Jetzt ist das Praktiklum also vorbei. Ich habe die Zeit sehr genossen, die ich dort verbracht habe. Ich habe viele neue und vor allem nette Menschen kennengelernt, bei denen ich mich für alles bedanke. Vor allem Ines, die andere Praktikantin ist mir ans Herz gewachsen.
Natürlich habe ich vieles gelernt und vor allem kennengelernt. Ich durfte Melanomzellen spalten, bei der RNA.Isolation, cDNA-Synthese und einer real time PCR helfen. Ich habe Bakterien gezählt, viele Gerätschaften bedient (die Zentrifuge, den Autoklaven) und durfte die Bakterien sogar ausplattieren und habe zuvor Verdünnungsreihen gemacht. Ich habe selbst Phosphatpuffer hergestellt, ebenso wie Agar, also das Nährmedium für die Bakterien, den ich auch auf die Petrischalen azfgetragen habe. Das alles wäre natürlich ohne unsere Betreuer, die uns alles erklärten nicht möglich gewesen: Stefan, Sherry, Steffi und Shenqian.

Es war eine Erfahrung, über die ich sehr froh bin. Gut, dass es solche Organisationen wie gen-au gibt, die uns diese Einblicke in eine mögliche Zukunft gewähren. Ich denke dieses Praktikum hilft vielen herauszufinden, ob sie in diesem Berufsfeld etwas verloren haben oder eben doch nicht. Ich sehe dort meine Zukunft. :)

Mittwoch, 25. August 2010
Das Praktikum neigt sich dem Ende zu...
18:35 / 25.08.2010
Da der Versuch der letzten Woche wiederholt werden muss, sind die Abläufe, in dieser Woche, gleich bis ähnlich um die Ergebnisse verbessern zu können.
25.8.10
Da wir an diesem Tag eine Menge Proben auszuplattieren hatten mussten wir zuerst, nachdem der frische Agar aus dem Autoklaven kam, den Agar auf die Petrischalen gießen, um für später genügend zu haben.


Am 26.8. hatten wir sehr viel zu tun. Eprovetten mit Phosphatpuffer füllen, zuvor allerdings den Phosphatpuffer herstellen, zweimal 5l. WIr mussten mittels ph-Meter den richtigen ph.Wert des Puffers herstellen, 6,8, den wir mit Hilfe von Zitronensäure bekamen.

Natürlich wurde wieder zentrifugiert und ausplattiert, wie jeden Tag.

Synchronausplattieren von Lactobazillen mit Ines.

Außerdem noch Laborputzen mit Stefan und Shengqian, um neuem Equipment Platz zu machen, dabei kamen Anleitungen von Windows Dos und alle möglichen anderen unnützen Gegenstände zum Vorschein. Aber am Ende war es wenigstens sauber.

23.8.10
Diese Woche wir der Verusch mit den Lactobazillen wiederholt. Das heißt zuerst wurden wieder Bakterien zentrifugiert und ein Teil davon wieder ausplattiert, um die frischen später mit den gefriergetrockneten vergleichen zu können.

Heute steht wieder eine PCR der Sialinsäuregene (oder wie die eben heißen) an. Diesmal zum Glück endlich ohne Referenzgen.

Also, gestern habe ich wieder mit Stefan gearbeitet. Zu Beginn wechselten wir nur kurz das Medium der Melanomzellen, danach räumten wir noch das Labor ein bisschen auf. Es liegt wirklich viel Unbruchbares dort herum.

Am Nachmittag machten wir wieder eine qPCR, denn nachdem wir nun alle Referenzgene getestet hatten, konnten wir uns auf andere Konzentrieren, allerdings mussten wir trotzdem ein Referenzgen mitlaufen lassen, da wir durch die anderen Gene noch keinen gesicherten Normalisierungswert erhalten haben. Der Normalisierungswert hat sich allerdings als gesichert herausgestellt, d.h. wir müssen jetzt kein Referenzgen mehr mitlaufen lassen, was uns Zeit, Geld und Aufwand erspart.
Die Gene, die wir getestet haben, sind für die Bindung von Sialinsäuren zuständig, die sich ihrerseits an die Zuckermoleküle an der Zellwand binden. Von diesen Genen haben wir verschiedene getestet, die sich an unterschiedlichen Stellen der Moleküle binden. Hier wollten wir also die Unterschiede testen, die bei den verschiedenen Zellkulturen auftreten.
Dabei haben uns die Ergebnisse gezeigt, dass die am stärksten methastasierenden Melanomzellen auc die größten Abweichungen vom Referenzgen aufweisen.

