Algorithmen in der Biologie...

Nun hat mich die Schule wieder eingehohlt, selbst in den Ferien(!) ist es nur ein Wunschdenken fern ab von technisch komplizierten und aufwendigen algebraischen Fragen zu sein.

Mathematik eine sehr Konzentration und Nerven raubende Sparte eines jeden Schüler Alltags.

Algorithmen zur Erstellung von phylogenetischen(evolutionären) Stammbäumen von Pflanzen.

Genauer betrachtet sind es nur Annäherungen an den tatsächlichen Stammbaum einer bestimmten Pflanze, denn wie einst Alanus de Insulis: "Mille viae ducunt hominem per saecula Romam – Tausend Wege führen die Menschen immerfort nach Rom". und leider ist nur einer der Richtige!

Also versucht man mithilfe von komplexen Algorithmen den "kürzest möglichen Weg" zu finden, den Stammbaum zu finden der einerseits die wenigsten Mutationsschritte beinhaltet und in der andererseits die größte Wahrscheinlichkeit der Verwandschaft zwischen den einzelnen Unterarten einer bestimmten Flora vorherrscht.
Diese Annäherungsprozesse(kommt euch sicherlich bekannt vor der Begriff...) sind ab einer bestimmten Unterartenanzahl für heutige Computer nicht mehr berechenbar(nicht in einem Menschen.-/"Computerleben"), da sich exponentiell mit der Artenanzahl ansteigend viele Möglichkeiten ergeben.

Wie gesagt sind dazu hochkomplexe Algorithmen von nöten, aber selbst diese erbringen nur die wahrscheinlichste Anordnung von den gewünschten Pflanzen.

Also wie ihr seht: "Alles ist relativ!"

Während ich mich hier weiter mit den komplexen(mein neues Lieblingswort) und undurschaubaren Prozessen unsereres Universums beschäftige, und versuche sie nur ein Stück weit zu begreifen, wünsche ich allen die derzeit nichts zu tun haben und faul irgendwo herumliegen viel Spaß beim Sonnenbaden ;-P

Also liebe Leutchen die letzten paar Tage verliefen im großen und ganzen ziemlich gleich:

-DNA Extraktionen

-PCRs

-Sequenzierungen

Jedoch war es so, dass wir begonnen hatten die komplizierten Vorgänge des Sequenzen-Alignments zu bearbeiten.
Als Einstieg bekamen wir eine kleine Hausarbeit zu diesem Thema, wo wir versuchten auf irgendeine Art und Weise(zugegeben sehr kreative Wege wurden beschritten) mithilfe eines simplen Programmes, namens "ClusterX2", ein paar ausgewählte Sequenzen zu editieren.
Keine leichte Aufgabe...

Heute analysierten wir unsere Alignment-Ergebnisse und durften diese noch durch "handarbeit" verfeinern.
Sehr denkintensive Angelegenheit diese Basen-Blöcke zu ordnen...
Außerdem veröffentlichten wir unsere erste Publikation von einer pflanzlichen DNA Sequenz.[http://www.ebi.ac.uk]!
Aufregend...

Dann bis zum nächsten Mal, wenn ich wieder Interessantes zu erzählen habe^^!

Heute starteten wir, wie ihr sicherlich schon gelesen habt, eine weitere Sequenzierung.

Aber diesmal mit bisher noch nie da gewesenen 68 Proben...eine neue Liga der Laborarbeit.
Es erforderte höchste Konzentration und Genauigkeit, wobei anzumerken ist dass Ordnung ein Grundkriterium für erfolgreiche Laborarbeit ist.

Jedenfalls hoffe ich, dass alles so funktioniert wie es sollte und unsere Arbeit sich ausgezahlt hat.

Außerdem haben wir eine weitere DNA Extraktion fertig gestellt von weiteren Arten der Hyazinthen.

Seid gespannt auf die Auswertung!

Bis bald!

10:23:35

Die Frisur sitzt, der Kittel passt und die Schutzbrille aufgesetzt.
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>BEREIT zum Sequenzieren!

Spannung pur!

In genau 23 Min und 35 Sek dürfen wir ein weiteres PCR Produkt sequenzieren!
Juhuuu!^^

My Personal Dna History


Objekt unseres Interesses:

HVR I[Hyper Variable Region] des mitochondrialen Genoms

-die mitochondriale DNA hat die bestimmte Eigenschaft, dass sie nur von der mütterlichen Seite weitergegeben wird. Das heißt: man kann die mütterliche Linie, ohne "Fremdeinmischung" des Vaters, letztendlich bis zur so genannten "mitochondrialen Eva" zurückverfolgen
Diese vorteilhafte Eigenschaft nutzen wir zur Bestimmung unserer Haplogruppenzugehörigkeit.

Meine Haplogruppe:

M oder L3e oder N oder B
(nähere Bestimmung bis jetzt noch nicht möglich gewesen)

-Haplogruppen sind in erster Linie Einteilungen der verschiedenen Menschen "Arten".
-Jede von ihnen weist eine bestimmte Basenabfolge auf.
zB:AGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTCAGTC

CRS:

Cambridge Reference Sequence

-Diese Basensequenz gehört zur Haplogruppe H, der in Europa am meisten verbreiteten Gruppe, an.
es war die erste mitochondriale DNA, die analysiert wurde.
-Diese dient als Referenz-DNA
(Zur Bestimmung von Mutationen im Vergleich zu diesem Genom)

Die Prozedur ist die gleiche, wie mit planzlicher DNA
(Gott hat bis jetzt erst eine Art der DNA erfunden^^):

-DNA Extraktion

-PCR

-Cycle Sequency

-Gentypisierung

-Auswertung der Ergebnisse mit dem Vergleichen der Referenz - und Eigen- DNA

Falls ihr näheres wissen wollt, könnt ihr mich jederzeit fragen! Einfach einen comment verfassen.

Bis dann!

Endlich hatte ich heute die Gelegenheit das Versäumte von voriger Woche aufzuholen!
Nämlich die Extrahierung von Pflanzen DNA.
Ich hatte mir schon Sorgen gemacht, dass es sehr kompliziert werden würde, aber zum Glück bemerkte ich, dass es bei konzentriertem Arbeiten ein Leichtes ist
[P01-CTAB Methode].

Außerdem präparierten wir unsere DNA + Vogel DNA und stellten fest, dass Primer für menschliches Erbgut nicht für die von Vögeln geeignet ist>>negative Proben.
Äußerst aufregend auf den Spuren unserer Herkunft zu sein.(Es gibt verschiedene Haplogruppen..."Menschenarten">>Ursprung:Mitochondriale Eva[wir untersuchen die mitochondrialen Gene!])
Bald werde ich wissen ob ich mit Eva verwandt bin^^

Weiters haben wir noch das Übliche gemacht: PCRs,Sequenzierungen.

Genießt das schöne Wetter, denn ich kann es nicht...

Bis dann!