Hi Leute!

Der letzte Tag war ziemlich locker.
Am Vormittag habe ich ziemlich erfolgreich am Parser weitergearbeitet bis uns Peter dann alle nach oben in den fünften Stock auf ein Glas Sekt einlud. Er hatte seine Diplomprüfung geschafft. Es war witzig sich mit den Mitarbeitern zu unterhalten. Danach sind Alexander und ich ein letzes Mal Döner essen gegangen. Ich liebe grazer Döner!
Nachmittags ging es dann ziemlich produktiv mit Java weiter. Jedoch gab es immer wieder andere Fehlermeldungen und als der JUnitTest am Ende schließlich grün war, war ich sehr erfreut und erleichtert :-)
Der Parser kann das neue Dateiformat nun richtig einlesen. Allerdings hatte ich noch nicht Zeit, mich dem additional file zu widmen. Beim Einlesen dessen gibt es noch ein paar kleine Fehler.
Das ist aber nicht mehr meine Aufgabe.

Heute Abend wird mit den meisten von hier noch gefeiert (Diplomarbeit und vielleicht auch, dass Alexander und ich weg sind...) und dann gehts morgen früh ab in die Heimat :D

Ich muss sagen, dass mir das Praktikum hier an der TU Graz sehr gut gefallen hat, allerdings werde ich mich hier nochmal melden,
euer
Moritz

Hi!

Heute habe ich mich noch ein bisschen mit dem Parser beschäftigt. Das Auslesen funktioniert noch immer nicht so ganz. Stephan und Maria waren nochmal da und haben mir gesagt was genau und wie in etwa ich auslesen soll. Probieren und probieren...
Michl hat uns wieder einige witzige und interessante Geschichten über seine Chinareise erzählt und zu Mittag waren Alexander und ich zur Abwechslung mal wieder Döner essen :D

Morgen hoffe ich, werde ich die Klasse fertig schreiben.
Also bis dann,
euer Moritz

Hi!

Heute Mittag gab es wieder Social Lunch hier im Institut. Diesmal war der Leiter des Instituts, Zlatko Trajanoski, an der Reihe. Es gab selber gemachtes persisches Essen, wow war das lecker! Vermutlich deshalb waren wir auch ca. 20 Personen.
Vormittags hatte ich mich weiter mit dem Parsers beschäftigt. Nach dem Essen blieben Stephan und Maria noch kurz da, um ein Paar Fragen meinerseits zu beantworten und ein paar Dinge bezüglich meiner Aufgabe zu (er)klären. So konnte ich gut weiterarbeiten und am Nachmittag hat Michi Alexander und mich noch 'runter in die Zellkultur geführt und uns einige sehr interessante Dinge gezeigt und erklärt. Es hat mich wieder beeindruckt, wie gut er unsere Fragen beantworten konnte! Ich habe viele Fotos gemacht, von denen ich morgen noch ein paar online stellen werde.
Dieses Foto hat Michi mit der Kamera auf dem Mikroskop gemacht. Man sieht humane Stammzellen die bereits zu Adipozyten (Fettzellen) differenziert sind. Im Zentrum ist eine solche gut zu erkennen. Die Bläschen sind Fett. Höchstwahrscheinlich ist der kleine Bereich innerhalb der Zelle ohne Fett der Zellkern.



Das wars von mir, nach einem sehr interessanten Tag.
Morgen gibts mehr,
euer Moritz

Hey!

Ich habe heute wieder einiges weitergebracht. Trotzdem vermisse ich den großen Erfolg noch sehr und doch bitte ich dich um einen Kommentar bei diesem Blog. Hier gibts keine Anna. Damit das mal gesagt ist. Heut klingt das hier komisch. Ich sollte vielleicht etwas sinnvolles schreiben. Noch immer liebe ich das Bloggen nicht, aber es macht Spaß :D Auch für
dich ? Naja, zum lesen mein ich.. Ich hoff morgen ists geschafft !!! Meine Aufgabe natürlich. Eigentlich haben Maria und Stefan mir heute viel geholfen. Ein paar Dateien wurden falsch eingelesen und obwohl ich das Programm öfters debuggt (schritt für schritt hab laufen lassen) habe, konnte ich den Fehler nicht finden. Jetzt funktioniert das und ich muss die einzelnen Änderungen beim Einlesen der Datei zum Vorgängerformat schreiben.

