ein gläsernes Labor geben, in welchem Besucherinnen und Besuchern die Möglichkeit geboten wird, sämtliche Laborgeräte und Arbeitstechniken eines DNA-Labors kennen zu lernen.
Darüber hinaus haben sie die Chance, ihre DNA zu „spenden“ und diese einer Haplogruppe zuordnen zu lassen. Was das genau bedeutet? Dazu muss ich etwas weiter ausschweifen:
Jeder Mensch gehört mütterlicher- als auch väterlicherseits einer bestimmten Haplogruppe an. Eine Haplogruppe ist gewissermaßen eine genetische Großfamilie bzw. Erblinie. Sie zeichnet sich durch eine gewisse Menge genetischer Merkmale aus, nämlich durch Marker.
Da jedoch solche Mutationen im codierenden Bereich der DNA aufgrund des Selektionsdrucks „wegrepariert“ werden, untersucht man nur die (nicht-codierende) mitochondriale DNA als auch die DNA der Y-Chromosomen. Die mitochondriale DNA wird unverändert in der mütterlichen Linie weitervererbt, das Y-Chromosom in der väterlichen.
Da im Laufe der Jahre immer mehr Mutationen zu den bereits vorhandenen hinzukommen, lässt sich eine so genannte „molekulare Uhr“ definieren. Mit dieser Methode, mit dieser Uhr, werden die Verzweigungen des Evolutionsbaumes datiert. Anhand der Zahl von Mutationen zwischen zwei Abstammungslinien (Haplogruppen) lässt sich nämlich der Zeitraum bestimmen, an dem sich die beiden Linien getrennt haben.
Das heißt, dass die Besucherinnen und Besucher selbst aktiv GENealogie betreiben können. (Ich liebe Wortspiele mit „Gen“). ☺
Um diese Ausstellung vorzubereiten, extrahierten wir in der verganGENen Woche (`tschuldigung, ab jetzt keine Wortspiele mehr) unsere DNA mithilfe eines DNA buccal swab extraction kit, vervielfältigten diese mittels PCR und machten daraufhin eine Gel-Elektrophorese. Leider missglückte diese, also machten wir eine „gradient PCR“, das heißt, dass die Proben unter unterschiedlichen Temperaturen vervielfältigt wurden (in der ersten Spalte betrug die Denaturierungs-Temperatur 40°C, in der letzten Spalte 50°C). Bei einer gradient PCR werden also die gleichen Proben verschiedenen Temperaturen ausgesetzt, um festzustellen, bei welcher Temperatur die PCR am besten klappt.
Tatsächlich bekamen wir bei der folgenden Gel-Elektrophorese ein „schönes“ Ergebnis.
Am Donnerstag fuhren wir den Sequencer hoch und sequenzierten die Proben. Martin Pfosser erklärte mir den Umgang mit dem Gerät genau und machte mich mit der Bedienung vertraut. (Und wieder habe ich viel dazugelernt – das ist der Grund, warum der Wert von Praktika unschätzbar hoch ist).
Am Freitag lieferte der Sequencer das Ergebnis, welches es in den folgenden Tagen auszuwerten gilt.
Liebe Grüße und eine schöne nächste Arbeitswoche!
Marlene
