Nachdem der z-score und die Energie der ganzen bindung noch nicht wirklich aussagekraeftig waren, haben Caro und ich noch etwas in unser Modell miteinbezogen. Wenn eine miRNA sich an eine andere RNA anlegt beginnt dieser Vorgang an den ersten acht Basen, die sollten deswegen pefekt paaren.
Im Computer sieht es tatsaechlich so aus, dass die erste Base nicht und die naechsten sieben bei der schon bekannten miRNA perfekt passen. Ausserdem hat sie hier die zweitbesste Energie. So haben wir jetzt mal ohne die restlichen Nukleotide zu beruecksichtigen etwas weniger als 20 miRNAs die noch im engeren Feld sind und die, von der man weiss, dass sie drinnen sein sollte is auch nohc dabei ;), es is also hoffentelich nicht voellig verkehrt was wir bis jetzt gemacht haben.

Fuer mich hat jetzt die letzte woche begonnen und da ich in letzter zeit leider nicht zum posten gekommen bin nochmal kurz rueckblickend was ich so getan habe.
Zuerst hab ich eben ein Programm fertiggestellt, das ein anderes Programm dazu benutzt die Faltung (Bildung von Sekundaerstrukturen) von einer miRNA und einer Virus-RNA zu untersuchen.
Danach habe ich ein anderes Programm geschrieben, welches die miRNAs zufaellig durchmischt und dann wieder die Energie, also die Stabilitaet, von moeglichen Sekundaerstrukturen erhaelt. So kann man die zufaelligen Ergebnisse mit der urspruenglichen miRNA vergleichen und Schlueese ziehen wie wahrscheinlich gewisse Faltungen wirklich sind.

Nun zum mehr oder weniger spannenden Teil, der mich in der letzten Woche beschaeftigen wird:
Beruhend auf gewissen Experimenten weiss man schon von einer miRNA, dass sie besonders stabile Bildungen mit der RNA von hcv eingehen kann.
Ich soll jetzt versuchen mit dem Werkzeug, das ich mir bisher gebastelt habe einen Weg finden, wie man dieses Ergebnis vorhersagen koennte. Wenn mir das gelingt und ich z.B. am Schluss 10 miRNAs bekomme wo die schon bekannte dabei ist, kann man meine Methode vielleicht dazu verwenden andere Vorhersagen zu machen, die dann in Experimenten getestet werden.

Ob ich tatsaechlich zu so einem brauchbarem Ergebnis komme werden wir ja sehn.

Sogenannte mikro RNAs sind ncRNA (non-coding) von nur etwas mehr als 20 Nukleotiden Laenge. Sie kommen inden Zellen vor und sind (wohl weil sie so klein sind) eine relativ junge Entdeckung. In Moment kennt man zwischen 400 und 500 verschiedenen miRNAs im menschen.
Die Aufgabe dieser miRNA ist eben nicht wie bei z.B. mRNA das Kodieren von Informationen sondern sie spielen eine wichtige wenn auch noch nicht voellig durchleuchtete Rolle beim aktivieren und deaktivieren von Genen. MiRNAs heften sich an andere RNAstraenge (beide sind ja einstraengig und wo es komplementaere Basen gibt koennen suie sich durch H-Bruecken aneinanderheften) und verhindern so, dass diese an den Ribosomen abgelesen werden koennen.

Die Frage an der ich zur Zeit arbeite ist wie miRNA auf die RNA von Viren in den menschlichen Zellen reagieren. Man weiss, bzw. nimmt an, das auch hier Bindungen entstehen koennen, die unter Umstaenden fuer das Virus essentiel sind. Es ist z.B. frueher nicht gelungen HC-Viren kuenstlich zu vermehren. Vor kurzem hat man den Grund dafuer gefunden: Das Hcv vermehrt sich nur in Zellen mit einer hohen Konzentration einer ganz bestimmten miRNA. Ich sollt jetzt ausprobieren, ob Hcv oder auch andere Viren auf anderen miRNAs so spezifisch reagieren.

Also mein Programm kann jetzt ungefaehr folgendes: es gibt die Basensequenzen fuer das RNAduplex (ein Programm, das uebrigens die Sekundaerstrukturen fuer 2 RNA-Straenge voraussagt) aus, ruft es auf und sagt ihm, was es damit machen soll. RNAduplex tut das und erzaehlt alles wieder meinem Programm, welches sofort zu mir kommt und mir alles weitersagt. Das einzige Problem in Moment ist, dass das ganze ziehmlich viel Zeit in Anspruch nimmt...
Wenn das jemand liest und sich nicht auskennt, entscheide dich, ob es die Anstrengung wert ist nachzufragen und tu es gegebenenfalls oder auch nicht.

Als nicht unangenehme Konsequenz der Tatsache, dass Caro aus nach ihrem Urlaub wieder da ist, sah sie sich in dei Lage versetzt, mich in unser Projekt einzuweisen.

Das ganze dreht sich natuerlich um MikroRNAs (Fuer die, die nicht wissen was das ist, werde ich in naher Zukunft auch etwas schreiben) und die Art und Weise wie bestimmte RNA-Viren auf sie reagieren.
Dazu werde ich unter anderem auf das RNAduplex bzw. das RNAcofold Programm zurueckgreifen, an welchem meine Kollegen Daniel und Oliver mitgearbeitet haben. Meine erste Aufgabe heute war ein Programm zu schreiben, das Basensequenzen aus einer Datei liest und fuer das RNAduplex brauchbar wieder ausspuckt.
... und siehe da, zu meinem Erstaunen hab ich tatsaechlich etwas zum Laufen gebracht, was ungefaehr das tut. Jetzt muss ich nur noch Ruecksprache mit Caro halten und sie fragen, was sie davon haelt...

Bis zum naechsten Mal.