Gestern durfte ich die PCR ein 2tes Mal wiederholen, da sie ja noch immer nicht geklappt hat. Leider wurde wieder nix draus und deshalb konnten wir auch die geplante MLPA noch nicht starten... :P
Die gute Seite ist: Ich durfte endlich mal die Tierhaltung im Nebengebäude anschaun. Da sind so ca. 1500 Mäuse und 100 Ratten in 3 Räumen säuberlich in Plastikkäfigen untergebracht. Dort werden sie großgezogen und gekreuzt, um so die passenden Genotypen zu erhalten.
Zwar bin ich eigentlich grundsätzlich nicht komplett gegen Tierversuche, aber ein bisschen sick hab ich das schon gefunden, dass bei einigen Ratten zu sehen war, dass ihnen der Kopf geöffnet worden ist und einige Teile vom Gehirn entfernt worden waren (die Wunde war mit einer Art Wachs o.Ä. verschlossen). :X
Naja, die Mäuse waren zumindest noch eher knuffig und es war auch mal ein ziemlich interessanter Anblick, derart viele Mäuse auf einem Fleck zu sehen! :D

Und hier auch von mir mal ein kleiens Gedichtlein (in Anlehnung an den Blog vom Andre Schwarz ^^ [http://www.summerschool.at/andre.schwarz/] )

Oft wär ich gern so eine Maus
wie die im großen Nachbarshaus,
würd dann nur schlafen, fressen, mausen
und meinen Käfig stets behausen.
Links, rechts, vorn, hinten eine Wand
und mein Leben läg in Latexhand.
...
So bin ich froh, doch frei zu sein-
mein Menschenleben ist doch fein!

Holá liebe Leser!

Hab ja seit längerem eigentlich nix mehr über meine Arbeiten gepostet, also hier ein wenig Nachholarbeit:
Letzten Freitag lief im Prinzip gar nix, da die eigentliche Arbeit erst am Nachmittag folgen sollte, ich es aber bis dahin geschafft hatte, mich mit einem vergammelten Thunfischsalat krankenhausreif zu futtern. xPPP
Naja, gestern ging jedenfalls mal die Arbeit weiter und ich durfte helfen, eine Realtime-PCR [RTq-PCR] anzusetzten (im Prinzip eine PCR bei der während den Heiz-Zyklen über Fluoreszenzstoffe gemessen wird).
Außerdem durft ich meine erste eigene PCR starten (da meine allererste nicht ganz so genial gelaufen ist).

Heute war einges zu tun & sehen:
- Ich durfte wieder helfen, eine RTq-PCR vorzubereiten
- Ich durfte meine PCR + Agarosegelelektrophorese starten
Ergbnis der PCR: Niente, nix, null, nada- leider (so gut wie) GAR NIX geklappt :P Naja, shit happens!
- Ich durfte bei der Leucozytenexktraktion & Zucht aus Blut zusehen. Dabei werden im Prinzip die Leucozyten (w. Blutkörperchen) von den Erythrozyten (r. Blutkörperchen) durch einen chemischen Stoff getrennt, der die Erys absinken lässt und einen darüber schwimmenden Leuco-Ring bildet. Der wird dann abgesaugt und in ein Nährmedium bei 37°C gegeben. Jetz schwimmen die da drin und hams kuschlig warm. Die anderen, fertigen (Leuco-)Zellkulturen die wir behandelt haben, hams wohl nicht mehr so kuschlig- die stecken jetz im Eisschrank bei -70°C :O
- Ich durfte beim Vorbereiten einer MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification) helfen. Dabei wird durch die Zugabe einer Gensonde eine spezielle Partie der GESUNDEN DNA repliziert und durch Analyse der replizierten Partien kann gesehen werden, ob Mutationen vorliegen.
Die Proben dafür haben wir auf die Gerichtsmedizin gebracht, weil die RTq-PCR Maschine hier kaputt is. :P
Auch die Resultate von gestern konnten wir gleich mit abholen; leider waren (wahrscheinlich durch einen Komma-Fehler) die Werte auf 25.000.000 (Mio.!) statt 25,00. Naja, Panama passiern!

