Jetzt ist es so weit: Das ist mein letzter Blogeintrag. Heute war der mit Abstand kürzeste Tag meines Praktikums. Dementsprechend kurz wird auch mein Eintrag werden.
Wie die letzten Tage waren wir heute wieder bei Helga. Katharina und ich haben noch ein paar Paraffinschnitte gemacht und einen Mausquerschnitt im Mikroskop betrachtet.
Nach rund 2,5 Stunden Arbeit war der Arbeitstag für uns auch schon fast wieder zu Ende. Nach einem guten Mittagessen in der Angestelltenkantine machten wir uns auf den Weg ins Wochenende.
An dieser Stelle möchte ich mich bei allen Mitarbeitern des Pathologischen Instituts des AKH bedanken. Sie haben stets ihr Bestes gegeben, um uns die zum Teil sehr komplizierten Vorgänge und Methoden moderner Krebsforschung näherzubringen.
Vor allem Melanie, Martina und Helga haben sehr viel Ihrer Zeit investiert, um uns einen möglichst guten Einblick in den täglichen Laboralltag zu geben.
Alles in allem waren die 3 Wochen eine perfekte Möglichkeit für mich, den Laboralltag eines Forschungslabors kennenzulernen!

Am vorletzten Tag meines Praktikums habe ich gemeinsam mit Helga Nierenpräparate im Transmissionselektronenmikroskop angeschaut. Dann haben wir einige Bilder gemacht. Die Negative mussten wir im Anschluss in der Dunkelkammer herstellen. Morgen wird die Fotografin des Instituts die Bilder entwickeln.
Eigentlich könnte ich jetzt noch einiges mehr schreiben aber sonst haben wir heute nichts gemacht, was ich nicht in einem meiner früheren Einträge erläutert hat.
Ich frage mich gerade, ob es irgendjemanden gibt, der bis jetzt alle meine Beiträge gelesen hat bzw. ob überhaupt irgendwer meinen Blog liest. Wie auch immer ändert das nichts an der Tatsache, dass ich mit meinem Bericht für heute schon am Ende angelangt bin.
Achja...der Blog hat auch eine Kommentarfunktion ;-)

Heute war ich wegen des krankheitsbedingten Ausfalls von Katharina wieder der einzige Praktikant am Institut.
So wie gestern begleitete ich heute wieder Helga. Wer den gestrigen Beitrag auch gelesen hat, weiß, dass wir Gewebeschnitte eingefärbt haben. Diese durfte ich heute in verschiedenen Mikroskopen betrachten und Helga erklärte mir, wie man das Sichtbare nun deuten kann. Fast alle Mikroskope am Institut sind an einen Computer angeschlossen und liefern das Bild zusätzlich auch zum PC. Dort kann es mit spezieller Software bearbeitet und gespeichert werden. Damit ihr einen kleinen Eindruck bekommt, wie so etwas aussieht, habe ich für euch ein paar Bilder hochgeladen, welche im Album „Bilder“ zu betrachten sind.
Im Anschluss mischte ich noch einen Puffer. Nach genauem Abwiegen und Lösung diverser Chemikalien in Wasser musste ich den ph-Wert mit Hilfe von verdünnter Natronlauge auf 7,4 bringen. 7,4 deshalb, weil dieser ph-Wert ident mit dem des menschlichen Blutes ist und daher für sehr viele Zellen optimal ist.
Auch heute gab es wieder einige andere kleinere Aufgaben für mich. Diese genauer zu erklären erspare ich euch ...
Ich hoffe Katharina geht es bald besser, damit wir wenigstens den letzten Tag als Team meistern können.
Danke für’s Lesen!