Morgens half ich Ines wieder beim Bakterienauszählen, die Ergebnisse waren nicht sehr berauschend, da sie teilweise wuchsen, wo sie nicht sollten und dort, wo sie in einer Vielzahl vorhanden sein sollten, es nicht waren.

Danach haben wir Agar hergestellt, das Medium, das auf die Petrischalen aufgetragen wird, der bevor er verwendet werden konnte noch autoklaviert wurde.

Dann wurden die am Vortag preparierten Bakterien wieder einmal gewaschen und zentrifugiert. Am Ende wurde ein Teil der Bakterien, die gefriergetrocknet werden sollten wieder ausplattiert, um später Unterschiede zwischen den normal wachsenden und wieder aufgetauten Bakterien feststellen zu können.

Das war mein längster Arbeitstag bis jetzt.

Am 13.8. haben Stefan und ich eine Menge pipettiert, denn wir wollten die Stabilität von vier Genen mittels PCR feststellen. Pro Gen hatten wir 24 Proben vorzubereiten und das aber mal 4, Pipettieren kann doch tatsächlich anstrengend sein. Getestet haben wir das Gen GAPDH, ACTB, B2M und ... (kommt noch).
Die Resultate werden wir erst nächsten Dienstag begutachten können, da wir am Montag den zweiten Duchgang mit 4 weiteren Genen starten.

16.8.
Heute habe ich zusammen mit Ines den Großteil der Bakterien von letzter Woche gezählt, eine auf der einen Seite zermürbende, aber auf den anderen meditative Arbeit.

Dann haben wir Protektanten für die Lactobazillen Salvarius hergestellt, um sie später gefriertrocknen zu können - besser gesagt am nächsten Tag.
Die Protektanten waren: Skimmilk(die kaputt wurde), Trehalose, Maltodextrin, Glucose, Sucrose und Glycerin. Die Protektanten wurden danach autoklaviert für den nächsten Tag.

Letzte Woche habe ich bereits bei der cDNA-Synthese zuschauen und helfen dürfen, ebenso wie bei der real time PCR, außerdem haben wir uns die Ergebnisse davon angesehen.
Heute wurde dieser ganze Zyklus vervollständigt, denn für eine cDNA-Synthese braucht man selbstverständlich isolierte RNA, also habe ich heute Sheng Yang (ich hoffe man schreibt es so) dabei geholfen, eine RNA-Isolation durchzuführen. Dieser Vorgang ist wirklich äußerst aufwendig, es hat den ganzen Vormittag gekostet.
Zuerst werden die Zellen in eine Mischung aus 350μl Puffer RA1 und 3,5μl beta-mercatoethanol gegeben.
Danach wird diese Mischung in (nennen wir sie mal) Filtertubes pipettiert und eine Minute zentrifugiert. Danach folgen 350μl Ethanol und wieder wird zentrifugiert.
Man braucht neue Tubes, wo man dann den Filter mit dem liebevoll genannten "Zellgatsch" hineinsteckt und abermals pipettiert, allerdings 350μl MDB.
Dann prepariert man die DNase Mixtur, wo man für jedes Tube 10μl rDNase verwendet und 90μl Reaktionspuffer.
90μl dieser Mixtur werden dann direkt auf die Membran des Filters aufgetragen, dann muss man ausnahmsweise nicht zentrifugieren, sondern das Ganze 15 min. stehen lassen (bei Raumtemperatur).
Wir haben jetzt also diese 15 min. gewartet und nun kommen wir zum Waschvorgang, der aus drei Schritten besteht.
Schritt 1: 200μl Puffer RA2 in die Filtertube und danach 30 sec zentrifugieren.
Schritt 2: 600μl Puffer RA3 in die Filtertube und danach 30 sec zentrifugieren.
Schritt 3: 250μl Puffer RA3 in die Filtertube und danach 60 sec zentrifugieren.
Nun ist auf der Filtermembran nichts mehr übrig außer der RNA, zumindest sollte es so sein. Auf den Filter werden nun 60μl Wasser pipettiert, die dann eine Minute in neuen Tubes zentrifugiert werden. Nun befindet sic die RNA in diesen Tubes und wird tiefgefrohren, bis man sie wieder benötigt.