Das wars auch schon wieder,
bis morgen,
euer Moritz

Hi!

Der Tag begann mit Peters Präsentation seiner Diplomarbeit. Ich habe nicht viel verstanden, aber es war ganz interessant soetwas einmal mitzuerleben. Als es hieß: "Die Studenten müssen jetzt bitte den Raum für die Beurteilung verlassen" hätte ich eigentlich sitzen bleiben können, da ich ja auf dem Papier noch kein Student bin :D - ich ging trotzdem...

Danach half mir Maria mit dem Parser, jedoch stürzte das Programm regelmäßig "ohne Grund" ab. Nach einem Neustart funktionierte es wieder und ich versuchte die Anreize, die ich bekommen hatte, umzusetzen.
Ich bekomme immernoch Fehlermeldungen, aber irgendwann (hoffentlich vor Freitag) wird es funktionieren, da bin ich mir sicher!

Das wars auch schon wieder,
bis morgen.
Euer Moritz

Hi Leute!

Als Zusammenfassung der dritten Woche meines Praktikums kann ich schreiben, dass ich mein eigentliches Projekt abgeschlossen und einen weiteren Auftrag bekommen habe. In den arbeite ich mich gerade ein. Heute habe ich mich weiter damit beschäftigt.
Ganz nett waren auch einige Unterhaltungen mit den Diplomanden hier, mit denen Alexander und ich im selben Raum sitzen. Peter, der Montag seine Diplomarbeit präsentiert, Michl und Michi.

Generell gefällt mir das Umfeld hier sehr gut!

Aber jetzt gehts ab ins Wochenende!!! (ein bisschen früher heute sogar, da ich einen Zug erwischen muss :-D )

Also bis Montag,
euer Moritz

Hey!

Für mich ist dieses Praktikum ja eine ganz besondere Erfahrung, da ich ja jetzt für ein Monat in Graz wohne. (zum besseren Verständnis: Ich komme aus Klosterneuburg, in der Nähe von Wien) Ich habe mir ein Zimmer in einer WG gemietet und ich muss sagen, dass mir das sehr gut gefällt. Die Menschen, mit denen ich zusammenlebe, sind ziemlich cool und auch hier im Institut macht es richtig Spaß.

Aber natürlich hat das weit weg von zu Hause wohnen auch einige Nachteile. Der erste und allergrößte ist, dass ich meine Freundin sehr vermisse. Wir sehen uns jetzt nur noch an den Wochenenden und das stört mich sehr. Weiters, kann ich in dieser Zeit nicht mit meinem Fußballteam trainieren bzw. spielen.
Aus diesen Gründen freue ich mich jedesmal sehr über ein Wochenende, an dem ich heimfahren kann.
Bald ist es ja wieder soweit :D

Nichtsdestotrotz interessiert mich meine Arbeit hier sehr und ich freue mich auf jeden neuen Arbeitstag!

So viel dazu,
euer Moritz

Hi!

Ich verstehe die Zusammenhänge der Klassen und Methoden noch immer nicht so ganz. An ein paar Stellen habe ich die Unterscheidung zwischen den zwei Dateiversionen schon implementiert aber alles in allem probiere ich im Moment noch eher herum, als dass ich wirklich weiß was ich tue.
Aber so geht das nunmal, irgendwann erreiche ich schon das Ziel. Anfangs war es bei meinem letzten Task genauso.