Zwar hab ich diesen Eindruck schon erhalten, als ich vor einem Jahr mal zum ersten Mal hier war, trotzdem kann ich nun absolut sicher sagen, dass weiblichen Angestellten im Department für Humangenetik KLAR in der Überzahl sind.
Bei einer Überprüfung des Mitarbeiterverzeichnisses habe ich festgestellt, dass nur 11 der 44 Mitarbeiter/innen männlich sind. Von diesen 11 Männern besitzen 9 mindestens einen Doktortitel, von den 33 Frauen nur 7 (wobei ich weiß, dass mind. eine davon noch am Schreiben ihrer Doktorarbeit ist), weiters 5 Mag. und eine Dipl. Biologin (also 13 von 33 mit Titel).
2 der 3 tätigen Univ. Prof.s sind Männer.
Besonders auffällig ist, dass der größte Fraunanteil als MTA (Mediznisch Technische Assistent/innen) tätig ist. Mich wundert es, woher diese hohe Frauenquote rührt, vielleicht kommt es vom eher routinierten biologischen Arbeitsfeld der MTAs (was meiner Meinung nach eher eine Frauendomäne ist), vielleicht ist auch diese Routinearbeit nicht so ein Männerding, oder Männer gehen eher in die Medizin. Vielleicht ist es aber auch billiger für die Uni, weibliche MTAs einzustellen. (?)
Ich will hier wirklich nicht sexistisch oder als Frauenhasser dastehen, aber diese Umstände finde ich einfach seltsam! Besonders die Verhältnisse der Doktortitel sind auffällig, da ja sogar mehr männliche als weibliche Doktor/innen hier tätig sind.

Was meint ihr dazu???

Wie unhöflich von mir- jetzt hab ich ja noch nicht mal erwähnt, worüber meine Sektion überhaupt Forschung betreibt! :)
Aaaaalso: Die Arbeitsgruppe meiner Praktikumsleiterin Dr. Martina Witsch-baumgartner von der Sektion für Humangenetik der Med.Uni Innsbruck beschäftigt sich mit genetisch bedingten Stoffwechselerkrankungen. Normalerweise führen sie Tests für erbliche Stoffwechselerkrankungen (z.B. Chorea Huntington, Mukoviszidose,...) durch. Sie machen aber auch Tests für Eltern von potenziell gefährdeten Kindern, d.h. wenn z.B. das erste Kind schon eine genetisch bedingte Erkrankung (z.B. das "Smith-Lemli-Opitz Syndrom") hat, kann festgestellt werden, ob das zweite Kind ebenso gefährdet wäre.
Vorhin genanntes "Smith-Lemli-Opitz Syndrom" (kurz: "SLOS") wird vorraussichtlich das Hauptthema meines Praktikums sein. Bei dem Syndrom passiert ein Fehler in der Cholesterolsynthese, wobei die 7-Dehydrocholesterol Reductase, die für den letzten Schritt zum Cholesterol nötig ist, nicht richtig produziert werden kann. Dadurch entsteht ein Phänotyp mit stark retardierter Psyche (kann max. ~ 10 Wörter lernen), einer typischen 2-3 Syndaktylie (d.h. 2. und 3. Finger/Zehe fleischig zusammenverwachsen), einer Art Schweinsnase und vielen weiteren organischen Defekten. Dieses Syndrom kann durch zusätzliche Gabe von Cholesterol ein wenig gelindert werden, jedoch besteht keine Hoffnung auf Heilung, oder ein "normales" Leben.
Das einzige, was man hier noch machen kann, ist das Erbgut der Eltern zu überprüfen, sodass man sie bei einem zweiten Kind auf ein mögliches zweites SLOS-Kind vorbereiten kann.

Hurra, hurra- was hab ich mich gefreut, dass ich dieses Jahr endlich zu meinem Gen_AU Praktikum an der Humagenetik Innsbruck antreten darf, da immerhin letztes Jahr noch ganz knapp davor eine OP dazwischengekommen ist, durch die dann der ganze Sommer weg war (und damit auch der Praktikumsplatz). :P
Zum Glück gibt's ja immer ein nächstes Mal und deshalb freue ich mich heute riesig, dass ich mein Praktikum endlich antreten darf. Heute Morgen gleich schon ein paar Papers und Bücher ausgehändigt bekommen, mit denen ich mich für heute beschäftigen sollte- ah ja, und natürlich noch einen kleinen Wisch, den ich noch schnell beim AZW Innsbruck vorbeibringen sollte, damit der bürokratische Teil geregelt ist...
Hmmm -"Bürokratie"- bei dem Wort läuft's mir immer kalt den Buckel runter- und die heutige Erfahrung wird wohl meine Haltung gegenüber diesen öffentlicher Briefbeschwerer-Organisationen nicht verbessern: Ca. drei Stunden habe ich jetzt mit dem Abholen, Ausfüllen und Versenden von Formularen verbringen dürfen und mit Genetik wird wohl heute nicht mehr viel laufen :-/
Freu mich trotzdem schon mal auf morgen, wenn der praktische Teil beginnen darf :)

