DI, 24.7.
Heute war mein zweiter Arbeitstag und ich muss sagen, dass ich schon jede Menge über Molekularbiologie und über das "Laborleben" gelernt habe (soweit ich das beurteilen kann).
Natürlich unterliege ich der Schweigepflicht, alles streng geheim, also keine weiteren Informationen.
Nein, nur ein Scherz, ein bisschen kann ich ja erzählen:

Gestern habe ich pipettieren gelernt, ist gar nicht sooo schwierig. Außerdem verwendeten wir verschiedene Maschinen (Gott sei Dank gibt es zu jeder eine Gebrauchsanweisung in Form eines Protokolls)

Heute Vormittag haben wir die wichtigste Theorie besprochen bis mir der Kopf geraucht hat, ABER ich habe alles verstanden und mir macht solche Theorie (Zellen, Vorgänge...) überhaupt Spaß. Ich kann mich nicht beklagen.
Am Nachmittag habe ich mit einer Betreuerin an meinen Proben weitergearbeitet, was im Vergleich zu gestern schon viel schneller ging.
Ergo..ire domum früher posui!

26.7.
Zwei weitere Tage sind vergangen. Anstrengend, aber hoch interessant - und das wichtigste: ich merke, dass ich bereits viel gelernt habe. heute haben wir wieder eine RT-PCR gemacht. Mit dem Unterschied, dass sie heute besser gelungen ist. Nebenbei protokolliere ich schon meine Arbeit. Das finde ich auch sehr wichtig, weil man alles, was maqn im Labor gemacht hat, noch einmal durchdenken muss und dadurch leichter versteht. Gut, das war's für heute.

8.8.2007
Einige Zeit ist nun seit meinem letzten Eintrag vergangen, die ich voll für mein Protokoll genutzt habe. Es ist sogar mehr Arbeit, ein Protokoll zu schreiben, als im Labor an meinem Projekt weiterzuarbeiten. Dennoch halte ich das für sehr sinnvoll. , weil es orgsnisatorisch einiges abverlangt. In der Schule bin ich für meine Ordnung bekannt, aber jetzt versteheich erst, was Ordnung wirklich bedeutet und wie wichtig sie ist.
Wenn ich so an diese tausenden von Dateien denke, die ich für mein Protokoll brauche... Na gut, so viele sind es nicht.

Dazu möchte/kann ich nicht zu viel sagen. Alles, was ich bis jetzt verrate: 75% meiner PCR-Ergebnisse sind sehr zufriedenstellend, am Rest muss noch ein bisschen gefeilt werden.

Für die Assay-Validierungen sieht es nicht so rosig aus, weil:
1) ich einmal vergessen habe, meine Mastermix mit den Proben zu vortexen und folglich in jeder endgültigen Probe eine andere Menge an cDNA enthalten war
2)einige Gene schon ursprünglich in den Zellproben sehr schwach exprimiert waren. Daher funktionieren bei ihnen nur die leichten Verdünnungen. Die meisten dieser Assay-Validierungen sind aber bis jetzt so ausgefallen, dass man sie durchgehen lassen kann. Also in der Schule: Genügend.

Methoden, die ich bisher im Rahmen meines Projektes erlernt und angewandt habe sind (neben dem Pipettieren) Berechnungen mit Hilfe des Photometers und
des Bioanalyzers,
die Realtime-PCR, und
das Check-Gel (mit anderem Namen: DNA-Agarose-Gel-Elektrophorese).
Im Moment arbeiten wir an einer sogenannten Assay-Validierung.

Ich weiß, interessant wären noch die Erklärungen des Prinzips von RT-PCR und Check-Gel, aber die werden noch nachgeliefert. Versprochen!

8.8.
Im Wesentlichen besteht eine PCR aus drei Schritten:
1) Denaturierung
Bei einer Temperatur von 95° werden die DNA-
Doppelstränge aufgespalten.
2) Hybridisierung
Die sich im Mastermix befindlichen Primer lagern sich bei
einer Annealingtemperatur (meistens zwischen 58° und
67° an die Einzelstränge an.
3) Elongation
Zwischen den Primern werden die passenden Nukleotide
angebaut (72°) und so die Gene vervollständigt.

Alle drei Schritte gemeinsam stellen einen Zyklus dar. Im Durchschnitt führt man 45 solcher Zyklen durch. Aufgrund der exponentiellen Vervielfältigung der von uns bestimmten Abschnitte sollte danach eine so große Menge des gewünschten Gens vorhanden sein, dass man mit ihr arbeiten kann und die übrige Rest-DNA zu vernachlässigen ist.

Check-Gel
Ein Gel mit Slots, in dem sich die PCR-Produkte befinden, liegt in einem Buffer, der ein natürliches Milieu darstellen soll. An beiden einden der Apparartut wird Spannung angelegt. Die Proben können das Gel wandern. Da sie negativ geladen sind, wandern sie zum positiven Pol. Wie schnell sie dies tun können, hängt von ihrer Länge ab. So werden die einzelnen Produkte - sofern es mehr als eines gibt - aufgetrennt und man kann unter UV-Licht, das das Ethidiumbromid in den Proben sichtbar macht, erkennen, welche Produkte mit welcher Basenpaarzahl man durch die PCR erhalten hat.

Meine Aufgabe besteht im Wesentlichen darin, beim Pipettieren nichts falsch zu machen, ein genaues Protokoll über mein Projekt zu führen und - ganz wichtig - zu verstehen, warum ich was mache.

Aber nun zu den Problemen.Tolles Wort.
Definition: Ein Problem zu haben, bedeutet, eineinhalb Stunden ergebnislos zu versuchen, einen der beiden nicht funktionieren wollenden Lightcycler in Gang zu bringen. Danach geht man nach Hause. Tolle Sache, aber das ist Technik.

8.8.2007
Gestern und heute war wirklich jede Menge zu pipettieren. Eigentlich mache ich schon alles selbst, aber damit ich nichts verpatze, sitzt meine Betreuerin die meiste Zeit neben mir (und langweilt sich wahrscheinlich tödlich, aber sie zeigt es nicht.
Mit unserem Projekt sind wir schon ziehmlich weit. Im Moment arbeiten wir an Assay-Validierungen, die nicht und nicht funktionieren wollen.