Auch heute begann mein Arbeitstag wieder um 9 Uhr. Von Anfang an begleiteten wir Helga, eine biomedizinische Analytikerin, bei ihrer Arbeit. Gleich vorweg noch etwas Theorie: Wenn man dünne Schnitte von Gewebe im Mikroskop betrachten will, so muss man es einbetten. In den meisten Fällen wird das Gewebe in Kunstharz oder Paraffin eingebettet, damit es dann in sehr dünne Scheiben geschnitten werden kann.
Thema des heutigen Tages war die Färbung von Paraffinschnitten. Dafür ist es notwendig, das Paraffin vollständig vom Gewebe zu lösen, sodass sich dann nur mehr das Gewebe auf dem Objektträger befindet. Dies geschieht mit Xylol und einer aufsteigenden Alkoholreihe.
Ist nun das Paraffin vollständig entfernt, werden die gewünschten Gewebearten mit Antikörpern und speziellen Farbstoffen sichtbar gemacht. Im letzten Arbeitsschritt wird auf das Gewebe ein dünnes Glasblättchen gelegt, um es vor äußeren Einflüssen zu schützen.
Das hört sich auf den ersten Blick vielleicht nicht sehr spannend an und ich muss euch leider sagen: Das war es auch nicht! Bei dem oben beschriebenen Vorgang muss man sehr oft teilweise bis zu einer Stunde warten. Diese Zeit versuchten wir trotzdem so gut wie möglich zu nutzen und konnten anderen Teammitgliedern bei uns schon gut bekannten Routinetätigkeiten helfen.

Nach einer Woche Pause begann heute für mich die letzte Arbeitswoche. Katharina und ich lernten heute erst mal unseren eigentlichen Betreuer Dr. Lukas Kenner kennen, da dieser die letzten Wochen im Urlaub war. Er hat mir heute gesagt, dass ich diese Woche noch jenen Teil des Pathologischen Instituts anschauen darf, in dem die menschlichen Leichen aufbewahrt und seziert werden. Ich bin schon sehr gespannt, was mich dort erwarten wird.
Zurück zum heutigen Tag. Heute gibt es nicht sehr viel Spanendes zu berichten. Wir haben einer Studentin geholfen, Chromatin aus Gewebe, welches in Paraffin eingebettet ist, zu gewinnen. Zum Abschluss haben wir noch ein Agerosegel gegossen und mit DNA gefüllt. Da ich, vor allem letzte Woche, schon sehr viele solcher Gele hergestellt habe, war das keine schwere Aufgabe für uns.
Ich hoffe, der morgige Tag wird etwas spannender als heute. Dann kommt auch wieder ein längerer Blogeintrag...

Am letzten Praktikumstag war ich wieder wie angekündigt in einem anderen Team. Dort haben wir IgG Antikörper aus Blutserum eines Patienten gewonnen. Während den Wartepausen hab ich wieder mein "Stammteam" unterstützt. Dort habe ich ein Agerose Gel vorbereitet. In dieses Gel habe ich dann das Ergebnis der PCR pipettiert.
2 Wochen vergehen schneller als man denkt. Obwohl oder vll. gerade weil ich diese Woche ohne meine Mitpraktikantin Katharina gearbeitet habe, war die Woche wieder eine große Herausforderung aber auch eine tolle Erfahrung. Jetzt habe ich eine Woche frei. Während dieser Zeit wird Katharina alleine dort sein.
Danke an alle die meine Beiträge gelesen haben. In einer Woche gibts wieder Nachschub!

Heute war ein sehr gemütlicher Arbeitstag. Zu Beginn habe ich die Membranen für den Westernblot vorbereitet. Eine genauere Beschreibung des Westernblots findest du in meinem Eintrag vom 3. Tag.
Dann sind 2 Vertreter eine Firma zu uns gekommen, welche eine neuartige Maschine zur Auswertung von Membranen und Gelen vorgestellt haben. Im Laufe dieser Vorstellung wurden die von mir vorbereiteten Membranen analysiert.
Nach dem Mittagessen bin ich mit Melanie in den Mäusestall gegangen, um die Tiere visuell auf Krebs zu untersuchen. Heute erfreuten sich alle Mäuse bester Gesundheit also musste auch keine getötet werden.
Zum Schluss habe ich eine PCR für die DNA einiger Mäuse vorbereitet.
Morgen werde ich, wie gestern bereits angekündigt, wieder in einem anderen Team arbeiten. Dort werden wir da fortsetzen, wo wir am Mittwoch aufgehört haben.

