das prinzip der geleletrophorese kenne ich bereits aus dem unterricht und habe sie bei einem tag im vienna open lab im zuge von DNA-Fingerprinting bereits selbst verwendet. bei der agarose-gelelektrophorese wird eine dna-probe (meist pcr-produkt) in taschen des gels pipettiert und durch das anschließen von strom wird am gegenüberliegenden ende ein positiver pol erzeugt zu dem die (wegen dem phosphorsäurerest) negativ geladene DNA wandert. das die agarose ein dichtes netztwerk bildet kommen kurze stücke schneller voran als längere ud die dna-fragmente trennen sich nach ihrer länge auf. das ergibt beim dna.fingerprinting das übliche bandenmuster.
Die benötigte appartur besteht aus einem aragose-gelblock mit taschen zum "laden". einem buffer der darüber geschichtet wird und einem natürlich stromanschluss.



Zuerst wird die mit einem buffer versetzte erwärmte agarose in einen behälter gegossen und ein spezieller kamm hineingesteckt um beim abkühlen die taschen( in die die probe hinein pipettiert wird) zu erhalten. bei unserem versuchen wird die agarose mit ethidiumbromid (ein farbstoff der sich sehr gut in die DNA einlagert) versetzt. Da ethidiumbromid in verdacht ist hochmutagen zu sein und innerhalb weniger sekunden selbst bei geringen konzentrationen durch die üblichen latexhandschuhe durchdring und von der haut aufgenommen wird, werden beim umgang mit dem farbstoff spezielle handschuhe getragen die kaum durchlässig sind.

Nach dem abkühlen des gels wird der kamm herausgenommen und der gelblock in die bufferlösung gelegt bzw soll auch damit bedeckt sein. unser PCR produkt haben wir zuvor mit einem loading buffer versetzt, der sowohl das pipettieren in die laschen leichter macht (er enthält glycerin, dadurch ist er schwerer als der buffer darüber und sinkt in die taschne ab), als auch zeigt wie weit die dna-fragmente bereits im gel gewandert sind (durch einen zugesetzten farbstoff).
Nach dem hineinpipettieren in die taschen des gels wird der strom angeschlossen und die dna-stücke beginnen sich zum positiven pol zu bewegen.
wir haben neben unseren zu untersuchenden proben auch noch vergleichsproben pipettiert, bei denen die länge der fragmente bereits bekannt ist und man dementsprechend im vergleich mit diesen proben die länge der unsrigen ungefähr feststellen könnte.(beim primerdesign lege ich die länge bereits fest, der vergleich dient also wiederum der kontrolle)

wir verwenden die gelelektrophorese als kontrolle, ob unser pcr produkt eindeutig ist. Sichtbar gemacht wird das Bandenmuster durch UV-Licht und in unserem fall, ist an dieses gerät auch ein computer angeschlossen, mit dem man das bild in einer kurzen beleutungsperiode festhalten kann und dadurch die dna nicht durch lange UV-einstrahlung zerstört wird.