Zu Mittag waren wir bei der Mensa der TU, wo es heute leckeren Kaiserschmarrn gab :D

An dieser Stelle möchte ich gerne kurz erwähnen, dass Bayern gestern gewonnen hat :DDD

Ich melde mich morgen wieder,
euer Moritz

Hi!

Heute war ein anstrengender Tag. Ich habe zwar nicht viel selber getan, dafür wurde ich aber zwei Stunden lang in meine neue Aufgabe eingeführt. Maria und Stephan haben mir die Abhängigkeiten der verschiedenen Klassen erklärt und gesagt was "genau" ich machen muss.

Also. Eine Firma hat einen neuen Thermocycler mit dazugehöriger Software entwickelt. Der LightCycler480. Diese liefert die Daten in einer Datei mit der Endung ".ixo". Das Vorgängermodell verwendete das gleiche Format, jedoch ist die Ausgabe bei diesem etwas verändert. Für den LightCycler2.0 hat Stephan schon einen Parser programmiert. Von diesem werde ich ausgehen, da viele Sachen gleich sind. Ein paar Unterschiede gibt es jedoch und diese muss ich jetzt erkennen und dann dementsprechend anders auslesen.

.ixo-Dateien sind eigentlich nichts anderes als .xml-Dateien. So verwenden wir xpath um die Werte auszulesen. Um die .ixo-Dateien besser lesen zu können, habe ich vorher noch .dtd-Dateien generieren lassen.

Morgen werde ich damit weitermachen.

Zu Mittag gab es wieder Social Lunch. Wieder Baguettes :D Wir waren heute sogar 13 Leute. Zum Nachtisch hat Kalina (sie hat es heute organisiert) Kuchen mitgebracht. Mir gefällt die Idee des Social Lunch sehr gut, da man die Leute mit denen man zusammenarbeitet besser kennen lernt!

Gestern Abend gab es einen Videoabend. Ein paar von uns haben sich um 20:00 Uhr im Institut getroffen um im Seminarraum mit Beamer einen Film zu schauen.



Mangels Vorschlägen war der einzige, der zur Verfügung stand, "The Big Lebowski". Es war lustig und so hoffe ich, dass wir bevor mein Praktikum zu Ende ist, noch einen Videoabend organisieren können.



Also bis morgen,
euer Moritz

Hi Leute,

heute war ein eher unproduktiver Tag. Ich habe meinen Programmcode noch ein bisschen durchgeschaut und Tutorials gelesen.

Heute Abend gibt es einen Videoabend hier im Institut.
Bilder dazu gibt es morgen,

euer
Moritz

Heyho!

Nach einem schönen Wochenende habe ich mich gleich heute Vormittag wieder an mein Projekt gemacht.
Den Fehler beim Einlesen und Bearbeiten der Rohdateien habe ich behoben, indem ich einfach einen neuen "try {} catch{}" - Block eingefügt habe.
So bekam ich alle berechneten Cy0-Werte zu 384 Proben. Darunter waren noch einige NaN's (Not a Number), die ich händisch entfernt habe.
Dann habe ich diese in die Exceltabelle eingefügt und mir die Differenzen zwischen meinen Werten und den Werten der anderen Analyzer in einer neuen Spalte berechnen lassen.

Das wars, eigentlich bin ich jetzt mit meinem Projekt fertig.
Allerdings gibt es noch ein paar Extremwerte, die ganz sicher falsch berechnet wurden. Ich soll nun noch versuchen, zumindest die Herkunft dieser (vielleicht Näherungs-) Fehler ausfindig zu machen.

Zum Schluss muss ich noch alle von mir erstellten oder veränderten Dateien in das Projekt "einchecken" (= ins Netz {allen zur Verfügung} stellen).

In den nächsten zwei Tagen werde ich vermutlich einen Auftrag zum Schreiben eines Parsers bekommen. Also ein Programm, das ein anderes Rohdateiformat einliest.

Bis dahin lese ich mir Tutorials zu Java durch. Die Sprache gefällt mir :-D

Zu Mittag gab es (mal wieder am Montag) Döner hehe.

