Tag 11:
Endlich mal was neues: Gele Gießen ^^
Das Gel besteht hauptsächlich aus Acrylamid (giftig) und nachdem es hergestellt wurde wird es in ein sogenanntes Dalt Reck geschüttet, in dem es aushärtet. Das Reck is im Grunde ein durchsichtiger Kasten in dem zum einen zwei Glasplatten mit einem Spalt dazwischen in dem dann das Gel seine form erhält. Der rest besteht aus Atrappen die Glasplatten imitieren sollen falls nicht 8 Gele gebraucht werden und sogenannten Spacern, dünne platik Platten, um die gele später leichter ablösen zu können. Ist alles aufeinandergestapelt und zugeschraubt kann man die lösung fürs gel hineingießen durch einen spalt an der Rückseite.
Tag 12:
Dr. Heinz Christian ist heute in das Labor bei der Dr. Bohr Gasse gefahren um wieder ein Spaktrometrie an den Porben dürchzufüren. Wir haben währendessen einen Verdau nach dem üblichen schon vorher genannten Schema angesetzt. Es gab zwar ab und an einige Schwirigkeiten aber wir sind trzdem rechtzeitig fertig geworden.
Tag 13:
Wir haben den Verdau von Gestern abgestoppt und und Aufgespottet auf unsere multi-Target-Platte. Dr. H. Christian hat inzwischen mit Ultraschall die Proteine aus einer neuen Bakterienkultur gewonnen die wir morgen dann durchs Gel laufen lassen werden.

Tag 8:
Wir haben nach dem üblichen Schema den Verdau abgebrochen und die proben auch auf die multi-target-Platte aufgetropft.
...Das wars auch schon...
Tag 9:
Wein Dr. Heinz heute in die Bohrgasse fahren musste, um die Proben die ohne die Reducktions und alylierungsschritte behandelt wurden zu testen, konnten wir nur Proben aus einem Gel ausstechen...es sind dann 92 Proben geworden. Die haben wir dann Eingefroren und das wars...
Tag 10:
Die gesammte Prozedur zum ansetzen des Verdaus ohne abkürzungen (der kurze Weg war nicht der beste), war heute am Programm. Glücklicher weise waren diesmal schneller und konnten die Arbeit rechtzeitig beenden.

Tag7:
Wir haben wieder unsere Proben gewaschen, nur diesmal benutzten wir für die Waschschritte eine Multi-channel-Pipette an der man 10 Spitzen auf einmal benutzen kann. Daher ging das an dem Tag auch sehr schnell von statten, aber das war auch schon... das waschen der proben ist nunmal sehr zeitaufwendig.
Tag 8:
Heute gab es änderung und zwar haben wir die Waschschritte, die Reduktion, und die Alkylierung weggelassen beim vorbereiten der Proben weil Dr. Christian Heinz von eineigen Mitarbeitern gehört hat das die unnötig seien weil die ohnehin schon beim auftrennen im 2D Gel durchgeführt werden. Grund zum zweifeln gab es an der Theorie weil angeblich ein stoff in den Gelen diese Vorgänge behindert, daher haben wir nur 8 Proben angesetzt und warten jetzt das Ergebnis ab. Anonsten hebn wir weiter Proben ausgestochen... nein es wird nicht langweilig ... besonders wenn das Gel plötzlich riesige Risse bekommt ^^".

Tag 3: Massenspektrometrie
Wir sind unverzüglich nach dem Eintreffen im Labor weitergezogen in die Dr.Bohr Gasse im 3. Bezirk, wo sich das Massenspektroskop befindet. Dört haben wir bereits fertige Proben die zur kalibrierung dienen auf unsere Platte aufgetragen, das Gerät callibriert und in ruhe eine Stunde lang arbeiten lassen. Zwischendurch wurde uns auch noch die Funktionsweise erklärt, die nötige Software vorgestellt und andere Varianten der Analyse von Peptiden erläutert. Zurück im Labor an der Uni Wien haben wir dann nur noch 10 Proben aus einem Gele ausgestochen und diese eingefroren.
Tag 4:
Unser Betreuer hatte am Morgen ein 3 stündige Teambesprechung weswegen wir weiter Proben aus dem 2D Gel ausstechen durften. Es sind schließlich 72 Proben ausgestochen worden bei denen nun der Verdau durch Trypsin angesetzt wurde.
Vorgehensweise:
-->Proben 3x mit Wasser für 15 min. auf dem Eppi-rüttler Waschen
-->Proben 3x für 10 min mit einer entfärbe Lösung von dem Farbstoff Coomassiblau befreien
--> Dtt hinzufügen , schütteln für 15 min bei 56grad ( zerstört die räumliche struktur)
--> Acetonitril auf die Proben geben und in der Speedvac Trocknen (10min)
--> Iodoaetamid für 30min wirken lassen damit sich keine Disulfidbrücken bilden beim späteren Verdau.
-->Wieder Trocknen
-->Das enzym 1%ig auf die Probe tröpfeln
-->Absaugen und ABC (Amoniumbicarbonat) Puffer hinzugeben damit die probe nicht austrocknet
--> das ganze in den brutraum bei 37 Grad
--> uhrzeit 20:30 uhr

5. Tag:
Arbeitsbeginn wegen den Überstunden Gestern erst umm 11 Uhr

Wir stoppen den verdau mit einer TFA Lösung 10%ab
Im Ultraschallbad die Peptide aus dem Gel lösen
Überstand absaugen und aufheben (in dem befinden sich jetzt die Peptide).
Dann noch einmal das ganze mit 0,1% TFA
MIttagspause
--> Wieder 10 Proben aud dem Gel ausstechen--> Feierabend um 14:30 Uhr

Die Gestern vorbereiteten Gelstückchen Wurden aus dem Brutraum geholt und wir haben uns an die Extraktion gemacht. Für alle die wissen wollen wie das gemacht wird hier ein Liste:
1)Den verdauungsprozess der Enzyme mit Triflouressigsäure toppen (C2HF3O2 kurz: TFA)
2)1x mit 10% TFA auswaschen anschließend 1x mit 0,1% TFA
3)Nu Tips (spezielle Pipettenspitzen) Vorbereiten--> Waschen
1. 5x mit ACN 70% (Acrylnitril C3H3N)
2. 3x mit TFA 0,5%
4) Probe auftragen---> 20x das Nu Tip mit der Probe durchspülen (Peptide bleiben in der spezial Spitze hängen)
5) die Spitze mit der Probe von Salzen reinigen
6) Mit ACN die Peptide aus der Spitze in ein eppi spülen
7) Die Proben in den Kühlschrank und Mittagspause

Nach der Pause:
Multi Target Platte reinigen ( eine Edelstahl Platte mit kleinen Vertiefungen)
und die proben zusammen mit einer Matrix-Lösung auftragen
Nun sind bereit fürs Massenspektroskop.... aber dazu Morgen

Sekretärinnen waren Heute nicht da ... also noch kein Schlüssel

Unser Betreuer (es sind 2 Praktikanten aus der summerschool dabei), Dr. Cristian Heinz, hat vorgeschlagen das wir zunächst einen Probedurchlauf machen. Dafür haben wir bereits ein fertiges 2D gel vorgelegt bekommen, in dem sich bereits Peptide befanden.( nebenbei: Dr. Heinz forscht an ökologischen Clamydien). Wir suchten uns insgesammt 6 Spots aus und bereiteten diese durch mehrmaliges Waschen und Entfärben so auf das wir morgen die Peptide entnehmen können.
Den Schlüssel für die Labors gibts morgen.
(Artikel ist einen Tag später geschrieben worden sry für die Verspätung)