am donnerstag bekamen wir noch die ersten sequenzierergebnisse. wir betrachteten die qualität der ergebisse auf der GLC Genomics Workbench und waren erfreut festzustellen, dass alle proben von ausgezeichneter qualität waren. dann ging ich daran die bekommenen sequenzen gegen die datenbank der werte unserer vergleichstudie zu blasten, um zu überprüfen ob deren sequenz unseren ergebnissen entspricht oder es unterschiede gibt. gleichzeitig glich ich unsere neuen sequenzierergebnisse mit unserer eigenen datenbank ab, um festzustellen ob die zu korrigierenden unstimmigkeiten auch dem erwarteten entsprechen. es erwies sich unsere vergleichssudie immer als korrekt und mein betreuer machte sich daran die neuen daten in unsere datenbank des genoms zu integrieren.

mein nächster auftrag war zu 2 stellen, bei denen wir vermuteten unsere vergleichsstudie korrigieren zu müssen (da wir bereits eindeutige ergebnisse zu diesen stellen unseres stammes haben), primersets zu designen. also wieder das selbe prozedere von stellen heraussuchen, eindeutigkeit der umgebung feststellen, in ein neues file kopieren, die stellen blasten, geeignete primerstellen herausfinden, die primer designen, passende sets heraussuchen, wieder in ein neues file und blasten, ungeeignete primer ausschließen, primersequenz verlängern und die temperatur optimieren. danach die besten sets auswählen, nocheinmal ein kontrollblast bezgl lage und richtung und erneutes einfügen in dem temperaturkalkulator um fehler auszuschließen. freitag morgen hatte ich meine 2 finalen primersets fertig.

danach wertete ich unsere weiteren sequenzierergebnisse aus. erfreulicherweise war die qualität wieder sehr gut. wieder erwies sich unsere vergleichsstudie als korrekt und wir korrigierten unsere datenbank.

warum ich die beiden letzten primersets noch gemacht habe: wir wollten sie sowohl auf der DNA von unserem stamm als auch von dem originalstamm unserer vergleichsstudie anwenden, und so überprüfen ob in unserem stamm eine punktmutation stattgefunden hatt, oder die vergleichsstudie einen fehler hat, der zu korrigieren ist....aufgrund unserer bereits verabreiteten daten, erwarten wir nicht unsere sequenz korrigieren zu müssen, da die daten doch sehr eindeutige ergebnisse lieferten.