So long,
Moritz

Hallo!

Ich habe den Fehler gefunden. Komischerweise gibt es nur für 18 Proben die entsprechenden Datensätze. Es sind aber 384 Proben...
Ich muss Montag Maria um Rat fragen.
Diese Daten habe ich jedoch erfolgreich eingelesen und mir dann auch als Textdatei ausgeben lassen. So Konnte ich sie leichter kopieren und in die Exceltabelle einfügen.

Zu Mittag haben Alexander und ich heute 'mal die Mensa der Hauptuni ausprobiert. Es gab Wiener Schnitzel mit Kartoffelsalat :D

Jetzt freue ich mich aber schon sehr auf das Wochenende. Besonders, da meine Freundin den weiten Weg auf sich nimmt und mich besuchen kommt :-)

Also euch auch ein schönes Wochenende,
bis Montag,
euer Moritz

Interessant oder langweilig?
Diese Woche möchte ich von euch wissen: Schreibe ich interessant oder langweilig?
Ich kann mir leicht vorstellen, das die ganzen technischen Daten eher uninteressant sind, ist das so? Wenn ja, gebt mir bitte Tipps, wie ich den Blog verbessern kann!

	Interessant!
	Langweilig!
	Teils, teils.
Resultate moritz.reinhardt, 17:38h.

Hi liebe Leser!

Heute hat sich wieder einiges getan. Besser gesagt ich hab einiges getan. Allerdings versuche ich mich kurz zu halten.
Ich habe meinen Analyzer ein wenig verändert, sodass er ein Array (eine Matrix) an Daten zu jedem Well (jede Probe bei einer rtqpcr) zurückgibt. Dazu habe ich auch meine Klasse, die die Daten speichert, so verändert, dass sie sie als Array speichert. Vorher konnte man nur die Daten zu einer Probe berechnen lassen. Jetzt werden alle berechnet und man kann selber entscheiden, welche man ausliest.

Den ganzen Analyzer soll ich nun an Hand einer anderen Ausgangsdatei testen. Das "Problem" ist aber, dass diese in einem anderen Format vorliegt, als meine ursprünglichen Testdatei. Dazu habe ich einen Parser bekommen (eine Klasse, die die Dateien - es sind 2 - einliest). Diesen musste ich noch konfigurieren.
Ich habe auch schon geschafft, die Daten richtig einzulesen und auf der Konsole auszugeben, allerdings funktioniert das jetzt aus irgendeinem, mir unerklärlichen, Grund nicht mehr.
Dem werde ich mich morgen widmen, sodass mein Analyzer anhand dieser Rohdaten dann die passenden Werte berechnen kann. Das ganze dient dem Vergleich mit anderen Berechnungsmethoden. Dazu muss ich meine Daten dann auch noch in eine Exceltabelle einfügen.

So, jetzt einmal zur besseren Vorstellung, was ich hier eigentlich mache. Dies ist ein Bild einer Richard's Function.
In den Inflection point (Wendepunkt) wird eine Tangente gelegt. Diese wird dann mit der X-Achse geschnitten, was mir den Cy0-Wert bringt. Der Grund dafür ist, dass einige Forscher herausgefunden haben, dass diese Methode besser zum Vergleich verschiedener Experimente ist, als die momentan gängigen. Stephan vom Institut will meinen Algorithmus in sein Programm implementieren.



Das wars wieder von mir,
bis morgen,
euer Moritz

Als ich gestern am späten Nachmittag das Institut verlassen habe, wurde ich Zeuge einer Flüssigstickstoffabfüllung. Ich fand es relativ spektakulär, wie diese riesigen Dampfwolken aufstiegen und wieder zum Grund sanken.

Hallo!

