Jaaaaa...heut war einer von diesen blöden Tagen, wo man überhaupt keine Lust hat, und dann funktionniert auch nix -.- puhhh ich war ganz schön genervt.

Was haben wir denn so gemacht: Ja wir haben weiter mit den Trees gearbeitet und haben anschließend Sequenzen für Montag vorbereitet. In einer PowerPoint Präsentation haben wir dann noch dier verschiedenen Darstellungsformen dieser Sequenzen zusammengefasst und...ja das wars dann mal an wichtigen Sachen.

Heute wär noch eine BeerHour aber ich kann leider nicht hingehen. Schade eigentlich.

Die Voraussage für Montag: Es geht ab ins Labor zu Bob! Ich hoff ich stell mich da nicht auch an wie der erste Mensch-.-

Da wir gestern viele theoretische Dinge gemacht haben, hat uns Minh in unserer "Talking Time" mal etwas praktischeres gezeigt, nämlich wie man in der Shell Sequenzen extrahieren kann...ich hab das auch mal selber versucht, war eine mittelschwere Katastrophe.Ok, so schlimm war es auch nicht, ich hab nur einen Befehl falsch gemacht. HUy hat uns dann auch noch etwas über seine Arbeit erzählt und Ricardo hat uns dann auch noch einmal die Shell und die Perl erklärt...Ricardo ist witzig^^

Schließlich habe ich phy Datein von Alignments in fasta Datein umgewandelt und gefaltet, um sie später miteinander zu vergleichen wuhu das hat sogar funktioniert. Die ctFiles habe ich auch runtergeladen und Dominik hat noch Trees gemacht.

Heute haben wir wie versprochen Phylogenie näher kennen gelernt. Anfangs war natürlich wieder unsere "Talking Time", aber uns wurde dabei schon viel über Phylogenie erzählt.

Nach dem MIttagessen haben wir wieder etliche Arbeitsaufträge bekommen, und zwar mussten wir mit RNAmovies arbeiten und ein kleines Movie erstellen. Dazu mussten wir unsere Fasta-Datein in der Shell zu RNAsubfolds umarbeiten...anfangs ganz schön kompliziert, aber wenn man dann mal durchblickt, gar nicht mehr so schwer.

Danach haben wir Tanja unsere Ergebnisse von gestern und heute präsentiert und sie hat uns erzählt an was sie noch so arbeitet (Phylogenie!)

Schlussendlich haben wir uns dann noch Genetische Bäume heruntergeladen...und fertig^^

Wir haben uns heute wieder um 10 Uhr getroffen. Da wir gestern bereits angefragt haben, ob uns die Mitglieder etwas über ihre Arbeit erzählen können, haben sich schon viele gemeldet. Wir durften als erstes mit Michael reden, der sich mit Population und Artenbildung beschäftigt. Sascha hat uns erklärt, wie er eine Stammbaum über die Tierwelt erstellt, was ganz schön kompliziert ist, da man viele Daten vergleichen muss und immer wieder neue Differenzen und Gemeinsamkeiten gefunden werden.

Nach der Mittagspause haben wir gleich einen großen Arbeitsauftrag bekommen: WIr mussten uns 4 Sequenzen aus den Alignments der Archea (Urbakterien) aussuchen und alle Darstellungsformen im RNAfold ausarbeiten, sowie unterschiedliche Einstellungen ausprobieren (Temperatur, Parameter). Wenn man sich die Darstellungen ansieht, merkt man, dass sich die RNA durch die Temperatur stark verändern kann...ich habe Temperaturen wie 3, 33 und 99 ausprobiert, da waren die Unterschiede natürlich gravierender als wenn man nur um 1 springt.

Das gleiche haben wir dann bei anderen WebServern wie mFold und Daimi ausprobiert und die Ergebnisse miteinander verglichen. Weiters haben wir noch andere Server im Internet gesucht.

Schließlich habe ich mir noch das Programm RNAmovie näher angesehen. Aber das wird uns morgen sowieso näher erklärt.

Die weitere Vorhersage für morgen: Phylogenie...bin mal gespannt was das ist! Außerdem haben sich Steffen, Minh Anh und Heiko für uns Zeit genommen, um uns ihre Arbeit zu erklären. Also...ich kann gespannt sein auf morgen!

Heute war mein erster Tag beim CIBIV! Ich war ziemlich sprachlos, da ich mich nicht gut ausgekannt habe, während mein Partner sich schon sehr gut ausgekannt hat....aber ich werd das schon aufholen! Tanja hat sich Zeit genommen und mir einen kleinen Überblick über unser Thema gegeben und sie hat mir wichtighe Begriffe erklärt (Basen der DNA und RNA, Unterschiede). Unser Thema ist übrigens "RNA"!

Wir durften mit den Pc Programmen experimentieren, was sehr interessant war. Wir haben verschiedene Darstellungsarten (zB: Dotplot) kennen gelernt und diese auch angewendet. Wir haben sogar ein RNAmovie erstellt, das ist eine Animation von RNA, die sich in einer Flüssigkeit bewegt. Wir haben 5S RNA bearbeitet und haben von verschiedenen Sequenzen Sekundärstrukturen erstellt. Ist gar nicht so schwer, wie es sich anhört! Weiters haben wir die 3 Domänen , in die alle zellulären Lebewesen eingeteilt werden, behandelt (Archaea, Eubacteria, Eucaryota).

Und, Überraschung! GoTv war da! Eigentlich wär das erst morgen dran gewesen, aber wir haben unser Bestes gegeben.

Wir haben auch Bob im Labor besucht, da wir nächste Woche bei ihm arbeiten werden. Außerdem haben wir uns zum Abschluss noch einen Beitrag über Split Diversity (SD) angehört.

Wir müssen noch extra ein Tagebuch schreiben, was uns aber sicher bei unserem Abschlussbericht helfen wird.
Insgesamt hat mir der Tag sehr gut gefallen und ich freue mich schon auf morgen!