Diskussion / Auswertung
10:23 / 26.06.2009
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Forschungsdokumentation
Freitag, 26. Juni 2009
Methoden / Experimente
10:23 / 26.06.2009
Tag 3-4; 09.07.2009
PCR für p53
Vorbereitung: kurz zusammengefasst
-genomische DNA (-> von Patientinnen und Kontrollen)
-2 Primer (um den Anfang zu markieren)
-dNTPs (Bausteine für die DNA Synthese)
-DNA-Polymerase (Enzym)
-Mg2+-Ion
-Pufferlösung
Beim Zusammenmixen der Lösungen –natürlich in richtiger Konzentration- und beim Aufteilen auf 9 (inkl. Kontrollgefäß) „Eppis“ muss immer auf eine sterile Arbeitsumgebung und gute Kühlung geachtet werden. Weiters muss jedes Gefäß genauestens beschriftet werden um eine Verwechslung auszuschließen!
PCR findet im "Thermocycler" statt
Ablauf:
1.Denaturierung (schmelzen) -> auf 94’C x 30 sec
2.Primer annealing (binden) -> 56 `C x 60 sec
3.Elongation (Verlängerung) -> 72 `C x 60 sec x 30 Wh.
Vorbreitung zur Gel-Elektrophorese
PCR-Agarose-Gel (2,5% Konzentration)
Das Gemisch wird in die vorgefertigten Slots (Freiräume im Gel)
hineingegeben.
Gel wird dann bei fließendem Strom laufen gelassen
Die Auswertung erfolgt mittels UV-Licht
Die ganz genauen Angaben zu diesem Versuch kann man dann in meiner Dokumentation bzw. FBA nachlesen!
Tag 5-6 13.07.09
- „Probe 9“
Um ein klareres Ergebnis zu bekommen musste der Versuch
mit leicht veränderten Konditionen wiederholt werden! Das Erbmaterial
haben ich nur mehr von einem Patienten genommen (Probe 9).
Veränderungen zum 1. Versuch:
1. DNA nur vom „Patienten 9“
2. Im 1. Gefäß befinden sich 2 Primer (F3, RS3-4)
3. Im 2. Gefäß befinden sich 2 Primer (F11, R11)
4. Im 3. Gefäß befinden sich alle 4 Primer (F3, RS3-4, F11, R11)
5. Das Agarosegel hat nur mehr 2% Agaroseanteil
6. der Thermocycler macht 32 Zyklen
Die Rechnung ist aufgegangen da die Auswertung der Elektorphorese besseren
Aufschluss über den Genotyp des p-53 Gens des Patienten geben konnte.
-3. Versuch
Das Prinzip dieses Versuches ähnelt dem vorherigen stark,
jedoch ist die Anzahl der Probanten um ein vielfaches größer.
Ich verwende jetzt eine 96-well Platte (= das ist eine Platte gefüllt in richtiger Konzentration mit Erbmaterial von 90 Patienten und AD)
Bilder folgen…
PCR für p53
Vorbereitung: kurz zusammengefasst
-genomische DNA (-> von Patientinnen und Kontrollen)
-2 Primer (um den Anfang zu markieren)
-dNTPs (Bausteine für die DNA Synthese)
-DNA-Polymerase (Enzym)
-Mg2+-Ion
-Pufferlösung
Beim Zusammenmixen der Lösungen –natürlich in richtiger Konzentration- und beim Aufteilen auf 9 (inkl. Kontrollgefäß) „Eppis“ muss immer auf eine sterile Arbeitsumgebung und gute Kühlung geachtet werden. Weiters muss jedes Gefäß genauestens beschriftet werden um eine Verwechslung auszuschließen!
PCR findet im "Thermocycler" statt
Ablauf:
1.Denaturierung (schmelzen) -> auf 94’C x 30 sec
2.Primer annealing (binden) -> 56 `C x 60 sec
3.Elongation (Verlängerung) -> 72 `C x 60 sec x 30 Wh.
Vorbreitung zur Gel-Elektrophorese
PCR-Agarose-Gel (2,5% Konzentration)
Das Gemisch wird in die vorgefertigten Slots (Freiräume im Gel)
hineingegeben.
Gel wird dann bei fließendem Strom laufen gelassen
Die Auswertung erfolgt mittels UV-Licht
Die ganz genauen Angaben zu diesem Versuch kann man dann in meiner Dokumentation bzw. FBA nachlesen!
Tag 5-6 13.07.09
- „Probe 9“
Um ein klareres Ergebnis zu bekommen musste der Versuch
mit leicht veränderten Konditionen wiederholt werden! Das Erbmaterial
haben ich nur mehr von einem Patienten genommen (Probe 9).
Veränderungen zum 1. Versuch:
1. DNA nur vom „Patienten 9“
2. Im 1. Gefäß befinden sich 2 Primer (F3, RS3-4)
3. Im 2. Gefäß befinden sich 2 Primer (F11, R11)
4. Im 3. Gefäß befinden sich alle 4 Primer (F3, RS3-4, F11, R11)
5. Das Agarosegel hat nur mehr 2% Agaroseanteil
6. der Thermocycler macht 32 Zyklen
Die Rechnung ist aufgegangen da die Auswertung der Elektorphorese besseren
Aufschluss über den Genotyp des p-53 Gens des Patienten geben konnte.
