Heute haben wir begonnen Software-Tools, die in der Bioinformatik eingesetzt werden im Internet zu suchen. Dabei waren wir vorwiegend auf geneontology.org und auf genome.jp
Wir sollten diese Tools auch testen, was zu beginn sehr schwierig war, weil 1. viele Tools nicht Online zur Verfügung stehen und viele auch nicht frei zum Herunterladen sind, 2. Weil wir erst suchen mussten was man Eingeben muss, damit das Programm etwas ausspuckt. Dazu kommt, dass alle Erklärungen nur auf Englisch sind. Ich untersuchte vorallem Gen-Expression Tools (vom Gen zum Eiweiß) und Microarray Tools (Analyse einer großen Anzahl von Proben mit Gewebeproben). Leider habe ich noch nicht wirklich etwas Geeignetes gefunden, aber morgen ist auch noch ein Tag.

Heute haben wir um 9:00 einen 2 1/2 Strunden Studienworkshop an der Uni gemacht. Alle 25 Praktikanten der Uni wurden in 5 Gruppen eingeteilt und haben fragen über Uni, Studentenleben, Wohnen, ÖH, u.s.w. ausgearbeitet. Im Anschluss wurden diese Fragen dann von Studierenden beantwortet. Ich habe auch viel neues übers Studieren erfahren.
Nach diesem Workshop habe ich weiter im Internet nach geeigneten Bioinformatik-Tools gesucht

Meine Kollegin Nicole (bitte besucht auch ihre Site http://www.summerschool.at/nicole.praßl ) und ich haben heute begonnen uns mit dokuwiki zu beschäftigen. Ein sehr einfaches Programm um Websites zu erstellen. Eigentlich haben wir alles gleich sehr schnell kapiert, da auch alles schön erklärt wird, das Problem ist nur, dass wir gemeinsam an einem Wiki arbeiten sollen, es aber von 2 PCs nicht gleichzeitig bearbeitet werden kann. Also wechseln wir uns jetzt ab. Einer sucht aus dem Internet Tools, während der andere mit dem Wiki beschäftigt ist. Ich kann behaupten wir sind ein gutes Tam, und sind sehr interessiert unsere Aufgaben hervorragend zu meistern.

Heute war kein besonders aufregender Tag, was das Praktikum betrifft, aber wir hatten einen Fototermin und ich bin neugierig wie die Fotos geworden sind, ich stelle das Gruppenfoto gleich hinein.

Heute geht meine erste Woche zu Ende. Ich muss sagen, ich bin sehr begeistert, freue mich aber trotzdem auf das Wochenende (Villacher Kirchtag). Heute dürfen wir zu Mittag heimgehen. Am Vormittag werde ich noch das Layout des Wikis verbessern und die Tools nach Themen ordnen. Hier das versprochene Gruppenfoto. Von links nach rechts: Claus Dabringer, Nicole (Praktikantin), ich, Michaela Schicho.

Heute beginnt die neue Woche und ich kann behaupten, dass mir einiges viel klarer erscheint als zu beginn der letzten Woche. Bei vielen Bioinformatik-Tools, die ich im Internet gefunden habe, weiß ich jezt was man damit machen kann und für welche Zwecke man sie verwendet. Hier noch ein Foto von mir bei der Arbeit

In diesen Tagen ist nicht viel Aufregendes passiert. Wir arbeiteten weiter an unserem Wiki. Am Freitag haben alle Praktikanten der Uni an einem Brunch im Sunset Club am Wörthersee teilgenommen. Für die meisten war es nämlich der Abschluss des Praktikums. Wir haben am Ende der Woche jetzt gemeinsam schon insgesamt 30 Tools evaluiert. Vielleicht bekommen wir nächste Woche eine andere Aufgabe.

Am Dienstag machten wir einen Besuch zur Pathologie Graz. Es war sehr interessant. Wir hatten eine Führung durch das Archiv mit Millionen Gewebeproben die seit 1981 von kranken Patienten gesammelt werden. Wir sahen auch wie die Samples gelagert und die Informationen in eine Datenbank integriert werden. Wir besuchten auch einen Obduktionssaal und konnten dort zum ersten Mal echtes Gehirn oder echte Leber sehen.
Ab heute beginnen wir mit einer neuen Aufgabe. Wir sollen uns Eigenschaften bezüglich Biobanken überlegen (welche Samples, wie viele, von wem, ...) und dann geeignete Banken evaluieren. Dies könnte für eine Verknüpfung von einzelnen Biobanken hilffreich sein. Der Fragenkatalog ist bereits ausgearbeitet, jetzt geht es an die Suche einzelner BioBanken. In Biobanken werden biologische Proben wie Gewebe und Blut mit wichtigen Daten von den Spendern und deren Lebensstil gespeichert. Die Proben und die Daten können dann sehr hilfreich für die Erforschung und Therapie von Krankheiten sein und werden meistens der Wissenschaft zur Verfügung gestellt. Z.B. kann man die Rolle von Genen und von der Umwelt bei diversen Erkrankungen erforschen.

Nun geht mein spannendes, lustiges und lehrreiches Praktikum zu Ende. Meine Kollegin Nicole und ich haben in dieser Woche sehr gut gearbeitet und viele Biobanken gefunden und in unserem Wiki eingetragen. Ich kann behaupten, dass ich durch dieses Praktikum einen guten Einblick in die Welt der Bioinformatik bekommen habe und meine Englischkenntnisse verbessern konnte. Trotzdem werde ich in Graz Molekularbiologie und nicht Bioinformatik studieren.