18.Tag + 19.Tag

Nachdem wir gestern erst 10 Mäuse präpariert hatten, ging es am Mittwoch, den 4.8.09, gleich in der Früh nach den Vorbereitungen weiter.
Nach einer einstündigen Pause um 13:00 Uhr, wo ich mir die Abschlusspräsentation meines Gen-au Summerschool Kollegen Patrik anhörte, machte ich mich gleich auf den Weg zur Arbeit zurück.
So durfte ich am Nachmittag selbst eine Maus präparieren, indem ich die Leber mittels Sezierbesteck entnahm und abwog…Kaum zu glauben, dass dies so schwierig sein kann, doch die Leber, die man natürlich nicht beschädigen darf, ist mit dem Körper der Maus an mehreren Stellen verbunden, als man sich vorstellen kann. 
Am Donnerstag allerdings musste ich mich in der Früh zuerst über den Stand meines eigentlichen Projektes informieren und erfuhr, dass wir sehr schöne Ergebnisse von unserem Agarose-Gel bekommen hatten.
Nach der Eluierung der DANN aus dem Agarose-Gel machten wir uns gleich an die Arbeit der Ligation sowie der anschließenden Transformation.

16. Tag und 17. Tag

Nachdem wir uns am Montag gleich in der Früh eine weitere Klonierungsstrategie ausgedacht hatten, machten wir uns an die Arbeit der Inokulation einer neuen Bakterienkultur. Dazu verwendeten wir das zuvor hergestellte LB-Medium und versetzten dieses mit Kanamycin, einem Antibiotikum. Dies bewirkt, dass sich nur jene Bakterien vermehren können, welche ein Plasmid mit Kanamycin Resistenzgen aufgenommen haben.
Von diesen über Nacht inkubatierten (Inkubation= Einwirkung von Enzymen, Antikörpern etc. auf ein Substrat) Proben wurde dann mittels spezial Plasmid Miniprep Kit und der Zentrifugationssäulenmethode die Plasmid DNA gewonnen, deren Konzentration danach noch mittels Nano Drop vermessen wurde.
Weiters durfte ich bei der Dekapitation verschiedenster Mäusearten, welche zuerst 8 Wochen mit DDC angefüttert wurden, dabei sein. Den Mäusen wurde dann Blut, Leber sowie das Gehirn entnommen, um heraus zu finden, welche Gene für den Ausbruch von Steatohepatitis, eine spezielle Leberkrankheit, verantwortlich sind.

14. und 15. Tag

Da Ina Hollerer, mit der ich die meiste Zeit zusammen arbeite zwei Tag auf "Urlaub" ist, machte ich am Donnerstag alleine ein analytisches Gel, wo dann unsere Proben aufgetragen wurden.
Die restliche Zeit beschäftigte ich mich mit administrativen Zwecken bzw. dem Lesen des Buches "Der Experimentator: Molekularbiologie".
Unter anderem nützte ich meine Wartezeit aus und machte mir bereits einige Gedanken zu meiner Abschlussdokumentation.

13.Tag

Wie bereits angekündigt beschäftigten wir uns heute vor allem mit der Methode der Mini-Preps. Dafür benötigten wir zuerst die angimpften Proben von gestern, deren Überstand in neue tubes überführt wurde. Mittels Zugabe von TENS wird die Zellwand danach geöffnet, um die Proteine sowie die Genom-DNA zu entfernen. Auf Grund der Zugabe von Na-Acetat wird dieser Vorgang wieder gestoppt.
Nach einer Alkohol-Fällung mittels 100% Ethanol und dem anschließenden Waschen mittels 70% Ethanol wird das Pellet getrocknet.
Nachdem man das Pellet in TE+RNase gelöst hat kann man einen Verdau ansetzten.
Unter anderem hörten wir heuten auch einen Vortrag über RFID (RFID mass ID and tracing system for DNA Samples) sowie eine Abschlusspräsentation einer Generation-Innovation Schülerin.

12.Tag

Heute ging es vor allem darum den Vorschritt der Mini-Preps, das so genannte „inokulieren von Plasmid Mini-Preps, zu erlernen.
Als Inokulation wird in der Mikrobiologie das Animpfen einer Zellkultur oder einer Kultur mikrobieller Stämme (z. B. einer Bakterienkultur) bezeichnet. Dabei wird - von einer Startkultur ausgehend - ein größeres Volumen inokuliert. Danach kommen die angeimpften Proben bei 37°C in den Schüttelinkubator und die Agar-Platten in den Brutkasten.
Dabei sollte man allerdings beachten, dass man die Proben nicht zu lange im Schüttelinkubator lässt, da sonst die neu gewachsenen Bakterien wieder absterben.
Unter anderem brachten wir auch einen Antrag für ein neues Projekt zur Ethikkommission und hörten uns einen Vortag an.
In der verbliebenen Zeit bereitete ich bereits einige „tubes“ für unser morgiges Mini-Prep her.

11.Tag

Bereits um 8:30 Uhr stand ich im Labor und wartete auf das Vormittagsmeeting um 9:00 Uhr, um genau informiert zu sein, was sich in der kommenden Woche alles so abspielen wird.
Danach ging es gleich an die Arbeit unseres Projektes. So arbeiteten wir z. B. heute an der „Kinasierung“ des Inserts, sowie auch an der „Eluierung“ der DNA aus unserem Agarose-Gel (Gen-Cleaning). Dadurch lernte ich vor allem die Glasmilch kennen, die zur Aufreinigung kleiner DNA-Mengen aus Agarosegelen verwendet wird, da deren Salze die Agarose auflöst.
Weiter beschäftigten wir uns mit der Ligation, der Schritt in dem das Insert in den Vector eingebaut wird.