-3. Versuch
Das Prinzip dieses Versuches ähnelt dem vorherigen stark,
jedoch ist die Anzahl der Probanten um ein vielfaches größer.
Ich verwende jetzt eine 96-well Platte (= das ist eine Platte gefüllt in richtiger Konzentration mit Erbmaterial von 90 Patienten und AD)
Bilder folgen…
Probleme / Aufgaben
10:23 / 26.06.2009
Tag 1-2
"Wichtige Theoriestunden"
Ich befinde mich gerade in der "Anlaufphase" meines Prjojektes. Das bedeutet erstmal herausfinden worum es überhaupt geht:
Die Fragestellung lautet kurz zusammen gefasst: Hat ein bestimmtes Gen(p53) Auswirkungen auf das Brustkrebsrisiko?
Um mich überhaupt mit der Frage auseinandersetzen zu können musste ich erstmal die Grundbegriffe und wichtige Fachausdrücke klären: Wie ist die DNA aufgebaut? Wozu dient sie genau? Was ist ein Gen? WIe lauten ihre "Bausteine"? Wie funktioniert die Proteinsynthese? Was ist ein Allel, ein PCR? usw... und das ist nur ein kleiner Ausschnitt aus dem "Fragenpool" mit denen ich in den 1. beiden Tagen zu tun hatte.
Natürlich machten, meine Betreuerin und ich, eine "Sightseeing-tour" durch das Labor und erkundeten die "Artenvielfalt" der Gerätschaft.
Ich großen Teil durfte ich sogar selbst ausprobieren; beginnend bei den einfachen Pipetten bis zu den sündhaft teuren Hochpräzisionskonzentrationmessgeräten.
Tag 7; 14.07.09
„Sicherheit bei Giften, etc“
Der heutige Tag widmet sich, neben der Fortführung des PCR von gestern, auch mit verschiedensten giftigen, reizenden und leichtentzündlichen Substanzen im Labor.
Eine Aufgabe bestand darin so genannte „Sicherheitsdatenblätter“ (kurz MSDS) über eine vorgegebene Liste mit Chemikalien zu finden, durchzusehen und auszudrucken.
Auf der Website von Sigma und Merck findet man hierzu genug Beispiele um sich ein Bild von diesen Datenblättern zu machen.
Link:
Merck MSDS
http://www.merck-chemicals.com/is-bin/INTERSHOP.enfinity/WFS/Merck-International-Site/en_US/-/USD/ViewSearch-ParametricSearchIndexQuery?WFSimpleSearch_NameOrID=msds+
Tag 8, 15. Juli 2009
“Stopp: Lieferengpässe bei Tag-Polymerase”
Wegen Fehlen einer essentiellen Zutat genannt Tag-Polymerase (s. Aufgaben) musste die Weiterführung meines Versuches etwas verschoben werden.
Dafür arbeitete ich umso genauer mit verschiedenen Giften und lernte mit ihnen umzugehen (z.B Ethidium Bromit: T+, kanzerogen)
Tag 10, 17.7.2009
Übung macht den Meister
Von der Routine zur Selbständigkeit
Heute ist ein ganz besonderer Tag! Heute konnte ich zum 1. Mal richtig zeigen, was ich drauf habe:
Meine Aufgabe war es eine komplette PCR mit anschließenden Gel-Laden und Foto der Basenpaare allein zu machen. (die Betreuerin hat mir lediglich ab und zu über die Schulter geschaut)
Wie kam ich zu diesem Privileg:
In diesen 2 Wochen hat meine Betreuerin ganz bewusst mir jeden Tag eine Aufgabe mehr zum Selbermachen gegeben um eine gewisse „Routine“ zu entwickeln. Nachdem sie gemerkt hatte, dass ich die Schritte alle schon selber könnte entschloss sie den Schritt zur „Selbständigkeit“ zu wagen und mich den Versuch selber durchführen lassen.
Ich musste alle Geräte bedienen, alle Chemikalien in richtiger Konzentration mischen und die geübten Schritte genau befolgen.
Nach mehreren Stunden höchster Konzentration war es dann vollbracht! Das Foto war gemacht. Jetzt kam aber die Stunde der Abrechnung: Wird meiner Betreuerin das Ergebnis gefallen oder war all die Arbeit umsonst?
Nein, alles in bester Ordnung! Mission Accomplished!
In der nächsten Woche erwarten mich noch 2-3 PCRs und anschließend folgt die Gesamtauswertung und Erstellung einer Statistik über die Genotypen der Patienten!
Ich bin schon sehr gespannt.
Tag 10-13 , 22. Juli 2009
Das große FInale der praktischen Arbeit
Mit dem heutigen Tag, nach über 300 Genproben, ist meine "praktische" Abreit zu Ende. In der Zeit entwickelte ich mich richtig zu einem Elektrophorese-PCR-Profi, da ich zwar nicht so viele verschiedene Methoden ausprobiert habe sondern mich auf einige besonders genau auseinander gesetzt habe. (Außerdem, irgendwo muss ich meine 300 Proben herbekommen)
Am Donnerstag, dem 23, Juli, gehts dann eigentlich "richtig" los, da meine Ergebnisse ausgewertet, bewertet und disskutiert werden müssen. Ich freu mich schon darauf.