Wie ich gestern schon geschrieben habe, war ich heute in einem anderen Team. Natürlich war das eine große Umstellung für mich, weil das neue Team sich mit ganz anderen Dingen beschäftigt. Das Wissen, welches ich mir die letzten Tage angeeignet habe, war heute nicht sehr nützlich, da nahezu alle Methoden völlig neu für mich waren.
Um es auf den Punkt zu bringen: Die Aufgabe des heutigen Tages war die Gewinnung von IgG-Antikörper aus menschlichem Blutplasma. Diese werden von speziellen weißen Blutkörperchen produziert.
Als Erstes mussten wir die Proteine von dem Plasma trennen. Dies macht man, indem man das Plasma mit gesättigter Ammoniumsulfat Lösung mischt. Dadurch fallen die Proteine aus. Durch starkes Zentrifugieren bildete sich ein weißes Pellet. Das Plasma wurde abgegossen und das Pellet in einer Pufferlösung aufgelöst.
Im nächsten Schritt füllten wir die Lösung in einen sogenannten Dialyseschlauch. Dieser hat sehr kleine Poren durch die Substanzen, welche klein genug sind, diffundieren können. Die Antikörper sind zu groß und bleiben daher im Schlauch zurück.
Das war unsere Arbeit des heutigen Tages. Die nächsten Schritte können erst am Freitag durchgeführt werden, weil die Lösung sehr lange im Pufferschlauch bleiben muss. Am Freitag werde ich dann die restlichen Arbeitsschritte beschreiben. Wie immer gilt: Für Fragen, Wünsche oder sonstige Belange: Einfach eine Mail an Michael.Leitzenberger@gmail.com. Danke fürs Lesen!

Ich merke von Tag zu Tag, dass ich mich immer besser in den Laboralltag einlebe. Auch heute durfte ich, genauso wie gestern, schon sehr selbstständig arbeiten. Ich freue mich, dass mir mein Team so viel Vertrauen ausspricht.

Die DNA, welche ich gestern aus kleinen Hautstücken von Mäusen isoliert habe, wurde heute von mir für die PCR vorbereitet. Wie ich die letzten Tage schon geschrieben habe, wird hierbei eine bestimmte DNA-Sequenz vervielfältigt. Letzten Endes wollten wir nachweisen, ob sich ein spezielles Gen im Genom der Mäuse befindet. Falls sich das gesuchte Gen nicht im Erbgut einer Maus befindet, kann natürlich dieses Gen auch nicht vervielfältigt werden. Zu dem Zeitpunkt wusste ich aber nicht, welche Proben das gesuchte Gen enthalten. Das erfuhr ich erst nach der Gel-Elektrophorese. Hier wurden die DNA-Sequenzen nach ihrer Größe sortiert. Das benötigte Gel habe ich heute selber hergestellt. Falls sich im Genom der Maus das Gen befindet, es daher also auch vervielfältigt worden ist, sieht man nach der Elektrophorese unter UV-Licht einen Hellen Balken. Für alle Interessierten: Unter „Bilder“ habe ich ein Foto einer anderen Gelelektrophorese hochgeladen, wo man die hellen Balken sehr gut erkennen kann.
Von den 5 Mäusen, welche ich mir angeschaut habe, hatte lediglich eine das gesuchte Gen.
Morgen darf ich in einer anderen Gruppe arbeiten. Ich bin schon sehr gespannt, was mich morgen erwartet...

