Auf ins Labor!
22:52 / 30.08.2010
Neue Woche, neues Glück. Diesen Montag ging es nun ins Labor, dem Mfpl in der Dr Bohrgasse 9, um unsere Hypothese bezüglich des Gens b3774 als Target von gcvB mit einem Experiment zu überpüfen. Und zwar besteht dieses darin, die vermutete "Target-Sequenz" zu klonieren, sie dann in ein Plasmid unmittelbar vor dem GFP-Gen, das für das Grün floreszierende Protein kodiert, zu positionieren und dieses Plasmid später in eine Escherichia Coli Zelle einzuführen. Das Ziel ist es, zwei verschiedene Escherichia Coli Zellen zu machen: Die eine soll noch dazu ein Plasmid mit dem gcvB-Gen beinhalten, die andere ein Plasmid ohne gcvB-Gen. Durch das Messen der synthetisierten Protein in beiden Fällen könnte nun festgestellt werden, inwiefern eine Interaktion vorliegt.
Doch bevor es soweit ist, mussten wir einmal die gewünschte Sequenz klonieren. Zunächst musste ich dafür also das richtige Pipettieren mit Mikropipetten üben, denn hier muss sehr präzise gearbeitet werden und zwar mit Mengen, die nur einige Mikroliter betragen, was nicht immer ganz einfach ist!!
Danach ging es auch schon mit der PCR (Polymerase Kettenreaktion) los, eine Methode mit der wir die DNA-Sequenz reichlich vervielfältigen konnten. Tatsächlich haben wir dafür unter anderem das ganze Genom von eColi mit sogenannten Primern (kurze DNA-Stücke, die den Anfang und das Ende der zu klonierenden Stelle festlegen) und der DNA-Polymerase, die für die Verlängerung einer Sequenz zuständig ist, vermischt. Durch das häufige Verändern der Temperatur in der PCR-Maschine gelang uns letzten Endes das Klonieren.
Danach musste das PCR-Produkt überprüft werden. Dafür haben wir ein selbstpräpariertes Gel, das hauptsächlich aus Agarose besteht, verwendet, und wir haben einfach geschaut, wie weit die entstandene DNA darauf migriert. Diese Migration gibt uns dann die Länge des DNA-Stücks in Basenpaaren an. Da die zu erwartende Länge ja durchaus bekannt ist, konnten wir die klonierte DNA damit vergleichen. Wir kamen so zu dem Ergebnis, dass die PCR durchaus geglückt war! Zu guter Letzt haben wir noch mit einem bestimmten Gerät, dem Nanodrop, die Menge an DNA gemessen. Und das war's auch schon für heute!
Doch bevor es soweit ist, mussten wir einmal die gewünschte Sequenz klonieren. Zunächst musste ich dafür also das richtige Pipettieren mit Mikropipetten üben, denn hier muss sehr präzise gearbeitet werden und zwar mit Mengen, die nur einige Mikroliter betragen, was nicht immer ganz einfach ist!!
Danach ging es auch schon mit der PCR (Polymerase Kettenreaktion) los, eine Methode mit der wir die DNA-Sequenz reichlich vervielfältigen konnten. Tatsächlich haben wir dafür unter anderem das ganze Genom von eColi mit sogenannten Primern (kurze DNA-Stücke, die den Anfang und das Ende der zu klonierenden Stelle festlegen) und der DNA-Polymerase, die für die Verlängerung einer Sequenz zuständig ist, vermischt. Durch das häufige Verändern der Temperatur in der PCR-Maschine gelang uns letzten Endes das Klonieren.
Danach musste das PCR-Produkt überprüft werden. Dafür haben wir ein selbstpräpariertes Gel, das hauptsächlich aus Agarose besteht, verwendet, und wir haben einfach geschaut, wie weit die entstandene DNA darauf migriert. Diese Migration gibt uns dann die Länge des DNA-Stücks in Basenpaaren an. Da die zu erwartende Länge ja durchaus bekannt ist, konnten wir die klonierte DNA damit vergleichen. Wir kamen so zu dem Ergebnis, dass die PCR durchaus geglückt war! Zu guter Letzt haben wir noch mit einem bestimmten Gerät, dem Nanodrop, die Menge an DNA gemessen. Und das war's auch schon für heute!