Dienstag, 13. Juli:
Hab gerade meine erste "PCR" (Polymerase chain reaction) vorbereitet und gestartet. Bei der "PCR" wird DNA durch Zugabe von Chemikalien in mehreren aufeinanderfolgenden Heizzyklen vervielfältigt. Um die DNA zu vervielfältigen braucht es aus chemischer Sicht gesehen vor allem Nukleotide (das Rückgrat der DNA-Helices), eine (hitzebeständige) Polymerase und zwei "Primer" (forward und reverse), die den zu vervielfältigenden Bereich des Gens bestimmen. Hinzu kommen noch Deionat, Puffer, eine DNA-Probe, und ein gewissen Zaubertrank namens "Betain". Danach ab in die PCR damit und da das ganze jetzt so ca. 2 h dauern wird, bin ich jetzt (~ 14:30) heute schon mal entlassen- ein Hoch auf die Technik! :D

Mittwoch 14. Juli:
Heute war ein interessanter Tag mit Einigem zu tun! :D
Losgelegt haben wir mit einer Agarosegelelektrophorese; eine Methode bei der man die zuvor im PCR vervielfältigte DNA unter angelegter Spannung durch ein Agarose-Gel (ähnlich wie eine Gelatine-Platte) hindurchlaufen lässt. Umso größer die DNA-Fragmente sind, desto weniger weit können sie durch das Gel wandern. Man kann die Verteilung der DNA mittels einer DNA- "Leiter" (ein Mix aus DNA- Stücken verschiedener Längen) kontrollieren. Dies geschieht unter Einwirkung von UV-Licht und man sieht dann, ob die Vervielfältigung der DNA bei der PCR hingehauen hat, da unter diesem Licht die gewanderten floureszierenden Stränge leuchten sollten und leuchtende Streifen sichtbar sein sollten.
Zweiter Punkt des Tages war eine Aufreinigung der PCR- Produkte mittels "Exo-SAPit". Dieses Mittel besteht zum einen aus Exonuclease, wodurch die restlichen Primer und einzelnen DNA-Stränge entfernt werden und zum anderen Teil aus "Shrimp Alkaline Phoshatase", wodurch die Dinukleotidphosphate enfernt werde, die zu Beginn für die PCR hinzugefügt werden mussten. Dies ist nötig, um beim später folgenden Sequenzieren (Ermittelung des Basencodes der vervielfältigten DNA-Fragmente) Analyse-Fehler durch Rückstände zu verhindern.
Und last but not least haben wir heute schließlich die Sequenzierung vorbereitet, sodass wir morgen das Gen auf Mutationen überprüfen können.

Donnerstag 15. Juli:
Heute wurde die Sequenzierung abgeschlossen und wir konnten einige Mutationen feststellen. Leider wurden nicht alle Exone vollständig richtig sequenziert, weshalb morgen oder nächsten Montag wahrscheinlich wieder dieselbe Sequenzierung anstehen wird.
Mein größter Teil des Tages bestand darin, DNA-Sequenzen für die Bestellung von sogenannten "Gensonden" für eine MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification) herauszusuchen und zu organisieren. Diese Gensonden sind kleine einzelsträngige DNA-Fragmente, die aus 2 Teilen (rechts & links) bestehen und sich an ausgewählte Bereiche des Gens zu einem einzelnen Teil zusammenschließen- wenn alles übereinstimmt (d.h. keine Mutationen vorhanden sind). Anschließend muss man diesen Gensonden-Probenmix wieder in eine PCR-Apparatur geben und kann schlussendlich anhand der vervielfältigten Stücke sehen, wo sich die Probes binden konnten und welche Fragmente demnach in Ordnung sind.
Was mich jedoch wirklich überrascht hat war der Kostenpunkt dieser paar mikroliter Probes - 195€ müssen anscheinend für die paar Probes geblecht werden, die ich jetzt brauche. Ich hoffe wirklich, dass ich die Probes nicht allein aufbrauchen soll; sonst wär das wohl doch ein teurer Spaß für mein 3-Wochen Praktikum.

Langsam fang ich auch an, die Vorteile am Protokoll-Blogging zu entdecken- ich kann mir die zuvor erarbeiteten Sachen nochmal durch den Kopf gehen lassen und dabei alles nochmal viel besser verstehen! :)