Nach einem aufregenden Wochenende war heute wieder ein spannender Praktikumstag. Katharina ist die ganze Woche auf Urlaub, also bin ich die die 5 Tage der einzige gen-au Praktikant am Institut.
Heute merkte ich sehr deutlich, dass ich schön langsam ein Teil vom Team werde. Nach den ersten 5 Tagen sind mir die wichtigsten Arbeitsschritte und Methoden schon recht gut bekannt. So habe ich heute ein Agerose-Gel für die Gelelektrophorese gießen dürfen. Mit dieser Methode werden DNA-Stränge nach der Größe sortiert, um sie näher zu bestimmen.
Im Anschluss daran isolierte ich die DNA aus der Haut von Mäusen. Anfangs war es sehr ungewohnt ganz ohne Betreuer im Labor zu arbeiten und daher war die Angst etwas falsch zu machen dementsprechend groß. Aber meine anfänglichen Befürchtungen haben sich nicht bestätigt und es hat alles gut funktioniert.
Den Rest des Tages habe ich diverse Kleinigkeiten erledigt mir einen kleinen Überblick über die Arbeit anderer Teams am Institut gemacht...

Wie jeden Tag kommt auch heute wieder ein kleiner Eintrag. Weil Katharina zum Glück wieder gesund ist, war sie heute wieder mit im Team. Genauso wie gestern durften wir wieder mit Melanie arbeiten.
Die erste Beschäftigung des heutigen Tages war die Fertigstellung des Tests, welche Mäuse das Cre-Gen haben und welche nicht. Da ich gestern anscheinend sauber gearbeitet habe, ist der Test gelungen. Rund die Häfte aller getesteten Mäuse hatten das gesuchte Gen. Dies ist nicht weiter verwunderlich, da sich unsere Ergebnisse fast genau mit der Mendelschen Vererbungsregel decken.
Nachdem der Test erfolgreich verlaufen ist und die Ergebnisse festgehalten wurden, mussten wir bei all jenen Mäusen, welche das Cre-Gen haben, einen weiteren Nachweis eines anderen Gens machen. Genauso wie gestern werden wir die Ergebnisse erst am nächsten Tag erfahren.
Im Anschluss besuchten wir die Räume, in denen unsere Versuchsmäuse gezüchtet werden. Dort herrschen extreme Hygienevorschriften. Wir mussten uns 2 mal bis auf die Unterwäsche ausziehen und uns jeweils frisches Gewand anziehen. Danach mussten wir noch Mundschutz, Haarnetz und Handschuhe anziehen, bevor wir die Tiere zu Gesicht bekamen.
Eine Maus hatte leider einen großen Tumor wurde daher getötet, um sie anschließend sezieren zu lönnen. Die Organe wurden zur Haltbarmachung für weitere Tests in flüssigem Stickstoff eingefroren. Aus dem Tumor entnahmen wir Zellen, welche in einer Flasche mit Nährlösung angesetzt wurden, um sie weiter zu züchten.
Nach einer sehr interessanten aber doch auch recht anstrengenden Woche freu ich mich schon auf das Wochenende...