"Wichtige Theoriestunden"
Ich befinde mich gerade in der "Anlaufphase" meines Prjojektes. Das bedeutet erstmal herausfinden worum es überhaupt geht:
Die Fragestellung lautet kurz zusammen gefasst: Hat ein bestimmtes Gen(p53) Auswirkungen auf das Brustkrebsrisiko?
Um mich überhaupt mit der Frage auseinandersetzen zu können musste ich erstmal die Grundbegriffe und wichtige Fachausdrücke klären: Wie ist die DNA aufgebaut? Wozu dient sie genau? Was ist ein Gen? WIe lauten ihre "Bausteine"? Wie funktioniert die Proteinsynthese? Was ist ein Allel, ein PCR? usw... und das ist nur ein kleiner Ausschnitt aus dem "Fragenpool" mit denen ich in den 1. beiden Tagen zu tun hatte.
Natürlich machten, meine Betreuerin und ich, eine "Sightseeing-tour" durch das Labor und erkundeten die "Artenvielfalt" der Gerätschaft.
Ich großen Teil durfte ich sogar selbst ausprobieren; beginnend bei den einfachen Pipetten bis zu den sündhaft teuren Hochpräzisionskonzentrationmessgeräten.
Tag 7; 14.07.09
„Sicherheit bei Giften, etc“
Der heutige Tag widmet sich, neben der Fortführung des PCR von gestern, auch mit verschiedensten giftigen, reizenden und leichtentzündlichen Substanzen im Labor.
Eine Aufgabe bestand darin so genannte „Sicherheitsdatenblätter“ (kurz MSDS) über eine vorgegebene Liste mit Chemikalien zu finden, durchzusehen und auszudrucken.
Auf der Website von Sigma und Merck findet man hierzu genug Beispiele um sich ein Bild von diesen Datenblättern zu machen.
Link:
Merck MSDS
http://www.merck-chemicals.com/is-bin/INTERSHOP.enfinity/WFS/Merck-International-Site/en_US/-/USD/ViewSearch-ParametricSearchIndexQuery?WFSimpleSearch_NameOrID=msds+
Tag 8, 15. Juli 2009
“Stopp: Lieferengpässe bei Tag-Polymerase”
Wegen Fehlen einer essentiellen Zutat genannt Tag-Polymerase (s. Aufgaben) musste die Weiterführung meines Versuches etwas verschoben werden.
Dafür arbeitete ich umso genauer mit verschiedenen Giften und lernte mit ihnen umzugehen (z.B Ethidium Bromit: T+, kanzerogen)
Tag 10, 17.7.2009
Übung macht den Meister
Von der Routine zur Selbständigkeit
Heute ist ein ganz besonderer Tag! Heute konnte ich zum 1. Mal richtig zeigen, was ich drauf habe:
Meine Aufgabe war es eine komplette PCR mit anschließenden Gel-Laden und Foto der Basenpaare allein zu machen. (die Betreuerin hat mir lediglich ab und zu über die Schulter geschaut)
Wie kam ich zu diesem Privileg:
In diesen 2 Wochen hat meine Betreuerin ganz bewusst mir jeden Tag eine Aufgabe mehr zum Selbermachen gegeben um eine gewisse „Routine“ zu entwickeln. Nachdem sie gemerkt hatte, dass ich die Schritte alle schon selber könnte entschloss sie den Schritt zur „Selbständigkeit“ zu wagen und mich den Versuch selber durchführen lassen.
Ich musste alle Geräte bedienen, alle Chemikalien in richtiger Konzentration mischen und die geübten Schritte genau befolgen.
Nach mehreren Stunden höchster Konzentration war es dann vollbracht! Das Foto war gemacht. Jetzt kam aber die Stunde der Abrechnung: Wird meiner Betreuerin das Ergebnis gefallen oder war all die Arbeit umsonst?
Nein, alles in bester Ordnung! Mission Accomplished!
In der nächsten Woche erwarten mich noch 2-3 PCRs und anschließend folgt die Gesamtauswertung und Erstellung einer Statistik über die Genotypen der Patienten!
Ich bin schon sehr gespannt.
Tag 10-13 , 22. Juli 2009
Das große FInale der praktischen Arbeit
Mit dem heutigen Tag, nach über 300 Genproben, ist meine "praktische" Abreit zu Ende. In der Zeit entwickelte ich mich richtig zu einem Elektrophorese-PCR-Profi, da ich zwar nicht so viele verschiedene Methoden ausprobiert habe sondern mich auf einige besonders genau auseinander gesetzt habe. (Außerdem, irgendwo muss ich meine 300 Proben herbekommen)
Am Donnerstag, dem 23, Juli, gehts dann eigentlich "richtig" los, da meine Ergebnisse ausgewertet, bewertet und disskutiert werden müssen. Ich freu mich schon darauf.
