Martin's Blog

Ab dem 7. Tag wurde ich direkt in ein Forschungsprojekt integriert.

Im Rahmen der LURIC-Studie (Ludwigshafen Risk and Cardiovascular Health Study) hatte ich die Aufgabe die auftretenden Häufigkeiten von vier SNPs (Single Nukleotid Polymorphismen) des sog. SELP-Gens, dem in Publikationen ein Zusammenhang mit kardiovaskulären Erkrankungen nachgesagt wird, bei rund 3400 verschiedener DNA-Proben zu untersuchen. Dank der, auch etwas teuren, Taqman-Methode war es möglich diese Aufgabe innerhalb von 14 Tagen gänzlich zu erfüllen.
In weiterer Folge werden dann die Ergebnisse mit den Patientendaten der "Besitzer" der untersuchten DNA-Proben verglichen und möglicherweise Korrelationen zwischen den SNPs und (kardiovaskulären) Krankheiten erkannt.

LURIC-Studie:
http://www.luric.de/

SNPs:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/About/primer/snps.html

SELP-Gen:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/dispomim.cgi?id=173610


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Da habe ich aber eine "kleine" Lücke aufkommen lassen: nur 18 Arbeitstage :)

Hier das Praktikum im Schnelldurchlauf:

3.-5. Tag:
Die am Vortag isolierten Proben wurden mit Hilfe der Taqman-Methode auf vier verschiedene Risikofaktoren für Herz-Kreislauferkrankungen (Faktor V, Faktor II, MTHFR und DPYD) getestet. Diese Methode arbeitet mit einer fluoreszierenden (Reporter) und einer Reporter-hemmenden Sonde (Quencher), die sich während der Annealing-Phase der PCR zwischen den beiden Primern anlagern. Es sind zwei Arten von Reporter-Molekülen vorhanden, die einen unterschiedlichen Farbstoff "tragen". Nur einer der beiden bindet genau an die Stelle des Polymorphismus bzw. des wildtypen Nukleotids. Wenn jetzt durch die Polymerase der Einzelstrang komplementiert wird, so spaltet sich der Reporter ab, trennt sich vom Quencher und kann so seine spezifische Fluoreszenz erzeugen.
Nach Abschluss der Taqman-PCR können die Fluoreszenzen der einzelnen Proben mit Hilfe eines eigenen Programms ("Fluostar") gemessen werden.

6. Tag:
Diesen Tag verbrachte ich an einer, in Kooperation stehenden, Abteilung der Kinderklinik, wo Routinetests für Patienten, bei denen der Verdacht auf einen Risikofaktor oder Ähnlichem herrscht, durchgeführt werden.
Tätigkeiten: -DNA Isolierung mit Hilfe von Magna Pure, ein Gerät, bei der Isolierungen automatisiert ablaufen
-DNA-Proben auf Cytomegalie-Virus getestet

Taqman-Methode:
http://www.core-facility.uni-freiburg.de/lc480/lc480obj/sdsman

Faktor V Leiden:
http://www.labor-renner.at/f5-info.html

Faktor II-Mutation:
http://www.labor-leipzig.de/Faktor_II-_Prothromb.122.0.html

DPYD-Mutation:
http://www.labor-renner.at/dpyd-info.html

MTHFR (Risikofaktor):
http://www.labor-renner.at/mthfr-info.html



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Heute habe ich unter Anleitung meiner Betreuerin eine DNA-Isolierung durchgeführt.
Vor der eigentlichen Arbeit sind wir die Vorgänge innerhalb der Zelle durchgegangen, die während des Prozesses ablaufen: Dabei wird mit Hilfe von Enzymen die Zelle aufgebrochen und die DNA "gewaschen". Das heißt, dass alle übrigen Zellteile von der DNA getrennt und anschließend entsorgt werden.
Da auf dieser Plattform die genauen Arbeitsschritte, die meiner Meinung nach einem Kochrezept ähneln würden, sicher schon oft beschrieben wurde, lasse ich sie an dieser Stelle weg.


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Der heutige erste Tag am ZMF wurde hauptsächlich zum Kennenlernen und Vertraut werden genutzt:
Zuerst mussten einige organisatorische Dinge erledigt werden (Chipkarte und Labormantel beschaffen, Unterschriften einholen etc.)
Danach wurden mir kurz die Grundzüge des Forschungsprojektes erklärt und einige Unterlagen zur allgemeinen Genetik sowie zu einigen Mutationen und Risikofaktoren ausgehändigt.
Außerdem zeigte mir meine Betreuerin vor, wie man richtig pipettiert und anschließend konnte ich selbst mit Wasser üben, bis ich das Gefühl hatte ziemlich sicher im Umgang mit den einzelnen Pipetten zu sein.


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Vom 4. bis zum 29. August 2008 absolviere ich im Rahmen der GEN-AU SummerSchool ein Praktikum am Zentrum für medizinische Grundlagenforschung (ZMF) in Graz. Genauer gesagt arbeite ich dort im Laborbereich Genetik des klinischen Instituts für med. und chem. Labordiagnostik. Leiter dieser Arbeitsgruppe ist Dr. Wilfried Renner und betreut werde ich von Mag. Martina Stipacek.

Natürlich werde ich versuchen, diese vier Wochen bestmöglich zu nutzen und wichtige Erfahrungen zu sammeln!

Links:

http://www.meduni-graz.at/zmf/

http://www.meduni-graz.at/labordiagnostik/


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