Wow, unser Programm ist endlich fertig, sogar zu frueh, noch ein paar Optionen und dann ...

Ich suchte mir ein paar RNA Nucleotidsequenzen im Internet und schaute mir, die Faltung an, dann fand ich die Sequenz eine r tRNA und pruefte zuerst ob es sich bei der Struktur, die es in der Natur hat um die von RNAfold berechnete Struktur mit der geringsten freien Energie handelt und als sich herausstellte, dass es nicht so ist, schaute ich mir zuerst mit RNAeval die freie Energie der Struktur an, die in der Natur vorkommt und pruefte anschlieszend mit RNAsubopt, welches suboptimale Strukturen berechnet, ob die gewuenschte Struktur gefunden wird.

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Hab mir die ganzen Programme zur Berechnung der Sekundaerstruktur von RNA angeschaut, wie zum Beispiel: RNAsubopt gibt zu einer Sequenz moegliche Strukturen in einem gewissen Bereich freier Energie an, ein weiteres gibt zu gegebener Sequenz und Struktur die frei Energie aus. RNAheat gibt die Schmelzkurve einer bestimmten Sequenz an, wobei jeder ausschlag das Schmelzen einer Helix darstellt. Es gibt noch ein Programm, welches zu einer gegebenen Struktur und dem Teil einer sequenz moegliche Sequenzen angibt und ein Programm, welches zwei Sequenzen zusammen faltet

Am ersten Tag wurde uns ein wenig ueber die Sekundaerstruktur der RNA und die verschiedenen Formen der RNA, wie etwa messenger RNA, transfer RNA, ribosomale RNA , Micro RNA usw. Weiters wurden uns danach noch ein paar Programme vorgestellt mit denen man sich zum Beispiel zu einer gegebenen RNA Sequenz, die Struktur mit der minimalen freien Energie berechnen kann. Wichtig ist noch zu erwaehnen, dass die Struktur mit der minimalen freien Energie nicht immer bzw. selten die Struktur ist die in der Natur vorkommt.