Katharina war heute leider krankheitsbedingt nicht mit im Team. Ich hoffe sie wird uns morgen wieder unterstützen können.
Heute habe ich Melanie bei den Tests für ihre Doktorarbeit geholfen.
Sie untersucht die Auswirkung von verschiedenen Genen auf die Krebsbildung. Dazu muss sie einige Gene einer Maus ausschalten. Dies macht man mit dem dem Enzym Cre. Cre ist ein Enzym, welches eine DNA-Sequenz aus der DNA „herausschneidet“. Die geschieht natürlich nicht willkürlich, sondern nach einem speziellen Prinzip. Es wird nur die DNA-Sequenz entfernt, die mit der Erkennungssequenz Lox markiert sind.
Nun benötigt man 2 Mäuse. Eine Maus muss das Cre-Gen besitzen, die andere muss die speziellen Erkennungssequenzen bei dem Gen haben, welches nicht mehr vorhanden sein soll. Paaren sich nun die 2 Mäuse, entstehen unter anderem Mäuse, die sowohl Cre als auch die Markierungssequenzen haben. Da das Enzym Cre nun die markierte Sequenz herausschneidenkann, ist sie folglich in der Maus nicht mehr vorhanden. Anhand von diesen Tieren kann man dann beobachten, wie sich das Fehlen auf die Krebsbildung auswirkt.
Heute haben wir die DNA aus Hautzellen der Versuchsmäuse gewonnen und dann herausgefunden, welche Mäuse das Cre-Gen haben und welche nicht. Bei rund 20 verschiedenen Mäusen, die zu testen waren, war der Aufwand dementsprechend groß. Das Ergebnis des Tests werden wir erst morgen erfahren, weil einer der letzten Arbeitsschritte erst über Nacht fertig wird.
Für Fragen stehe ich, wie schon in meinem ersten Beitrag erwähnt, gerne zur Verfügung.

Der heutige Tag ging um 9 Uhr los. Wir trafen gleich in der Früh unseren heutigen Betreuer Benedikt. Nach einer kurzen allgemeinen Einführung in die Materie begannen wir schon mit der Arbeit. Die wichtigste Aufgabe des heutigen Tages war der Western Blot.
Der Western Blot ist die Übertragung von Proteinen von einem speziellen Gel auf eine Trägermembran. Bevor die Proteine übertragen werden können, müssen sie in der sogenannten Gel-Elektrophorese getrennt werden. Dabei wird das Gel samt der Proteine unter Strom gesetzt. Dadurch wandern die Proteine je nach ihrer Größe unterschiedlich weit nach unten.
Ist dieser Vorgang erledigt, bringt man die geordneten Proteine wieder mittels Strom auf die Trägermembran. Dann macht man die gewünschten Proteine mittels spezifischen Antikörpern sichtbar und kann die Ergebnisse auswerten.
In einer Wartepause haben wir jeweils eine Zellkultur gereinigt und gespalten. Außerdem froren wir einen Teil der Zellen zur Lagerung bei -80 °C ein.
Bei so viel Programm blieb uns heute leider keine Zeit die Ergebnisse von gestern zu betrachten. Ich bin mir aber sicher, dass wir das morgen nachholen können…

Falls ihr jetzt den gestern angekündigten Bericht über DNA-Polymerase und die Polymerase-Kettenreaktion (PCR) erwartet muss ich euch leider enttäuschen, weil unser heutiger Betreuer Sigard Krieger aus aktuellem Anlass eine neue Aufgabe für uns gefunden hat.
Nach einem kurzen Theorie Crashkurs machten wir uns schon an die Arbeit. Unter genauer Beobachtung von Herrn Sigard Krieger stellten wir Plasmide her. Diese benötigt man um DNA-Sequenzen in fremde Zellen einzuschleusen und dadurch deren Funktion zu verändern. Nachdem wir die soeben hergestellten Plasmide mit unserer Zellkultur vermischt haben, war diese Arbeit für heute erledigt, weil die Zellen bis morgen Zeit brauchen, um die DNA-Sequenzen aus den Plasmiden aufzunehmen und wieder am Boden festzuwachsen.
Danach folge ein Exkurs in die chemische Mathematik. Für einen anderen Versuch mussten wir die Menge der Flüssigkeit berechnen, mit man eine Lösung verdünnen muss, um auf eine gegebene Konzentration zu kommen. Weil die Zellen bis morgen Zeit brauchen, war für Katharina und mich heute schon um halb 1 Dienstschluss.
Obwohl der Arbeitstag heute nur fast halb so lange wie gestern war, habe ich das Gefühl, wieder unglaublich viel Neues gelernt und erlebt zu haben. Ich kann es kaum erwarten, morgen die Resultate unsere Arbeit zu betrachten...