Wie gehts?
Eigentlich eine überflüssige Frage in einem Blog. Obwohl - Nein! Es gibt ja eine Kommentarfunktion und mich würde echt mal interessieren, wer denn so aller meinen Blog liest.
Also, da ist sie, unten rechts.
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Zum heutigen Tag. Ich bin nochmals meine Klasse mit den Ableitungen der Richard's Function auf Fehler durchgegangen und habe auch gleich dreimal den selben entdeckt. Immer ein "plus 1" wo gar keines hingehörte... Komischerweise hat das im Ergebnis nichts geändert und der eine Parameter (Fb) wurde noch immer nur sehr ungenau angenähert. Da dieser aber nicht als Potenz, sondern nur in Relation zu einem anderen Parameter als Faktor benötigt wird, um den Cy0-Wert zu berechnen, ändert sich dieser aufgrund des Fehlers nicht sonderlich. So, ich hoffe das war verständlich.

Daraufhin habe ich den Auftrag erhalten, einen Analyzer, eine neue Klasse, zu schreiben, welche die verschiedenen Werte der angenäherten Richard's Function berechnet. Unter anderem den Cy0-Wert. (vorher hatte ich ihn ja nur testweise berechnen lassen) Dazu musste ich gleich noch eine Klasse schreiben, welche die Daten in Variablen speichert.

Also nocheinmal die Namen der Klassen, die ich bis jetzt geschrieben habe:
TestMoritz.java - ganz am Anfang, zum Testen, ruft eine Funktion zum Einlesen der Rohdaten auf.
RichardsFunction5Params.java - berechnet die Funktion inklusive Ableitungen
AnalyzerCy0.java - berechnet die verschiedenen Werte (zB. Cy0)
Cy0Data.java - speichert die Werte

Am späten Nachmittag konnte ich meine zwei neuen Klassen gleich mittels meiner Testklasse testen und siehe da: Die Ergebnisse stimmen! :-)

Morgen werde ich sehen, wie es weitergeht. Vermutlich werde ich noch ein paar Methoden in meinen Analyzer implementieren müssen, mal sehen.

Zu Mittag gab es wieder mal Social Lunch, es ist ja Mittwoch :-) Baguettes, Tramezzinis und Focaccias waren im Angebot.
Lecker, Thunfisch-Focaccia!



Morgen mehr,
Euer Moritz

Hi!

Heute habe ich einiges weitergebracht! Ich habe die Klasse für die Richard's Function fertiggeschrieben. 619 Zeilen Programmcode :D
Der Fit funktioniert auch schon fast perfekt. Es werden 4 der 5 Parameter richtig angenähert. Warum der eine immer ein bisschen (zu viel) daneben liegt, verstehe ich nicht. Ich weiß auch leider überhaupt nicht, wo ich nach dem Fehler suchen soll, da ich nicht glaube, dass er unbedingt bei mir liegt sondern vielmehr bei dem Algorithmus.

Im Bild sieht man einen kleinen Ausschnitt meiner selbstgeschriebenen Klasse für die Richard's Function in der Entwicklungsumgebung Eclipse.



Weiters habe ich die Formel zur Berechnung des Cy0-Wertes anhand dieser Parameter in meine Testklasse geschrieben und mir auch schon mit dem etwas falsch angenäherten Parameter einen Cy0-Wert berechnen lassen, der erstaunlicherweise gar nicht so stark vom erwarteten Ergebnis abweicht.

Morgen werde ich mich diesem Problem widmen.
Zu Mittag waren Alexander und ich erneut Riesenschnitzelsemmel essen. Allerdings habe ich heute den Riesensteirerburger ausprobiert. Nachdem ich mir am Wochenende ja die Kamera von zu Hause geholt habe, werde ich die Bilder dazu morgen hochladen :D

Ich habe zum gestrigen Beitrag noch einen Screenshot mit einem Ausschnitt der Formeln, die ich heute implementiert habe, zur besseren Vorstellung hinzugefügt.

Also bis morgen,
euer Moritz

@edit: Ich und der Riesensteirerburger:



Und auch noch die Riesenschnitzelsemmel. Habe ich zu viel versprochen?